武漢新型冠狀病毒起因一直被外界質疑，中國多個科研機構最近發表文章，指在93個病毒樣本中，發現所有與華南海鮮市場樣本都是單倍型H1（基因類型），但在另一份在武漢發現的H3樣本則與市場無關，估計病毒起源並非華南海鮮市場，而是首名感染者接觸市場人士，病毒再於市場內迅速傳播。研究又發現，病毒曾在去年12月8日及今年1月6日大爆發，估計病毒在去年11月已開始人傳人，而在元旦假期再次爆發。
《財新網》報道，中國科學院西雙版納熱帶植物園、華南農大、中國腦科學研究所等機構的研究人員發表文章，指病毒是從其他地方傳入武漢華南海鮮市場，再在擁擠的市場促進其傳播。
研究人員收集了全世界共享到GISAID數據庫的病毒數據，包括四大洲12個國家的93個新冠病毒樣本。通過全基因組數據解析，研究人員發現所有樣本包含58種單倍型（基因類型），其中與華南海鮮市場有關聯的患者都是屬於「古老超級傳播者」的單倍型H1，及衍生的單倍型H2及H8至H12，顯示市場內曾短期內存在傳播感染。
值得留意的是，其中一份武漢樣本單倍型H3亦屬於「古老超級傳播者」，但樣本與華南海鮮市場無關，研究人員估計市場的發現單倍型H1是源自單倍型H3，亦即是華南海鮮市場不是病毒起源，而是從其他地方輸入。
研究指感染者將病毒傳給市場上的工人或賣家
研究人員估計，首名感染病人與市場無關，感染者可能將病毒傳給市場上的工人或賣家，再迅速在市場上流通，並在去年12月開始傳播。
研究又發現，病毒在2月12日前發生過2次明顯的種群擴張，早期擴張發生在12月8日，近期擴張在1月6日。文章解釋，較早的一次擴張暗示病毒可能在12月初，甚至11月下旬即已經開始有人際傳播，隨後在華南海鮮市場加快了人際傳播；1月6日的擴張可能與元旦假期有關，因及後中國發佈二級應急響應，令公眾活動和出行都有所減少，令1月份中下旬的病例有所降低。
另一個「超級傳播者」單倍型H56樣本，同時在澳洲、法國和美國，以及台灣患者均發現相同基因，其他的患者感染來源則比較單一，除了是武漢旅遊輸入或在武漢感染外，部份人可能是在廣東、新加坡等地被感染。
此外，研究人員發現病毒基因組沒有發生明顯的重組事件。
