2100億工程成本花在哪
與南水北調工程一再「跳票」相伴隨的，是成本一漲再漲，從原先估算的1240億元漲到2082億元。
根據2002年國務院批覆的《「南水北調」工程總體規劃》，「南水北調」東線、中線一期主體工程估算總投資1240億元，其中東線一期320億元，中線一期920億元。但隨着「南水北調」工程一再「跳票」，成本也一漲再漲，從原先估算的1240億元漲到2082億元。
國務院南水北調辦最新公佈的數據顯示，截至2014年4月底，已累計下達南水北調東、中線一期工程投資2448.6億元;工程建設項目累計完成投資2467.6億元，其中東、中線一期工程分別累計完成投資315.0億元和2082.9億元。
按照可研階段預算，東、中線一期工程總投資為2546億元。而國務院南水北調辦原主任張基堯曾對媒體表示，東中線一期工程總投資可能要達到3000億元。
這些年來「南水北調」，尤其是中線工程成本飛漲，到底原因何在?
從2002年動工之後，「南水北調」工程一直處於投資不足的階段，伴隨着2008年金融危機之後政府救市，作為重大工程項目，「南水北調」的投資才得以跟上。
不過，經過這麼長時間耽擱，物價、用工費、拆遷費等成本早已今非昔比。
「成本肯定超預算，征地費漲了不是一點半點，10年前一個勞力可能一天也就三四十塊錢，現在一天得上百塊……物價上漲、地價上漲，對工程的影響非常大。」許新宜對21世紀經濟報道記者表示，因為工程拖了十年，造價翻番「很正常」。
尤其是移民，做了很大犧牲。」賈紹鳳告訴21世紀經濟報道記者，除了物價上漲因素，更重要的是「南水北調」補償標準提高了很多，征地、移民投資增加不少、「重大工程對於個人的財產、權利越來越重視，不能讓老百姓犧牲太多，成本也就越來越高」。
隧道專家王夢恕則認為，工程方案採用明渠輸水，也是工程造價高企的重要原因之一。在南水北調動議階段，他曾建議採用淺埋暗挖法，全程採用暗渠輸水。不過，水利部及「南水北調辦」的很多專家認為，暗渠引水工程成本更高，而且維修難度也比較大，採用明渠供水，水流動時會溶解一部分空氣，有助於去除部分污染物，提升渠道自淨能力。
「不是簡單說暗挖就貴，明挖就便宜，這個觀念是錯誤的。」王夢恕認為，導致現在南水北調工程成本遠超預算的原因在於，水渠明挖法工程量和征地面積太大，而且邊坡要保證砌好，不然一下雨全垮了，此外上面還要修很多橋，花費也很大，而採用7米直徑做暗渠就會少開挖很多。
「我曾經看過幾次工程現場，認為這樣干不行，浪費國家資源、破壞環境，很不應該。」王夢恕表示，明挖的土方工程、混凝土工程遠遠大於暗挖，很不合理，因此開工後工期一拖再拖。
國務院「南水北調」辦原主任張基堯曾表示，「南水北調」中線的跨渠橋樑，原來只設計了600多座，最後新增1300多座，也成為工程投資增加的一個因素。
2100億工程投資是否納入水價成本
現在算成本，關鍵問題是工程投資那部分錢，中央政府怎麼看，如果說這就是給老百姓辦好事，不考慮收回投資，老百姓交水費只是交工程的運行維護費，那水價就很低。
伴隨着工程成本劇增，屆時南方北調水的用水價格是否也要翻番?
接受21世紀經濟報道採訪的專家表示，按照2000多億元的工程成本粗略計算，單方水投資額相當於10%，也就是20多元，而水價又接近單方水投資的10%，所以「南水北調」的平均水價大概是2塊多錢。
但這只是按2400億工程投資計算，如果考慮到配套支線分水工程投入、後期工程維護、水源地生態補償以及自來水加工、市內管道輸送成本，每方「南水北調」水到北京用戶端的價格，有人測算，高達10多塊。
「單方水投資和成本水價就跟人的身高和體重一樣，不是一個概念，現在很多人搞糊塗了，認為『南水北調』投資二十幾塊錢，海水淡化才5塊錢，這就是拿身高和體重比較的問題。」許新宜對記者表示，單方水投資額除了用來比較工程方案的優劣外，幾乎沒有實際意義，平均水價也比較模糊，因為引水的源頭水價低，末端肯定高。
不過，傅濤認為，相比海水淡化，南水北調是國家戰略性工程，大部分調水成本沒有納入到戶水價，政府做了戰略補貼，如果算全成本是非常高的。
由此而來的問題是，「南水北調」的漢江水如何定價，成為一個兩難問題，定價過高，當地承受不了，不願意使用;定價太低，又難以收回成本。
「南水北調東線調水到德州，水價比當地水價高，當地不願用，結果就只能躺在那裏『曬太陽』了。」一位不願具名的專家對記者表示，很多人擔心「南水北調」中線工程調來的水價格太高，最後也成為這樣的「曬太陽」工程。
北京市「南水北調」辦公室主任孫國升曾公開表示，預計「南水北調」到京的成本價不會超過每噸3元。
然而，上述專家認為這種說法「不靠譜」。「因為中線工程不能跟東線比，東線到末端是兩塊多錢，但東線的投資也就幾百億元，中線投資成本數倍於東線。」他表示，光知道總投資數額還不夠，還要弄清楚工程分段的每一段項目投了多少，到哪一個口門多少錢，才能算出進京的成本價格。
