在如此強大的政治壓力下，自然再不會有人站出來為潘光旦講話了。民盟北京市支部隨即正式通知清華區分部：「接受清華盟員的要求，撤除潘光旦同志清華民盟區委及主委的職務。」
無法解脫的解脫
在1952年3月29日大會之後，潘光旦的問題被掛起來了。隨着高校「三反」運動及思想改造運動逐漸進入尾聲，民盟撤銷潘光旦職務的決定也在校《三反快報》發表出來，潘雖然感到更大的思想壓力，但漸漸認為這也算是一種解脫了。特別是4月以後校節約檢查委員會更進一步把他的三次大會檢討和與會者的揭發批判意見印成小冊子加以散發，他更是抱着一種破罐破摔的心理，心想：「我的學習，我的覺悟，我的政治水平，反正只到這樣一個程度，一下子也是急不來的。大家又把我怎樣？」無論怎樣，反正處分也處分了，檢討一時也做不好，「能告一段結束，就告一段結束」吧。因此，學校不催，他也不急，讀書看報，日子照過。有時有人問起了，他就推託說：領導上已經有了結論了，我的檢討不知耗費了同志們多少時間，還是不要再勞師動眾了。當然，正如費孝通後來所說，潘光旦這時其實和大多數教授們一樣，已經徹底相信「思想非變不行」了，相信「原罪」在身，非承擔不可了。為了和自己的過去一刀兩斷，他這時把自己珍藏的《政學罪言》等各種可能有「問題」的出版物，一把火燒掉了，每天讀的東西，也大都是報紙和《幹部必讀》之類的學習材料。
潘光旦的所謂「歷史問題」，查來查去，最後也沒有發現任何真正對中共有危害的情況。眾多國民黨藉教授這時都已經過關解脫了，繼續拖着民盟的潘光旦的問題不解決，清華校方也漸感被動。畢竟，這次的思想改造運動，除極個別情況以外，一般並不含有要清理高校教師隊伍的任務，因此，在查清潘與張東蓀的問題無關，歷史上的政論文章也並無其他特殊政治背景之後，潘光旦進一步檢討過關，已是必然。
由於「三反」複查、院系調整、暑期放假等種種原因，潘光旦的過關問題被拖了下來。金岳霖、吳景超、費孝通等教授都替潘光旦着急，一再提出：清華社會系已解散，潘已決定調去民族學院，無論如何不應讓他背個包袱到新工作崗位上去。秋季開學後，學校有關部門又重新啟動了幫助潘過關的程序。
為了讓潘能夠寫出通得過的檢討稿，學校首先組織他去北大參加那裏最後一個重點人物周炳琳的全校檢討大會，讓他看到周痛哭流涕、子女表態、師生肯定，最後順利過關的場面。然後再通過社會系講師劉世海從側面向潘提出應學周炳琳再做檢討，爭取一次過關的提議。在了解到潘有所心動之後，學校一面專門借調了已經是中共黨員的潘的女兒回家做潘的思想工作，一面組織了包括社會系年青教師和民盟積極分子在內的專門工作組，分頭找潘個別談或小會談，一個問題一個問題地和潘討論，直到說服潘為止。終於，潘光旦下決心再寫檢討了。他這次花了很長時間，一頁一頁地檢查他過去的各種文章，包括把他珍藏的全套《華年》雜誌拿出來仔細翻閱。然後一邊寫，一邊分節送給金岳霖、吳景超、雷海宗、周一良等教授們看，儘管他對不少意見未必能完全接受，但基於此前的教訓，也不能不按照大家的意見一點一點地修改。最後，潘終於寫出了一篇3萬多字，多數教授都表示基本肯定的檢討書。學校隨即組織了工作小組會議，根據潘的檢討書再當面給潘提意見，與會者也基本上予以了肯定。只是在個別地方提出了修改意見。如錢偉長說：「他對過去惋惜口吻多，新生力量不夠，決心看不出。」馮友蘭等說他的檢討平鋪直敘，對國民黨的關係說得不清楚，缺乏具體分析。
1952年10月27日，清華大學召開了以文法學院師生為主的數百人的大會，聽取潘光旦的檢討。他一上來首先承認，自己過去檢討不好，主要還是因為「怕摸到我自己的瘡疤，還是想遮掩過去」。比如自己過去研究優生學，「是根據了美帝誣衊我們民族的許多資料來搞」的，建國後還想做輔仁大學的董事，這些都是喪失民族立場的問題，自己卻都沒有談到。另外，自己思想上還有些包袱，如有舊學問的包袱，總是自以為很有一套，總以為自己是進步的。因此，對錯誤，自己也承認了一些，但說我是全盤錯了，無一是處，就很不服氣。結果是自己的檢討，「一面承認了些我的毛病，一面卻把我自以為毛病不大的地方或自以為沒有毛病的地方表示給同志們看，妄想同志們得一個印象，我這個人雖然不好，還不至於太不好。」
他接着具體講述了加入國社黨、辦《華年》雜誌、對學生運動的態度，以及與民盟的關係等問題的具體經過情形，着重舉例說明了自己過去文章中「對不起黨，對不起革命」的種種言論，說自己「是一貫的反對革命的」，包括對學生運動一直是採取「壓制破壞」態度的。
對於解放後「思想暗流」的問題，他更坦言：「我把黨看作一個專政的黨，把黨的領導看做黨的專政，把統戰看作所以掩飾黨的專政的一種做法，要團結大家是有的，要大家擁護新的政權，是有的，但大家怕未必能當家作主。因此，對民盟與其他民主黨派，起初，大約有一年，我認為可以取消。一九四九年冬天救國會的自動宣佈解散更加強了我的這種想法。後來，領導黨方面不斷的鼓勵各民主黨派，不但要繼續維持，並且要鞏固擴大，我知道我的猜測錯了。但我還在冷眼旁觀，在揣摩領導黨的做法，還是把領導黨的許多舉動作為一種手段來看。」「後來政府成立，中央與地方各級都有各黨各派和無黨無派的民主人士參加，並且很多做了某些部門的正首長，而黨員反有做他們的副手，我又認為
