但是，潘光旦畢竟對國民黨政權極其失望，因此，眼看中共能夠一統江山，迅速恢復經濟，並且深得工農學生擁護，他對中共的成功亦不能不口服心服，這使得他對自己過去批評一切主義的態度及堅持學校和學生應與政治保持距離的看法，都不免逐漸發生變化。對於新政權下缺少自由，他理解為「革命剛成功，個人沒有自由，將來還會有自由的」。對於自己的優生學上不了講堂，他的解釋是「馬列主義解決飲食問題，優生學解決男女問題，將來仍是有用的。」由於意識到自己的一套知識結構必須補充更新，他也開始習慣，甚至自覺地去接受中共的一些政治術語，包括用毛澤東的「四面八方」和「勝利負擔」等用語作聯，寫一些「教職空前大團結，向人民低頭學習；看齊了工農勞績，為新文化努力」之類的新式口號來做祝詞，等等。
潘光旦逐漸意識到自身知識結構和政治才能難以適應新形勢和新社會的一個最典型的例子，就是他撰寫批評美國對華政策白皮書的過程。
1949年8月5日，美國國務院公開發表題為《美國與中國的關係》的白皮書，承認對華政策失敗，但指責國民黨政府的腐敗無能是丟失中國大陸的關鍵所在，同時寄希望於「中國的悠久文明和民主的個人主義終將再度勝利」。對此，毛澤東以新華社評論員名義，一連發表了幾篇措辭尖刻犀利的政論文，一方面痛斥美國在中國的帝國主義政策，一方面警告那些口頭上擁護，骨子裏還要看一看的知識分子不要被美帝國主義所欺騙，宣稱這些「頭腦中還殘存着許多反動的即反人民的思想」、「對美國懷着幻想」、「一遇到困難就要動搖的」人們，「就是艾奇遜所說的『民主的個人主義』的擁護者」或所謂「自由主義者」。
對此，作為毛澤東文中所稱「先進的人們」之一部，潘光旦所在的民主同盟迅速發表文章「斥責」「美帝白皮書」。而作為民盟清華大學支部負責人，潘顯然也一度嘗試響應中共，表明態度。然而，當他動起筆來，卻很快發現，無論是用過去所學的中學，還是西學的知識，他都無法像毛澤東那樣，痛快淋漓地講出一番義正辭嚴的大道理來。
潘光旦開篇就坦言：「我是一個一向喜歡討論民主，討論自由思想，討論個人人格一類題目的人」，因此理當就所謂「民主個人主義」和服膺這種主義的人談談自己的看法。但真的談起來，他很自然地就回到了他此前一貫的思想方法上去了。即首先在名詞上鑽牛角尖，然後從學理上做分析，所談基本上還是他過去在《讀自由主義宣言》等文章中反覆談到的那些觀點。即從名詞上分析「民主個人主義」根本就是自相矛盾，不成為一個名詞，理由是民主承認個人而否認個人主義，個人主義主張個人至上，決不民主；從學理上說明把個人抬高到「主義」的程度，便成了赤裸裸的自私自利主義和放縱散漫的自由主義，結論是說這種主義者實際上是被物慾所支配，既不自由，也不可能民主。照此邏輯分析下去，罵罵美國人還可以，要去批評毛澤東所批評的那些服膺這種主義的中國人，就難乎哉了。因為在他內心裏，他根本就不認為中國真的存在這種所謂「民主個人主義者」。14因此，潘光旦這篇表態文章僅僅開了個頭，便寫不下去了。
早已習慣了在社會政治問題上指點江山、激揚文字的潘光旦，很難接受這樣一種落伍的現象。為了要適應和跟上新社會的步伐，除堅持每日讀一點報上的政策文章外，潘不能不開始閱讀他過去一向以為是「教條」的中共的各種理論讀物，如《聯共(布)黨史簡明教程》、馬克思恩格斯及毛澤東的著作等。一旦認識到自己落伍於時代，他讀這些成功地引導中共取得了勝利的「教條」的感受，也就大不相同了。初讀《聯共(布)黨史簡明教程》，他就不能不承認該書理論說明「條理簡潔，詞旨明達」，一些論點「亦甚平允」，個別內容甚至「大可作社會思想史講授時之開場白」。讀毛澤東那些形象生動、極具中國味道的文章，更是深受觸動，說是因為「他的文章與中國舊日的文章好像一樣，也叫我感到欽佩。」
開始時，他對這些書中的有些東西還頗難習慣。如讀《聯共(布)黨史簡明教程》時，就對該書中稱馬克思關於歷史唯物主義之精要的陳述為「天才之陳述」，深感突兀。但數月之後，即到1950年5月以後，他已經自覺不自覺地認可了這種說法，包括對集體學習馬列主義的必要性，也開始給予某種程度上的肯定了。用他的話來說：「經過一年多的政治學習，大學師生對於馬列主義雖未必搞通，相當的把握是有了。有了把握，便可以選擇、批判，別的方面的理論學習的介紹好比接種牛痘，種過以後，可以不出天花。從另一個方面說，馬列主義的構成，一半由於馬列的天才，另一半是由於二三千年來西洋學術文化的精髓，大學生可以對這些來源加以問津；馬列主義需要發展，馬列去世以後西洋文化的積累可以使馬列主義更趨於發揚，大學生有權利也有能力吸取這種資料。」
潘講這番話時候，恰值當局有意按照蘇聯的模式改造新中國大學專業的設置，他理所當然要用這種說辭為在大學裏保留自己的社會學專業進行辯解，但其公開肯定馬列主義的指導性意義和直言馬克思、列寧的「天才」性，說明他的思想觀念已經潛移默化地
