一位電機系同學潘德恆則當眾揭發稱：1948年8月19日北京軍警大舉搜集清華校園時，進步同學向潘提出把同學們辦的紀念「一二·一」運動的圖書館中的資料移到大圖書館去，潘以那是些小冊子當場拒絕。以後，同學們又要求把其中5000多冊馬列主義書籍放到大圖書館，潘又藉口這些書太破，不好放進去為由婉拒。後來還是經同學們力爭，才裝訂了其中的一千多冊放了進去。建國後，同學們要求清除圖書館中的反動書籍，潘說：「你量太小了，假使你潘德恆有本領訂出一個標準的話，我就照辦。我是文教委員，從未聽過要撤除反動書籍的事，你們這樣演變下去，要形成焚書坑儒了。」同學們再要求時，他就說：「空氣中什麼細菌都有，就沒見人人都病。可見身體抵抗力強就不會得病，反動書籍也是這樣。」
潘光旦此前所發表的政論文，這時也開始引起了一些與會教師的注意。如有教授就提出：潘在1948年9月發表在《觀察》雜誌上的《從幾個世運選手拒絕返國說起》一文，明明是匈牙利幾個運動員到英國參加運動會叛逃，「甘心為帝國主義作爪牙」，潘卻把他們說成是「皎皎之輩」，說他們是「渴望自由」，「認為英國是最自由民主的國家」，這明顯是站在帝國主義者的立場上誣衊蘇聯及其人民民主國家，充分說明「他的反動思想是一貫具有戰鬥性的」。
兩次檢討沒有通過，無疑帶給潘光旦極大的思想壓力。他一方面在私下裏認為這是有人打擊報復，另一方面也不能不開始意識到自己的檢討有些問題：「是不是因為我把進步一面說得太多了，所以別人不滿意？」29尤其是第二次檢討正值思想改造運動和「三反」運動熱火朝天之際，學生和教師中間的積極分子情緒十分激昂，揭發、檢舉、批判鬥爭，大會小會不一而足。潘光旦的問題更是被上綱上線，甚至有被從「歷史問題」變成「政治問題」的嚴重危險。在張奚若、金岳霖幾位教授先後登門相勸或當面嚴加批評之後，他又兩三度在系、館和民盟支部範圍內進行檢討，結果是更多的「歷史問題」被揭發出來，而再難脫身了。
在北京市委1952年2月底報給華北局和中央的報告中，也已經把對潘光旦的鬥爭作為一個典型案例來加以說明了。這份充滿了勝利喜悅的報告寫道：學生群眾一起來，一些行政領導和教授就「不得不自動地或被迫地放下臭架子，進行自我檢討。……北大的湯用彤、馬大猷、羅常培、錢端升，清華的葉企孫、周培源、潘光旦、錢偉長……都在群眾面前檢討了自己的宗派主義、本位主義、自私自利思想，或崇美、親美思想。檢討好的，群眾讓他們過關；檢討不深刻的，群眾就不讓他們過關。潘光旦已檢討了五次，並且哭了一場，仍未過關。……經過這一番鬥爭，大學裏的思想發生了顯著的變化。過去一般教授和學生們崇拜為偶像的所謂名校長、名教授如葉企孫、陸志韋、潘光旦等都倒下去了……許多學生很幽默地說：在『三反』鬥爭中，我們的旗幟倒了。」
「歷史問題」的變本加厲
1952年3月，中共中央就高校思想改造運動的具體策略發出指示稱：高等學校的思想改造運動，要特別依靠學生群眾，「批判和打擊現在學校中仍普遍和嚴重存在着的各種資產階級思想」。具體辦法應實行「人人過關」，即「每個教師必須在群眾面前進行檢討，實行『洗澡』和『過關』」。在此基礎上，可採取「分層過關」的策略，即「(一)先讓大多數政治思想上沒有嚴重問題的人很快過關；(二)再幫助一批思想作風上有較大毛病，但願意改正錯誤力求進步的人過關；(三)少數政治上或思想上有嚴重問題的人，在群眾的揭發、檢舉和嚴格的檢查下，進行多次反覆的檢討，然後過關；(四)直到最後每校總有極少數政治上和經濟上有極嚴重問題的人過不了關的，對於這些人行政上可按其情節給以停職調職或撤職等各種處分。」
與此同時，周恩來這時也注意到北京大學和清華大學思想改造運動已經發展到學生群起批判教師，各種歷史問題均被上綱上線，教授們過關極為困難的情況，故致函中宣部長陸定一，要他立即召開相關會議，向負責幹部說明：思想改造是長期的，不能過急。在北大、清華要馬上制止急躁情緒，除少數人外，過去的事情坦白交待了，就可以過關，思想問題不可能一次得到徹底解決。
一方面，中共中央規定了分層分批讓多數教師過關，重點批判少數人，只處理極少數人的策略；另一方面，陸定一也根據周恩來的指示，給北大、清華領導層打了招呼，因此，兩校隨後也陸續安排眾多教師分批檢討「過關」。清華大學副教條長費孝通在3月8日的全校大會上公開檢討之後，就被很快宣佈已得到了群眾的認可，順利過關了。
費孝通曾經做過潘光旦的學生，以後長期在一起工作，併合作研究，兩人久已成莫逆之交。1946年「李聞慘案」後與潘光旦一起躲進美國領事館，後來又一起轉經重慶飛往南京，再一起到滸墅關暫避的，也是費孝通。費孝通1940年代後半期也和潘一起，寫過不少政論文章，費孝通都能夠通過，本已極度絕望的潘光旦，又不免感到了些許希望。
