大順軍接連遭受重創，已然士氣低落，一方面沒有根據地可提供後勤供應，另一方面又要拖家帶口，保護隨軍家屬，已經完全淪為「流寇」。這支大軍沒能形成什麼氣候，反而在清軍與南明軍的前後夾擊下走向末路。
這一年的五月，李自成率領殘部行至湖北九宮山下，留下一個難解的生死之謎，消失在史書記載中，這也標誌着大順政權的覆滅。
湖北省境內有兩個九宮山，一在通山縣，一在通城縣，李自成最後的歸宿究竟是在哪個九宮山，三百多年來眾說紛紜。
關於李自成在湖北九宮山遭遇不測的說法，可統一稱為「戰死說」。他既不是被清軍所殺，也不是被南明所殺，而是死於一次偶然的民間衝突事件。
1645年五月初，李自成行至湖北九宮山下，親自帶領少數衛士前去察看地形，突遭當地團練武裝的襲擊。儘管李自成率領的這支軍隊有數萬之眾，但誰也沒想到，李自成作為統帥居然沒有處於隊伍中間的位置，而是脫離大部隊跑去探路，當地團練也不知道這竟然是大名鼎鼎的大順皇帝李自成。
在這場短兵相接的遭遇戰中，李自成被人多勢眾的當地武裝包圍，死於混戰之中。
康熙年間費密撰寫的《荒書》中，詳細描寫了李自成與當地鄉勇搏鬥的經過。
雙方交戰之際，李自成與山民程九伯徒手搏鬥。常年種田的程九伯自然不敵久經戰陣的闖王，被李自成摔倒在地，壓在身上，李自成拔出刀，正要刺向程九伯。
說時遲，那時快，程九伯的外甥金某看到眼前景象，拿着一把鏟子趕來相助。李自成只顧與程九伯搏鬥，沒有注意到金某，被金某一鏟子猛擊，削去了半個腦袋，當場斃命。
據康熙《通山縣誌》記載，大順軍將士得知李自成被殺後，悲憤交集，在當地進行了報復性的劫掠，「人民如鳥獸散，死於鋒鏑者數千，蹂躪三月無寧宇」。
不可思議的是，害死李自成的程九伯居然活了下來。在程九伯的宗譜中，程九伯的後人沒有說祖上幹掉了李自成，只寫「剿闖賊李延於牛脊嶺下」，這也讓李自成是否死於九宮山顯得撲朔迷離。
還有一種說法，李自成並沒有與村民發生爭鬥，而是被誤殺。
清康熙年間的《罪惟錄》記載，李自成率軍經過九宮山時，發現山上有元帝廟，村民正在舉行游神賽會，李自成便帶二十輕騎走近觀看。
隨後，李自成讓騎兵留在山麓，自己獨自前往廟中跪拜，似乎有所祈禱，遲遲不肯起身，廟裏的鄉親們見李自成一身戎裝，行為古怪，以為是強盜。有一個人比較衝動，拿起掘土用的鍤，一把朝李自成的頭上刺去，把他刺死了。
之後，村民從李自成的衣服中搜出一枚金印，才知殺錯貴人，嚇得紛紛逃走。
有學者認為，李自成的遺體可能由隨行的大順軍將士進行秘密安葬，所以，此後清軍未能找到他的屍首。
▲李自成的下落，成為歷史之謎。圖源：影視劇照
不久後，李自成死於九宮山的消息，傳到了清朝與南明朝廷的耳中。
清軍將領阿濟格從陝西一路追擊李自成的殘部，終於在湖北得到李自成已死的消息。可是，作為前線指揮，阿濟格對李自成是死是活，以及如何死去的情況，始終閃爍其詞，甚至先後奏報不一。
1645年閏六月，阿濟格向朝廷上奏說：「闖賊兵盡力窮，逃竄進九宮山。我在山中遍尋不得，又四處通緝，有闖軍的降卒和被擒的賊兵說，李自成逃走時，隨從僅有二十人，被村民圍困，不能逃脫，遂自縊死。我讓熟識李自成的人去辨認屍體，但因屍朽莫辨，沒有人能辨認出來。我之後會再進行查訪。」
這裏增加了「自縊」一說。
阿濟格說李自成是被圍困後自縊而死，還自稱找到了一副可能為李自成的屍體，但得不到確認。
之後，阿濟格的查訪沒有下文，顯然李自成之死沒有眉目，得不到證實。同時，來自前方的奏報將各種說法都傳回了朝廷，有人說李自成已死，有人說李自成還活着。
攝政王多爾袞對此頗為不滿，他看着讓人眼花繚亂的奏報，下諭痛斥阿濟格等人說：「爾等先聲稱流賊已滅，李自成已死，賊兵盡皆剿除，故我祭告天地宗廟，宣諭中外。後來，我又聽聞李自成是死了，但賊兵並沒有全數殲滅。如今又聽說李自成逃遁，現人在江西。此等奏報的情形，前後互異……你們這樣謊報，還有誰是可信的？」
南明朝廷也十分關注李自成的下落，有人以此向朝廷邀功請賞。
南明大臣何騰蛟在隆武元年（1645）向隆武帝匯報的奏疏中說：「天意亡闖，以二十八騎登九宮山，以窺伺計，不意伏兵四起，截殺於亂刃之下……」
何騰蛟上疏稱「元兇」已除，自稱確有實據，只是這一地區暫時被清軍攻佔，我無法派人查驗。
隆武帝朱聿鍵看完何騰蛟這空洞的發言，「疑自成死未實」。
▲南明隆武帝畫像。圖源：網絡
無論是清朝，還是南明，始終無法為李自成之死找到一個令人信服的證據。
後來，清朝官方編撰《明史》·，把李自成列入《流賊傳》。在刊定李自成之死時，《明史》將戰死說與自縊說相結合，寫道：
（李自成）自率二十騎掠食山中，為村民所困不能脫，遂縊死。或曰村民方築堡，見賊少，爭前擊之，人馬俱陷泥淖中，自成腦中鋤死。
然而，關於李自成的最後歸宿之謎，並未就此塵埃落定。
清代乾隆年間，湖南澧州有個官員叫何璘，他根據自己調查所得，寫成《書李自成傳後》，對李自成死於九宮山一說提出質疑。
他認為，李自成「設疑代斃，以為緩追脫身之計」，後在石門夾山寺遁入空門。
在這篇文章中，何璘講述了他聽聞的故事：
李自成南下後，面對清軍與南明的前後阻擊，且部下多叛逃，已經心灰意冷，於是「舍騎入山，削髮亡命」，逃到石門縣的夾山寺出家為僧，法號「奉天玉」，活到了康熙年間，年約七十歲去世。何璘問寺中還在世的老僧，他們回憶說，沒有人知道奉天玉和尚來夾山寺之前的經歷，但聽他的口音，好像是西北一帶的人。
何璘還為自己的說法提供了一些佐證，如李自成「失蹤」後，大順軍餘部在澧州、石門一帶盤踞多年，也沒有另外推舉一位首領，也許是因為李自成隱居山間。
石門一帶地處湘鄂交界，層巒疊嶂，地勢複雜，正好作為兩個朝廷都要追捕的頭號逃犯的藏身之地，而夾山寺是歷史悠久的禪寺，也可為這位為帝為寇又為僧的傳奇人物提供一個修行之地。
何璘認為，「奉天玉」這一法名的由來，是因為李自成曾自稱「奉天倡義大元帥」。還有人說，王者主也，主若隱其頭就是「玉」。
李自成「出家說」由來已久，但中共建政後，出家說曾長期得不到認可，並被有意掩蓋，有學者認為這是一種「逃跑主義」，不利於營造農民軍領袖的形象。
1984年，湖南石門縣夾山寺發現了奉天玉和尚墓，墓葬中出土了大量關於奉天玉和尚的文物，且違背僧規，按俗禮下葬，似乎印證了闖王當和尚的故事並非空穴來風。
當地人還發現過奉天玉和尚的畫像，是一種雌雄眼、面貌猙獰的形象，「雌雄眼」即眼睛一大一小。《明史》記載，李自成「高顴深頔，鴟目曷鼻，聲如豺」，相貌比較奇特，而且他在征戰時曾被射傷左眼，箭傷痊癒後導致兩隻眼睛一大一小，這恰好與奉天玉和尚像的雌雄眼相符合。
但是，奉天玉和尚是否為李自成至今仍存疑，缺乏有力的實證。李自成禪隱夾山的說法，也只是各地闖王傳說的其中一個。
▲金庸武俠小說中的李自成形象，參考了闖王「出家說」。圖源：影視劇照
在甘肅榆中縣，人們相信，李自成兵敗後，在親信的掩護下逃脫，隱居於榆中縣青城鎮，而且死後埋在了青城鎮黃河邊的龍頭堡子。這一說法，源自當地的一本《李氏宗譜》以及李氏後人的祭祀活動和青城鎮的口頭傳說。
在湖南臨澧縣，有一個蔣氏家族，自稱其發跡與李自成有關。一說闖王失敗後，將兒子寄在蔣家，並給了一支令箭，可用其在河邊船上取金銀，蔣氏撫養闖王之子長大，由此發家。現代女作家丁玲就是臨澧蔣家的後人，她回憶說：「我小時候也聽過不少這方面的傳說，家裏老人說，臨澧的蔣家是李自成的後人。」
那個讓明清兩朝共同忌憚的梟雄，在掀起了一場驚動天下的風暴之後，歸於沉寂。
他的生死下落，在此後數百年成了一個為人津津樂道的大IP，而歷史的是非功過，不過成王敗寇而已。
