崇禎帝像（網絡圖片）
思宗自殺以後，他的子女散歸民間，下落不明，從而引起人們的各種猜測。
長公主、皇太子與朱三太子思宗的子女不幸生在了末代帝王之家，這就註定了他們悲劇的命運。皇太子先後出現過兩個；朱三太子先後出現過多次。不過，他們的下場無一例外都很悲慘，都最終被處死。相比較而言，思宗的女兒後來的下落倒還比較清楚。這是因為，思宗在決意自縊之前，為了不讓自己的女兒受辱，曾先後對自己的兩個女兒下毒手。即使僥倖生還，也決無法遁逸。
武俠小說常偽托的長平公主，實際上死於順治三年（1646）。思宗總共有六女，其中四女早逝。崇禎十七年（1644），思宗還有兩個女兒，即長平公主和昭仁公主。崇禎帝自殺前，入壽寧宮，長平公主牽衣而哭。崇禎帝說：「汝何故生我家？」揮劍砍去，斷長平公主左臂，昏死過去。接着，思宗入昭仁宮，砍殺昭仁公主。長平公主昏死後，被人抬到周皇后的父親周奎家中，五天後竟然甦醒過來。順治二年（1645），長平公主上書給清世祖，請求准予出家。清世祖不同意，命將長平公主許配給當初思宗為她選定的駙馬周顯，並賜給土田、府邸、金錢、車馬。但長平公主經歷家破國亡之痛，鬱鬱寡歡，次年逝世。
思宗共有7個兒子。其中，周皇后生子三人，即太子慈、懷隱王慈（皇二子）、定王慈炯（皇三子）；田貴妃生子四人，即永王慈（皇四子）、悼靈王慈煥（皇五子）、悼懷王（皇六子）、皇七子。崇禎十七年（1644），太子16歲，皇三子定王慈炯14歲，皇四子慈應當也有十餘歲。除了這三個兒子外，其他的兒子都已早逝。與對待女兒的方式不同，思宗在死前命皇太子、皇三子、皇四子分別藏匿於公卿貴戚家中。太子來不及去成國公府，便隱匿於民間，定王和永王一齊去了周皇后的父親周奎家。三月十九日，李自成進城，命令搜尋太子與定王、永王。二十日清晨，嘉定侯周奎將定王、永王交出。太子據說亦被李自成的軍隊搜獲。太子與闖王李自成之間還有一段對話。太子挺立不屈，談吐自如，問李自成說：「何不殺我？」闖王說：「汝無罪，我豈妄殺！」太子說：「既然這樣，聽我一句話：一，不可驚我祖宗陵寢；二，速葬我父皇母后；三，不可殺我百姓。」四月十三日，李自成東征吳三桂時，定王、永王隨軍前往。據說，太子當時也在軍中。據《明史》記載，李自成曾封太子為宋王。此後，太子、定王、永王的下落都不清楚，或說曾被吳三桂奪去，或說定王曾在城南遇害。崇禎十七年（1644）十一月，北京出現皇太子；順治二年（1645）南京的南明小朝廷中亦出現皇太子。無疑，兩位皇太子中必有一假。
先說北京出現的皇太子。崇禎十七年（1644）十一月的北京城，已經牢固地掌握在清朝的手中。然而，一個貌似太子的男子在一位太監的陪同下出現在嘉定侯周奎府中，自稱皇太子。
當時在周奎府中的長平公主見後，兩人抱頭痛哭。單看這一節，想來太子應該是真的，否則以長平公主之心如死灰，何以會與一個陌生男子抱頭痛哭？而且，長平公主與太子都是周皇后所生，乃是一母同胞的姐弟，怎麼可能認錯呢？周奎舉家向太子行君臣之禮，並問太子：「你一直藏在哪裏？」太子回答說：「城陷之日，我單獨藏匿在東廠門外。一日夜出，潛至東華門，投身於一個豆腐店裏。店小二心知我是避難的人，給我穿上舊衣服，讓我在灶前燒火，又害怕我暴露，五天之後將我送到崇文門外的尼姑庵中，在那裏假裝貧困無依的孤兒住了半個月。常侍（太監）來尼姑庵，發現了我，又把我帶回家，藏在密室里。聽說公主還在，所以就來相見了。」說完，與公主哭別而去。幾天之後，太子又來了，公主告誡他說：「慎毋再至矣。」也許公主明白，三月份周奎既然能把皇三子定王和皇四子永王交給李自成，這次也許會再出賣太子給清朝。果然，十一月十九日太子再來，周奎留宿太子。二十二日，他要求太子自稱姓劉，是一個假太子。太子說：「悔不從公主之言，今已晚矣。」當晚，周奎令家人將太子逐出門外。太子出門後，被巡邏的清兵以「犯夜」罪逮捕，交給刑部審理，斷為假冒太子。主審的刑部主事錢鳳覽找來原司禮監太監王德化、原錦衣衛10名侍衛太子的錦衣衛來辨認，都說是真太子。侍衛們還下跪說：「此真太子，願毋傷。」於是錢鳳覽上書朝廷，指責某些明朝的官員以真太子為假太子。周奎等人竟然還說：「即以真為假，亦為國家除害。」這位昔日的國丈，似乎已完全將自己的角色轉換成一個新的「大清國」的臣民了。最後，攝政王多爾袞出面，宣佈將太子押於監獄，後來被處決於獄中。凡爭言太子為真的臣工都被處罰，錢鳳覽處以絞刑。這件事情詳細地記載於《甲申傳信錄》，與《明史》中李自成封太子為宋王的情節有所出入。而且，清人所編的《明史》中也未提及這一次在北京出現的太子，而只提及南明小朝廷中出現的皇太子事件。《明史》是不是故意迴避這一次事件呢？孟森就認為北京出現的太子是真的，而南明小朝廷出現的太子是假的，但百姓痛恨弘光政權朱由崧，所以寧願相信是真太子。那麼，南京出現的皇太子事件是怎麼樣的呢？
順治二年（1645）三月一日，太監李繼周奉弘光皇帝朱由崧之御札，將盛傳正流落於蘇州、杭州的皇太子接到南京。據說，太子本不願去南京，行前曾問李繼周說：「迎我進京，讓皇帝與我做否？」李繼周說：「此事奴婢不知。」皇太子入南京後，被安排在興善寺暫住。弘光帝派兩名太監去見太子，辯認真偽。兩人一見太子，就抱頭慟哭，脫下衣服給太子穿。弘光帝得知之後，大怒，說：「真假未辯，何得便爾。」接着便處死了兩名太監，並殺了李繼周滅口。原總督京營太監盧九德也來探視，正視良久，不敢表態。太子呵斥道：「盧九德，汝何不叩首？」盧九德下意識地跪下便叩首，說：「奴婢無禮。」太子說：「你才隔多長時候，肥胖至此，可見在南京受用！」盧九德只敢叩頭：「小爺保重。」盧九德向弘光帝的報告是：「有些相像，卻認不真。」皇太子在南京的消息傳出去之後，引發了弘光朝的政治危機。處於長江中游的左良玉，就以護太子的名義進逼南京；在江北的黃得功、劉良佐等總兵也上疏要求善視太子。但是，弘光帝深知，如果太子是真，自己撿來的皇位可能就不保了。因此，在他的佈置下，辯認工作慢慢地便朝「假太子」的方向轉移。尤其是曾經充任太子講官的王鐸，更是一口咬定太子是假。最後，審訊的結果是：假太子真名叫王之明。接下來的審訊過程頗有意思。三月初八，一審問官指太子為王之明，太子說：「我南來，從不曾說自己是太子，你等不認罷了，何必更名改姓？李繼周持皇伯諭帖來召我，非我自來者。」三月十五日，都察院左都御史李沾提審。李沾大喊王之明，太子不應。李沾怒道：「為何不應？」太子說：「何不喊『明之王』？」李沾大怒，吩咐用刑，太子高呼皇天上帝。當時，南京士民都說弘光朝廷欲絕先帝血脈。因此，到最後弘光政權雖然不承認太子的真實性，卻也不敢加害太子。五月十日，清軍大舉南下，弘光帝逃到了太平府。南京市民沖入監獄，毆打王鐸，放出太子，並擁太子登上皇位。只可惜5天之後，清軍即進入南京城。當時，清軍的統帥多鐸問：「太子何在？」投降的弘光朝大臣們說：「太子是假的，真名叫王之明。」多鐸笑道：「逃難之人，自然改姓易名，若說姓朱，早就被你們殺了。」一名降臣說：「太子原也不承認自己叫王之明，是馬士英安排下的。」多鐸笑道：「奸臣！奸臣！」五月二十五日，多鐸設宴招待剛擒獲的弘光帝，並將他的位置安排在皇太子之下。皇太子對弘光帝說：「皇伯手札召我來，反不認，又改姓名，極刑加我，豈奸臣所為，皇伯或不知？」弘光帝支支吾吾，不敢出聲。幾個月以後，多鐸將太子和弘光帝都帶往北京，隨後都被清廷處死。
皇太子案剛結束，清初又接連出現了朱三太子案。順治八年（1651），有冒稱崇禎第三子名朱慈煥者；康熙十二年（1673），有名楊起隆者冒稱朱三太子；康熙四十六年（1707），又有化名王士元者，自稱為朱三太子朱慈煥，後被凌遲處死；康熙六十年（1721），朱一貴之子自稱朱三太子，聚眾造反。因此，朱三太子案先後出現四次。但是，朱三太子到底是思陵不是指思宗的第三子？思宗的第三子名朱慈炯，即定王。按照皇位繼承的順序來說，皇太子既已被殺，則年齡最大的皇三子朱慈炯是最合法的明朝皇位繼承人，這也就是「朱三太子」名字吸引人之處。還有一點，朱三太子案中兩次指朱三太子為「朱慈煥」，而不是真正的皇三子「朱慈炯」。原因何在？朱慈煥是思宗的第五子，生5歲即病死。據《明史》記載，朱慈煥死前曾對思宗說：「九蓮菩薩說:『皇上待外戚太薄，將讓他的兒子都死掉。』」九蓮菩薩即神宗的生母李太后。思宗覺得此事奇怪，便封朱慈煥為「玄機慈應真君」。
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