一個是塑性力學組的樊蔚勛。樊蔚勛是錢偉長的副博士研究生，被錯劃為「右派」以後下放到東北，1979年才給他平反，把他調入南京航空航天大學。樊蔚勛現在是南京航空航天大學的教授。林鴻蓀和鄭哲敏也是內定的「右派」。林鴻蓀原來在北大教課，後來去了力學所，負責日常事務，「文革」期間自殺了。鄭哲敏現在是中科院力學所的所長。因為這兩個人都去過錢偉長家裏，中央知道以後，認為這件事要劃清界限。錢偉長是民盟的骨幹，誰與他有聯繫，那就犯了大錯。當時有一個幹部叫朱兆祥，是搞力學的，也去過錢偉長家裏，這就出了大問題，他被錯劃成「右派」，開除了黨籍。平反以後，朱兆祥擔任寧波大學的校長，1989年調回北京，現在是中科院力學所的研究員。34
從這段回憶里還可以看到，區別對待對這些歸國科學家的誘惑和影響。他們由此而明白，第一，科學家只能和黨結為共同體。第二，如果離開了黨，不僅沒有歸宿，連從事科學研究的機會都沒有。第三，絕不能靠近右派分子，無論是學術聯繫還是生活接觸都不可以。這裏，最重要的是，必須無條件地承認和接受黨對科學界的領導，接受的意義就是絕對服從。
結果就是四千人大會上那種敵對情景，連續四天集中火力批判五位年輕的科技工作者；大科學家批判小研究實習員，不論學科、不論專業團隊，人人都拿上階級鬥爭的放大鏡，將這些青年的政治見解、生活態度、家庭出身、青少年時代興趣愛好一一歸罪，大張旗鼓地進行聲討。這是科學思維慘遭羞辱的大會，是製造分裂和敵意的大會，也是科學家的身份斯文掃地的大會。
在反右期間，迫於政治壓力，必須表態揭發別人，這種情況是普遍的，中科院沒有任何例外。我讀到熊衛民對范岱年的採訪，他的經歷可說明這種情形。范岱年和浙大地下黨一批人員隨竺可楨調入中科院，他在科學院《科學通報》任編輯，1956年任宣傳局下屬宣傳處的副處長，反右時任辦公廳資料室副主任，還是辦公廳反右領導小組成員。在反右時，范岱年沒有積極揭發許良英，結果自己被定成右派。
他說他當時的態度是：「拼命檢查自己的思想，後來那些檢查就成了罪狀。」而他最好的朋友管紹淳先被定為右派，批判管紹淳時要求管紹淳做自我揭發。管紹淳便來問范岱年「我寫什麼呢？」范岱年答說：「你什麼都可以寫。」35於是，管紹淳就把他們在宿舍里聊天的內容也揭發出來。范岱年受到五類處分（戴帽子、開除黨籍、保留工會會員籍、行政降三級），管紹淳的處分略輕一點，為六類（不戴右派帽子、保留團籍、重新分配工作）。
根據范岱年的回憶，科學院最後確定了大約兩百個右派。具體是兩百多少，我未見到統計數字。根據《人民日報》1979年7月14日的一篇報道，題為《嚴格按政策清理冤錯假案和歷史遺留問題社會科學院為八百多名科研人員和幹部恢復名譽》，「原被錯劃為右派分子，現已得到改正的有徐懋庸、林里夫、榮孟源、楊思仲、陳夢家、孫毓棠、許良英、李德齊、趙中立、吳其玉、顧准、荒蕪、章有義等四十四位同志。」這裏沒有提到是否包括所有已故右派和調出本單位的右派。中國社會科學院於1977年5月才建立，其前身是中科院的哲學社會科學部。如果從兩百個右派里減去這裏得到改正的社會科學部四十四位右派分子，那麼屬於自然科學機構的右派還要佔到四分之三。來自張藜文章的另一個統計數字是：
到1958年2月止，在科學院所屬京區55個單位被定為「右派分子」的167人中，有研究員8名、副研究員3名；而11位「右派」學部委員，在科學院工作的僅有2位。36
按科學院北京區四千多人計算，1957～1958年裏劃了兩百右派，這個比例即使未達到也接近了百分之五。所以，所謂中科院沒有打一個右派，這種說法是完全脫離歷史事實的。
四物理所反右：劉治平與《一切為了Z由M主的社會主義》
上文陳述了中共中央對自然科學家區別處理的「9·8指示」和批判青年五右派的四千人大會，這一節將聚焦於物理所反右和劉治平被劃右派的問題。
在《中國科學院右派分子言論材料匯集（二）》中，收有《劉治平的反黨反社會主義言行》，全文長達一萬七千多字；相當詳細地輯錄了鳴放和反右時期劉治平的言論。
簡介里如此說明：劉治平，男，福建人，家庭出身官僚，本人成分學生，年齡23歲，擔任過物理所研究實習員。
材料中包括兩個部分，第一部分是歸納為五個方面的右派言論。第二部分是劉治平發言記錄、詩作、大字報原文等。
在第一部分里，劉治平被認為是物理所的「第一個點火人」。如果去掉材料中評價性的措辭如「瘋狂」「進攻」「誣衊」「辱罵」「醜化」「歪曲」，從今天的角度來看，涉及這樣一些事實：
第一，鳴放期間，劉治平受到北大「五一九運動」的激勵，尤其是林希翎演講給了他強烈的震撼，以至於他直接寫信給林希翎說：「當北大我們的母校已經高舉起『五四』的旗幟時，我不能無動於衷。」他志在聲援北大，成為將「五一九運動」的火炬傳到物理所的第一人。劉治平盛讚北大張元勛、沈澤宜的詩《是時候了》，說這是「最好的作品」，「最感動人」，他寫道：「北大高舉起了五四的旗幟」「我舉起雙手高呼好」。37
第二，也是最重要的一舉，劉治平與同所的青年學者鮑誠光聯合簽署發佈了文章《一切為了Z由M主的社會主義》。該文被認為是「劉治平、鮑誠光的一篇反黨反社會主義綱領性文件，企圖在科學院內煽動起向黨向社會主義的進攻。」
第三，反右很快開始，風向驟轉後，劉治平進行了抗拒和抵制。他並聲明說：「如果有人把他（鮑誠光）隨便當成右派分子或是資產階級分子來鬥時，我將全力甚至於生命維護他。」
而項志遴受到批判也與劉治平密切相關，在科學院四千人批判青年五右派大會上，對項志遴的一個指控就是「支持右派分子劉治平」。在「攻擊社會主義制度宣揚資產階級民主」這一條目下，項志遴的「罪行」包括：「擁護右派分子鮑誠光、劉治平的『一切為了Z由M主的社會主義』的言論」，38「誣衊黨反右派是『欲加之罪，何患無辭』，是『令人生畏的邏輯』，讚揚劉治平是一個擁護黨而有正義感的青年，同情劉的『遭遇』，為劉打氣，宣稱『讓劉知道也有人同情他』。」39
核物理學家陸祖蔭在會上批判劉治平說：項志遴的民主言論是在劉治平鳴放了之後說出來的。項志遴在物理所大鳴大放期間，和另一右派分子張家琨結成聯盟，「在反右派初期，物理所曾經有一整個團支部公開叛變，投降了資產階級右派，就是以項志遴為首的幾個右派分子策動的結果。」40
與劉治平右派案相聯繫的另一位學者是歐陽絳，他出生於1925年，1950年畢業於北京大學數學系，同年入黨，1957年時的黨齡已有七年，是力學所研究實習員，也是黨支部里的知識分子委員。談慶明在接受熊衛民採訪時說到歐陽絳和力學所反右期間的情形：「歐陽絳是個老黨員，他人非常好，帶頭提意見。我也發動大家提意見。可是，有的人根本不相信共產黨的誠意，只是笑笑，一言不發，有的還冷笑，意思是你還真相信？過了一段，整風變成了『反右』，批判所謂的『右派』，歐陽絳最先中箭。」41
