有關中國科學院反右，官網有關張勁夫的這一節里，概述了張勁夫冒險向毛澤東主席進言，得到首肯的情形。在當年9月8日，中共中央發出《關於自然科學方面反右派鬥爭的指示》5（以下簡稱「9·8指示」）。根據這個指示，科學院系統的老科學家在反右派運動中基本上都受到了保護。
請注意，這裏說的是「老科學家」，省略了青年科學家或一般科學研究人員的類別。
查閱這一指示，一共五條，就基本原則來講，沒有給自然科學家在反右鬥爭中的豁免權；其中首先強調的是：「在科學界高級知識分子中間，必須認真嚴肅地開展反右派鬥爭，決不能有溫情主義。」這是基本原則，但又提出了幾條區分，理由是社會科學與自然科學情況不盡相同，對自然科學家要區別對待：「特別是對於那些有重大成就的自然科學家和技術工作人員，除個別情節嚴重非鬥不可者外，應一律採取堅決保護過關的方針。」具體做法有如下五點：
第一，對極右分子，要把他們搞臭，完全孤立起來。
第二，有一些右派言行，但有較高科學成就者：「不可輕易劃為右派分子，其中必須劃為右派分子的，也必須採取『鬥而不狠』的辦法。」能不戴帽子也可不戴，必要時可戴帽子，但不登報。
第三，對有突出成就者，「談而不鬥」，即由負責人約談，不到群眾中去鬥。其中有極右分子，為了照顧將來的使用，在批判和報道方面採取適當的控制和變通的辦法。
第四，對歷史上有反共反社會主義言論的「老右派」，鳴放期間言論不夠劃右派者，不劃右派。
第五，對一批在日內瓦會議後爭取回國的歐美留學生，一般要採取「不排不鬥」的辦法。
以上第一點與反右的大方向一致，後面四點，可以歸納為「鬥而不狠」「談而不鬥」、既往不咎和「不排不鬥」。此外，9·8指示中還提出，要掌握兩個原則，第一是將政治鬥爭與學術思想區別開來；前對後者不要去搞學術批判。第二是要將學術交往關係與政治關係區別開來，一般不要籠統地、不加分析地去追國外關係。
做出如上政策策略的調整，出發點是在於：「我們今後要用他們的專長進行科學工作」，這是從國家需要出發的功利性考量。它主要的適用範圍是「科學界高級知識分子」，而且，文件精神「只在內部掌握，不向外公開傳達」。從後面這個不公開的做法來看，一方面，在反右的高壓態勢下，不暴露科學院的特殊政策，可以避免引起社會爭議；另一方面，對科學界廣有影響的高級知識分子，可以起到擋箭牌的作用。
那麼，另一個問題來了：哪些人算是科學界的「高級知識分子」呢？
反右之前的1956年，是共和國將知識分子重要性提到議事日程的年度。為此，中央政府在1955年已佈置了對全國知識分子處境的調研。1955年12月1日，中共中央辦公廳發出《關於收集高級知識分子統計數字辦法的規定》，其中對高級知識分子作了這樣的界定：「一般是指具有大學畢業程度，具有幾年工作經驗，能夠獨立工作的知識分子。」6就職稱級別而言，包括高等學校中講師以上教師、研究機構助理研究員以上研究人員。1956年，在中共中央有關高級知識分子的幾個報告文件里，這個稱呼指的是科學家、教授、醫師、藝術家、工程師這類人群。
我們從1956年1月14日周恩來所做《關於知識分子問題的報告》來看，其中，在「高級知識分子」這個範疇下提到的人群有：高等學校的教授、副教授、工程師等，「目前全國在科學研究、教育、工程技術、衛生、文化藝術和其他方面的高級知識分子根據估計約為十萬人，其中在解放以後增加的數字，根據一部分材料統計，約佔三分之一左右。」7
而具有高校畢業學歷的技術員、講師、助教等，「雖然並不都合乎我們所說的高級知識分子的標準，但是他們是知識界的新生力量，並且是專家的後備軍。」
這個講話里也指出：「所謂高級知識分子和一般知識分子，中間並沒有嚴格的界限。現在就已經有統計數目的科學研究、教育、工程技術、衛生、文化藝術五個方面的知識分子來看，共有三百八十四萬人。」
1956年1月31日，郭沫若在發言中對「高級知識分子」做出更明確的界定。他沿用了以上約十萬高知、三百八十四萬知識分子的統計數字，具體指出了高級知識分子的類別數字：
舊時代所遺留下來的知識分子的人數是很有限的，特別是比較高級的知識分子。在全中國高級知識分子10萬多人中，講師以上的教育人員31，000多，主治醫師以上的衛生人員包含着中西醫在內約有25000多，助理研究員以上的科學研究人員約有3，000多，工程師以上的工程技術人員31，000多，高級的文化藝術人員6,000多，其他專家們約有5,000。其中解放以後所增加的新生力量要佔35%。8
根據這裏的分類，那麼，在北京可以被劃入「高級知識分子」範疇的人有多少呢？
1957年6月28日，在反右高潮中，中共中央發出「關於在一兩個月後吸收一批高級知識分子入黨」的通知，以便在知識分子中加強黨的領導，「同時給反共派一個有力的答覆」；9通知要求半月內上報具體計劃。在當年8月21日，北京市委「關於1957年在高級知識分子中發展黨的計劃向中央的報告」中有一個統計：現在全市共有高級知識分子黨員1490人，佔全市6829名高級知識分子的21．8％。10
也就是說，北京全市的高知人數當時不過6829名，他們分佈在各個行業，是高等學校的教授、講師、廠礦企業工程師、醫療衛生單位主治醫師以上人員、著名文藝工作者。
現在我們再回到有關自然科學家中反右的「9·8指示」，可以得出結論，能夠在自然科學界作為「高級知識分子」，得到網開一面的待遇，人數就更少，非常不容易。北京高知總數為6829名，去掉其他各行各業，中科院裏的被保護者是屬於高知中的高知：第一，他們不僅要科研成就突出，而且還要「在國內外相當著名、影響較大」。第二，要符合國家需要，「來解決某些科學技術問題和培養新生力量」。第三，1954年日內瓦會議後回來的歐美留學人員。
第三條涉及的事實是這樣，1951年10月美國政府因韓戰爆發，不允許理、工科和醫科中國留學生歸國。1954年，中美在日內瓦開始談判，從當年10月至1957年1月，大約有150～200名留美學生回到祖國。新中國的召喚也帶動了其他國家留學人員歸國，這些人員的就業多數集中在以北京為中心的華北地區。
以物理學家為例，謝家麟，1955年乘坐威爾遜總統號郵輪迴國，先後在中國科學院原子能研究所和高能物理研究所工作。應崇福，1955年底回國，1956年進入中國科學院物理所進行超聲研究工作。林同驥，1955年秋回國，參與創建中國科學院力學研究所工作。11
這樣一些知名科學家確實受益於「9·8指示」，樊洪業在《中國科學院編年史（1949～1999）》評價說：「按照這一指示，科學院系統的老科學家在反右派運動中基本上都受到了保護。」12
但必須記住，「9·8指示」是一個保證反右在一定程度上具有靈活性的策略，專為爭取自然科學家中一部分高級知識分子；決沒有改變在科學界進行反右的必要性，更沒有規定說科學院就不必劃右派了。它恰恰還包括了對他們中間右派分子的處理，「鬥而不狠」就是針對「其中必須劃為右派分子」的人，「談而不鬥」，也包括「鳴放期間成了政治上的極右分子」的人。
