文革前在北大發生的規模最大的迫害是1957年的「反右派」運動。在1957年「反右派運動」和延續到1958年1月底的三個月的「反右補課」中，北京大學有589名學生和110名教職員，一共699人，被劃成了「右派分子」；後來又再「補劃」，一共劃了716個右派分子。另外，據1979年《人民日報》上的一篇文章：北大劃了715名「右派分子」，還有842人受到各種處分。因為沒有公佈被「劃」者的名單，現在不清楚這一人之差是如何產生的。當時北京大學全校學生人數是8983人，教職員人數是1399人。北大總人數的7%被劃成了「右派分子」。教職員中的「右派分子」比例高於學生，接近10%。教授中的比例則更高。
更加令人震動的是，1957年5月中旬，當中共北京大學黨委書記江隆基在學校傳達中共中央關於「整風」的文件的時候，毛氏已經開始在共產黨的幹部中部署反右（5月15日）。北京大學學生響應上面的號召，從5月18日開始貼大字報批評CPC共產黨的工作，進行上面所說的「大鳴大放」。他們對政府和大學當局的批評，進行了不到三個星期，就全部成為他們的罪行，使他們被劃為「右派分子」，從此陷入「敵我矛盾」的深坑。這種策略被毛氏事後得意地稱為「陽謀」（作為對「陰謀」指責的反駁）。不管稱之為「陽謀」還是「陰謀」，這一「謀」的後果，僅僅在北大一所學校就是七百多名「右派分子」和八百多名被處分者的長期災難，在全國，則是數百萬人受到迫害。由於上面規定普通工人農民中不抓「右派分子」（不是網開一面，而是另有名稱，叫做「反社會主義分子」），而所謂「知識份子」又只有五百萬，那麼「右派分子」在其中的比例，顯然是非常高的。
「反右」極大地改變了社會懲戒機制。首先，權力當局大規模地以言論定罪，把一大批人「戴上右派分子帽子」並進行各種懲罰，儘管這些人並沒有違反當時的憲法也沒有危害他人。第二，本來學校能作的最高處罰不過是開除學生學籍或者解僱教職員。學校的學生教員若有刑事犯罪，只有司法系統可以審判。中共北大黨委把七百多名教師學生劃為「階級敵人」加以懲罰，這是人類學校史上從來沒有過的大權力。
而且，對「右派分子」不但實行懲罰，而且懲罰不設定限量。一批「右派分子」被學校直接送去無限期「勞動教養」，以致他們失去人身自由長達二十年。他們中有人在「勞改農場」被餓死。有的在「勞動」中不堪折磨自殺身亡。甚至「摘帽右派」也仍然是一個壞身份。更加恐怖的是，他們中有人被判處了死刑。筆者現在找到的有七個名字。
這種大規模的迫害的理論基礎，是毛氏的「兩類不同性質的矛盾」理論。他把人際矛盾分為兩類，一類是「人民內部矛盾」，一類是「敵我矛盾」。區分的標準，並不是法律。他宣佈某一類人是「敵人」，就是敵人，並且實行他規定的懲罰。這個處罰可以一直重到死刑。這七名被判處死刑的北大「右派分子」，完全不曾有過一般法律上的重罪如殺人，搶劫或者強姦。他們被處死，罪名是他們的思想或者言論。一個人思想或者言論方面的「右」，就可以成為施行懲罰甚至死刑的依據。
北大劃「右派分子」是分兩期進行的。第一批劃了511人即百分之五的人為「右派分子」。但是「上面」認為中共黨委書記江隆基（他1927年加入共產黨，「反右」後離開北大後到蘭州大學任領導，文革一開始就被中共甘肅省委列為重點對像並遭到野蠻的「鬥爭」，1966年6月25日自殺身亡）工作不力，1957年10月，國務院派來了陸平（周恩來親自和陸平談話後派他來到北大，此前他為鐵道部副部長，文革中他也受到殘酷迫害），繼續進行反右「補課」——一個學校里關於教學的專門術語，被移用到了在學校里實行對教員學生的迫害中。這個「補課」，使二百多人被「補」進了「右派分子」中。「右派分子」在北大總人口中的比例從百分之五增加到了百分之七。
劃「右派分子」時，預先制定百分比或者各地人數配額，以確保實現總體效應。明顯可以看到，北大先是按照百分之五的人數比例劃了「右派分子」。後來「上面」傳下指示說北大劃百分之五不夠，北大就進行「反右補課」，增加到了百分之七。「反右」時毛氏在幹部會議上講，北京大學的教授副教授中，「大概有百分之十左右的右派」。後來也確實是這樣劃的。這種按照事先規定的數字來抓人懲罰人，在歷史上只有斯大林作過。斯大林的指令，包括打字機打印出來的各地的死刑和逮捕數字以及他自己親手寫的有殺人數字的字條，都已經公佈。
「反右」在北大雖然不像文革那樣普遍使用暴力對人進行毆打和侮辱甚至活活打死，但是已經相當野蠻。物理系學生劉奇弟貼大字報提出「胡風絕不是反革命」，要求政府釋放胡風。他因此被定為「右派分子」。一名受訪者說，1957年他12歲，家住北大旁邊海淀鎮，有一天到北大來看電影，在北大看到被捆在樹上的劉奇弟——因為聽到人喊「打倒劉奇弟」，他知道了被綁在樹上的人的名字。劉奇弟要說話，有人大喊「把他的嘴堵起來」。這名受訪者不記得那天是幾月幾號，但是記得那天去看的是蘇聯電影《綠色的鎖鏈》。應該是在6月上旬開始「反右」之後。劉奇弟後來被判刑15年，1961年死於獄中。
在「反右派」發生九年之後開始了文革。所有的「右派分子」都受到了進一步的攻擊和懲罰。假使毛氏活得長一些，沒有在1976年死亡，「右派分子」在1978年依然不可能「改正」，而且還不知道要等到什麼年月。「右派分子」在毛氏死後過了兩年才得「改正」，他們受迫害的全程長達21年。在採訪中，一名自己並非「右派分子」但一直同情「右派分子」的受訪者使用了一個說法，叫做「右派面孔」，意思是當過「右派分子」的人臉上有一種特別的壓抑的表情，明顯到使人能把他們從人群中覺察出來，連他們得到「改正」以後那種表情都依然還在。顯然，這種特別的「右派分子」的面部表情，是長達21年的身心遭到迫害後形成的。
在北大的716名「右派分子」中七人（可能還會發現）被以「反革命罪」判處死刑。七人中有六人是在文革期間被判處死刑的。七個人佔全部716人的百分之一。這個死刑人數，不但對北大「右派分子」群體是非常高的比例，對任何一個大學的學生來說也是極高的比例。甚至現在也還沒有了解到在北大一百多年的歷史上有畢業生因刑事犯罪被判處死刑。
被判處死刑的七人中，六人在被劃為「右派分子」時都是北大學生。其中只有一人是教師，在兩年前從北大畢業留校任教。也就是說，他們被劃為「右派分子」和後來被判處死刑時，都很年輕。
黃中奇1957年時是哲學系學生，被劃成「右派分子」後，在宿舍中他與看管他的學生發生身體衝突，1958年1月被公安局逮捕，同年夏天被以「反革命殺人罪」判處死刑。文革後得到「平反」。關於他，校史《北京大學紀事1898-1998》寫道：
（1958年）1月30日被劃為右派分子的黃中奇（哲學繫心理專業學生）於29日晚持刀行兇，刺傷了心理專業四年級班會主席張博源和前去阻攔的楊恩寰同學。今日上午8時，學生會召開批鬥黃中奇的大會，會上，大學辦公室主任蔣蔭恩代表學校接受同學們的要求，宣佈開除黃中奇的學籍並交送司法機關懲處。市公安機關當場將黃逮捕。
黃中奇被公安機關逮捕後，不久就被判處死刑。當時讓北大各班派學生代表參加了「公審大會」。大會在天安門廣場東南角東交民巷口的一個會堂舉行。歷史系的一個學生代表回來後告訴班裏同學，在「公審大會」上，黃中奇被抓出來的時候，身上穿的是汗衫，臉色蒼白，白得像白報紙一樣，大聲地哭，說：「我有罪，我有罪，饒了我吧。」判決以後，立即執行。那是1958年的夏天，日期待考。
