根據江青的旨意，張春橋安排于會泳擔任上海京劇院重點劇目《海港》《智取威虎山》劇組的音樂設計組組長。此後，于會泳成了江青和張春橋的智囊。于會泳先在《海港》劇組擔任作曲，了解到江青最欣賞四大名旦中程硯秋的唱腔，所以在為《海港》女主角方海珍設計唱腔的時候，充分發揮了程派唱腔委婉深沉的特點。戲中方海珍唱「忠於人民忠於黨」這一段時，抑揚頓挫，發揮得淋漓盡致，特別是「有多少烈士的血滲透了這碼頭的土地」這一句，盪氣迴腸。于會泳把錄音送給江青。江青聽後非常欣賞，大加讚揚。
于會泳在江青心中的砝碼日益加重，後來又把他調到現代京劇《智取威虎山》劇組，對全劇音樂進行藝術加工。于會泳在進行唱腔設計的時候，摸清了江青的愛好，盡力討好江青。于會泳把傳統京劇的韻味和西洋作曲的技法糅合起來，例如「打虎上山」這段，他把京劇鑼鼓的點子與銅管樂器中渾厚的圓號交織在一起，把楊子榮上山揚鞭策馬、風雪怒吼的場面表現得非常逼真，在音樂界受到好評。
1966年國慶節，《智取威虎山》首次得到江青的批准，到北京演出。江青還提名于會泳乘飛機去。到北京後，江青派秘書用轎車接他到劇場，讓他坐在自己身邊一起看演出，看完演出以後，讓于會泳陪同一起上台接見演員，使他受寵若驚。
不久，上海音樂學院學生造反了，紅衛兵不知道江青重用于會泳的心思，認為學院裏院系的領導都要打倒，於是勒令于會泳回上海音樂學院接受群眾審查。當時市委還沒有垮台，上海音樂學院黨委找市委宣傳部，宣傳部向姚文元打電話匯報。《智取威虎山》在北京演出結束的時候，張春橋找于會泳談話：「這樣吧，你回上海以後，要和革命小將站在一起。」
1966年底，于會泳回到上海。他知道江青和張春橋是中央文革小組的核心人物，要緊跟。于會泳於是在學院裏貼了一張《十四點質問》的大字報，宣佈造反，表示他和造反的紅衛兵站在一起。1967年1月4日，張春橋、姚文元回到上海，領導上海造反派奪權。他們到上海後，找幾個人談話，其中一個就是于會泳，顯示了對他的重視。
一月奪權以後，張春橋在上海公開的場合幾次宣佈，在上海只保兩個人：于會泳和艾玲。于會泳在上海重新負責樣板戲劇組，並擔任上海音樂學院革委會副主任、上海文化系統革命委員會籌備委員會主任，主要任務是抓樣板戲。在樣板戲劇組，于會泳收集了劇組內很多對江青不滿意的材料，向張春橋當面告狀。於是這些對江青不滿意的人就遭殃了，或被批判或被判刑。
于會泳靠着江青對他的信任，以及張春橋和徐景賢的全力支持，搞了《海港》《智取威虎山》，又到北京抓《過江龍》，積累了不少政治資本。1968年，于會泳帶着《智取威虎山》劇組到北京演出，張春橋說于會泳貢獻很大，提名于會泳當上海市革委會常委。按照規定，上海市委常委的候選名單要經過審查後再報中央批准。
1969年初，名單審查完後，準備報中央。張春橋在康平路市委小禮堂召開市委領導成員碰頭會，聽取組織組的政治審查情況。那天，徐景賢比張春橋先到會議室，組織組負責人告訴他：「在于會泳的檔案里，發現了一張紙條，這是當年他在山東參加革命部隊以後親筆寫的，內容有問題。」徐景賢很吃驚，覺得事情有些棘手，不敢定奪，準備請張春橋來決定。
在市委常委會上，徐景賢剛提到這張紙條，張春橋一點也不吃驚，淡淡地說：「這事我知道。1966年上海音樂學院學生到北京去揪于會泳，這也是一個理由。這封信後來沒有成為事實嘛！」張春橋這麼一說，徐景賢心中有數了。徐景賢在會上發表意見說：「我看，問題不大。主要看于會泳現在的表現。」市委第一書記張春橋和負責文教戰線的書記徐景賢都表了態，其他市領導也沒有人反對。市革委會組織組就把于會泳列入名單。徐景賢告訴組織組：「上報中央審查的時候，不必寫上紙條的事情。」在張春橋和徐景賢的保護下，于會泳當上了上海市革命委員會常委。以後，張春橋和徐景賢又提名他當「九大」代表。「九大」之後，于會泳擔任了上海市文化局黨委書記。
成為江青搞樣板戲的得力助手
中共「九大」期間，京劇《智取威虎山》作為為代表演出的首場樣板戲，在京西賓館禮堂上演。演出就要開始時，帷幕中間忽然拉開了一條縫隙，于會泳容光煥發地走了出來。他一反平常拙於辭令的常態，在開場白中肉麻地吹捧道：「我們敬愛的江青同志，為培育樣板戲嘔心瀝血。她實際上是這齣戲的第一編劇、第一導演、第一作曲、第一舞美設計！」當着大家的面，江青自然需要故作謙虛一番。她站了起來，裝腔作勢地嗔怪道：「會泳同志，你別這樣說了，再這樣我可要離場了。」
1969年以後一個時期，深受江青器重的于會泳，自然成了無可懷疑的「正確文藝路線代表」，那時候反對于會泳，就是反對樣板戲，反對樣板戲就是反對江青。據「文革」後資料統計，此時上海音樂學院受迫害、衝擊的師生達100多人，先後有3人被逼瘋，一度精神失常的有4人，2人被關押入獄。在抓樣板戲方面，于會泳的確是江青的得力助手。他堅定不移地貫徹江青的意志，從不打折扣，連徐景賢也說從沒有見過像于會泳那樣忠誠於江青意志的人。
于會泳在京劇方面也算是個內行，他搞起戲來廢寢忘食，從修改文學劇本、設計唱腔，到舞台美術、舞台監督等，什麼都要親自上陣，還要當導演。江青對某一方面有指示的話，他都不遺餘力地貫徹、落實。有一次為了落實江青的一個指示，他四處活動，竟然累倒在賓館的走廊上。
由于于會泳在搞樣板戲的過程中忠誠執行江青的指示，江青對他非常信任。江青知道于會泳身體不太好，經常開夜車，便多次把自己吃的補藥、進口藥給他吃，讓他補養身體。于會泳很感動，他捨不得吃，把一包葡萄糖專門從北京送給「南京路上好八連」，說這是江青關愛革命樣板戲文藝戰士的象徵。
在江青的支持下，當上了中央委員、文化部部長
由於江青的提名，于會泳在1973年黨的「十大」上當選為中央委員。于會泳為此激動不已。然而江青的「關懷」還不止如此。1975年初在北京舉行的中共十屆二中全會，對四屆人大關於政府組成問題進行了討論。在討論到文化部部長的人選時，周恩來本來準備讓國務院文化組組長吳德擔任。但是吳德因為已擔任北京市委書記兼北京市革委會主任，工作太忙而婉拒。周恩來於是提議由原文化部長茅盾擔任，但張春橋和江青不贊成。江青於是提名于會泳當文化部部長，王洪文、張春橋、姚文元都一致表示贊成。這樣，于會泳的提名就通過了。文化部部長名義上是歸一位副總理領導，當然最後是要請示總理的，但是大家心裏都明白，這個部只能歸江青領導。
于會泳當了部長後，表示要與文藝黑線統治下的文化部決裂。他不到文化部大樓辦公，而是找了一個原東南亞國家駐華大使館的房子作為辦公地點。于會泳還專門請了在上海時期對他幫助很大的徐景賢去參觀。于會泳得意地告訴徐景賢：「這個大使館原來有一個特級廚師，最擅長做北京烤鴨，我接收大使館的時候，把這個廚師也一起接收下來了。」
吃烤鴨的時候，徐景賢明知故問：「你這個部長是屬於國務院的，你今後請示工作，是找周總理呢，還是找張副總理？」于會泳不假思索地回答：「找江青同志，她有什麼意見，我再轉告他們。」以後，文化部長果然不找總理，連副總理也不找。江青不願管的時候，她就對于會泳說：「你去找你們的副總理春橋同志，他是分管你們的工作的嘛。」這時，于會泳才會去找張春橋，但轉過頭來又會找江青。
作為江青的親信，也有跟不上「首長」的時候。于會泳當文化部長不久，長春電影製片廠拍成電影《創業》，描寫大慶工人戰天鬥地的事跡，當然也要涉及到石油戰線上的領導。電影拍好後送北京審查，文化部領導等都在文化部小放映間裏審片，在座的還有《創業》的原創人員，如編劇張天民等。影片一結束，于會泳評價很高：「這是一部難得的好影片！」他看完影片後很快打電話給徐景賢說：「好消息好消息，有一部好影片！」于會泳催促徐景賢在上海也要抓幾部好影片。
