後來紅衛兵叫來卡車，把他們和其他的「階級敵人」扔上汽車，送海淀區公安局收押。她的丈夫說，在押送過程中她還繼續遭到毆打。一個男紅衛兵還站在陳慧恩的肚子上踐踏。陳慧恩當晚死在海淀區公安局，火化後屍骨無存。
她的丈夫鍾永生活了下來。鍾永生在1995年12月24日安祥去世，享年九十歲。
陳慧恩生前常去香山靈修院。她的一個兒子說，那裏有個修女，是媽媽的朋友和同道，他從小一直叫她「許四姑」，不知道全名。修女「許四姑」比陳慧恩年輕一點，和陳恩慧一樣，也在同一時期被打死了。1966年8月下旬，是北京紅衛兵最為殘暴的時期，每日打死人的數字高達數百。信宗教的人，是被打的主要群體之一。
那年十月，陳慧恩的兒子兄弟二人找到參與抄家的兩名紅衛兵，問他們為什麼打死了他們的母親。那兩個紅衛兵說：有人報告，你母親搞特務活動。聯絡暗號是「你好，我好，就他不好」。我們就去了。兄弟二人又問他們抄家中有沒有抄到「反革命」和進行「特務」活動的證據。他們說，只抄到一些舊照片和聖經。
後來大兒子幾乎每年要求他的工作單位領導和黨組織搞清楚問題的性質，但是一直沒有音信。此事一直拖到文革後的1990年，通過氣象局的全國人大代表程純樞的提案提出，才得到青龍橋街道辦事處的答覆：對事件的過程他們一無所知，給了五百元人民幣作為補償。這是文革後對被迫害死的家人賠償的錢的一般數目。
從來沒有人為陳慧恩的死受到批評或懲罰，也沒有任何單位主動關心處理這個人命關天的大事情，更沒有人曾經道歉。後來家人聽說，來抄家施暴的主要參與者之一得了肝癌，年紀不大就死亡了。傳話者說這是對惡行的「報應」。這樣的傳言表現了人心的傾向，但是不能說明正義已經得到。
下面是陳慧恩的照片，另一張是全家四人的照片，攝於1956年9月。
