在審訊中，林犯拒不認罪，態度極為惡劣。
反革命犯林昭，原來就是一個罪惡重大的反革命分子，在服刑改造期間，頑固堅持反革命立場，在獄內繼續進行反革命活動，實屬是一個死不悔改、怙惡不悛的反革命分子。為誓死保衛偉大領袖毛主席，誓死捍衛戰無不勝的毛澤東思想，誓死保衛以毛主席為首的黨中央，加強無產階級專政，茲根據中華人民共和國勞動改造條例第七十一條和中華人民共和國懲治反革命條例第二條、第十條第三款之規定，特判決如下：
判處反革命犯林昭死刑，立即執行。
中國人民解放軍上海市公檢法軍事管制委員會
1968年4月19日
當天林昭慘遭處決。
林昭那天是從醫院被抓走的。當天上午幾個武裝人員直衝入病房，把正在治病的林昭從病床上強行拉起，並叫道：「死不悔改的反革命，你的末日到了！」林昭從容不迫地要求換件衣服，也被拒絕，隨即被老鷹抓小雞似地架走。公審大會上，林昭口中塞了橡皮塞子，這種塞子能隨着張口的程度大小而伸縮，專防囚犯喊口號用的。另外還可依稀看到她頸部的塑料繩子，這是用來扣緊喉管，防止發聲的。林昭的臉發紅髮青，眼中燃燒着怒火。（見彭令范，《我的姐姐林昭》，收《走近林昭》）根據目擊者的描述，林昭這樣被處決了：
……小吉普飛快開來，停在機場的第三跑道。兩個武裝人員架出一反手綁架的女子，女子口中似乎塞着東西。他們向她腰後踢了一腳，她就跪倒了。那時走出另外兩個武裝人員，對準她開了一槍。她倒下後又慢慢地強行爬起來。於是他們又向她開了兩槍，看她躺下不再動彈時，將她拖入另一輛吉普車飛快疾馳而去……
林昭是年還不滿三十七歲。
1968年4月30日下午，一個公安人員來到林昭母親家的樓房下面。來人一共說了三句話：「我是上海市公安局的。林昭已在4月29日槍決。家屬要交五分錢子彈費。」他拿了錢後一言不答，揚長而去。
林昭母親許憲民一下昏厥過去……此後，她逐漸神經失常。年逾七旬的她，在上海長街上，在茫茫人海中，到處遊蕩，嘴裏喃喃着，仍在呼喚尋覓女兒。半年之後，她被人發現死在街頭，有說是自殺，有說被「紅衛兵」打傷致死。
2000年，親友找到林昭的青絲和骨灰。
三
林昭思想卓犖，才氣橫溢，性格剛烈，拼死寫了數不清的文稿，包括入獄前的書信和寫作，特別是在獄中墨寫和血寫（不少是用鮮血和發卡書寫在撕開的白被單條上）的數十萬字的上書、進言、聲明、論述、詩歌、散文等文稿，包括一百多篇的《牢獄之花》《提籃橋的黎明》《思想日記》……等等。林昭在獄中如此以自己的鮮血書寫，這在人類思想史上，乃至人類歷史上都是絕無僅有的。至今她絕大部分文稿尚未見天日。有關她的專項的材料當局封存了整整一房間。她的檔案包括她的作品至少有四大箱，據說要封存五十年。
