前總理李鵬對三峽工程的評價（其實也是他的自我評價）是「功在當代利千秋」，但是三峽庫區附近的「天象」卻未能配合他的「自度曲」，不斷示警。民眾的親身感受與部分專家對長江生態即將崩潰的預言，讓國人生活籠罩於環境恐慌感中。
*長江流域生態急劇惡化*
近年來，三峽工程對長江流域生態的影響成為中國媒體反覆討論的話題，原因在於該工程修建後，中國境內氣候惡化，如2006年夏季川渝大旱、2008年冬季南方大雪災、2010年3月西南乾旱等，因為出現頻繁，人們有理由懷疑與三峽工程有關。2011年長江中下游多個省份持續乾旱，天涯社區出現一篇題為《圖解：三峽修建後對大範圍地區氣候的影響》的網文，引發了網友熱議和焦慮：很多人都在問：「大旱是否真與三峽工程有關？」
認為有關的人列出自己的親身感受，長江中下游的影響不僅在水面、陸地，更在天上，即三峽工程改變了庫區周邊以及長江中下游的氣候。他們的理論相似，即三峽大壩阻擋了氣流的正常流動，或者三峽水庫形成了低壓，影響了正常的大氣環流，繼而改變了氣候。但面對這些質疑聲，中國氣象局出面闢謠，說那是全球性氣候變化引起了極端天氣，災害均與三峽無關。中國氣象局局長鄭國光早前曾表示，三峽工程對氣候的影響不應被誇大。
面對專家們的解析，非專業的作者自然無法佔辯論優勢，旁觀者也將信將疑。但是，由中國科學院、世界自然基金會和中國國家開發銀行從2006年起聯合進行的一項「長江保護與發展」研究項目，卻很清晰地展示了長江流域的生態危機，該項目的研究結果匯集成《長江保護與發展報告》，每兩年發佈一次，目前共發佈2007、2009、2011三部，被稱為「長江的體檢報告」。
長江流域生態惡化的原因很多，其中重要原因之一是與過度修建水壩有關。幾年前的統計數據稱，長江流域共有水庫4.57萬座，已建和在建的水電站在2001年底已達2441座。後來由於「跑馬圈水」，小型水電站遍地開花，國內媒體曾以「長江流域多座水電站未批先建河床乾涸污染嚴重」為題做過專題報道，指出小水庫已經無法具體統計。
過度密集的水壩與電站以及污染導致河流生態環境急劇惡化。2004年，三峽庫區支流庫灣累計發生「水華」（指淡水水體藻類大量繁殖）6起。在某些河段還出現了江水回流，污染物滯留在水庫里。2007年，湖北、重慶政府負責人均表示，三峽工程蓄水後支流水質惡化，部分出現「水華」現象，且發生範圍、持續時間、發生頻次明顯增加。《長江保護與發展報告2007》顯示，長江水質呈整體惡化趨勢，防洪減災形勢嚴峻。《長江保護與發展報告2011》指出，三峽工程對長江流域的影響尤其嚴重。「長江三峽工程蓄水運行的累積影響倍受關注，水庫運行，導致庫區富營養化進程加快和支流、庫灣藻類水華頻發，清水下泄引起長江幹流河道劇烈沖刷，垻下河道水文情勢變化造成中游通江湖泊江湖關係改變和湖泊水情與濕地生態明顯調整，長江特有魚類繁育和四大家魚魚類產卵場以及珍稀水生動物生存等受到嚴重影響。」
報告認為，三峽工程不可避免地改變庫區幹流及下游水文情勢，並對庫區與中下游沿岸生態環境、中游江湖關係產生顯著影響。洞庭湖和鄱陽湖作為長江中游僅存的兩個自然通江湖泊，因受三峽工程的嚴重影響，生態迅速惡化。
*地質災害明顯增加*
2008年四川汶川地震發生後，曾有不少文章指稱與三峽大壩修建有關。儘管後來有專家出面解釋說沒有關係，但是，三峽工程修建後，庫區的地質災害明顯增加卻是事實。
《長江保護與發展報告2007》指出，三峽水庫建成後，有可能誘發構造性和非構造性地震。對三峽水庫而言，危害最大的是構造型地震，在第二庫段仙女山斷裂、九畹溪斷裂、建始斷裂北延和秭歸盆地西緣一些小斷層的交會部位，有可能誘發水庫地震。自三峽水庫蓄水以來幾年間，三峽庫區共有各類崩塌、滑坡體4719處，其中627處受水庫蓄水影響，863處在移民遷建區。
《東方早報》（2011年5月31日）在「三峽大壩所在地地質災害增多」這篇報道中，對秭歸在三峽大壩修建前後的情況加以對比，指出，據秭歸縣誌記載，歷史上該縣屬於少震區，從明嘉靖三十五年（公元1556年）以來，秭歸（原稱歸州）共發生地震46次，其中多數地震震級較小。但從三峽工程開始修建的2000年起，當地地震開始變得頻繁，2000年5次、2001年2次、2002年2次。而在2003年三峽蓄水當年，秭歸地震陡增至18次，而此後幾年地震遺址發生頻率較高，每年均有幾次，2008年多達12次，最高震級4.1級。
《21世紀經濟報道》（2011年5月28日）在「三峽蓄水後周邊地震增多災害防治缺位」指出，與秭歸毗鄰的巴東縣在三峽蓄水後，地震數量陡增。延續千餘年的巴東縣誌對各種災害，如失火、滑坡都詳加記載。在截至1985年的1000多年記錄中，僅1次地震記錄。巴東縣國土局提供的一份資料顯示，2003年6月三峽135米蓄水後，巴東庫區頻繁發生微震活動，自2003年6月至2011年5月，巴東發生3級以下地震1400多次。
這些報道未談及地震對民眾造成的具體災害有多大，但以中國現有的防震能力與建築水平，可以想像這些數字後面隱藏的民眾痛苦與財產損失，以及讓他們深感無奈的環境恐慌感。
*三峽工程體現了「人定勝天」自然觀的狂妄*
極權統治與威權統治之間最大的區別在於：極權統治者將自己看作能夠支配人間、自然界，凌駕於宗教之上的全能者（上管天、下管地，中間管空氣）；威權統治則主要着眼於人類社會的治理。經歷過文革的人，都會記得「人定勝天」、「戰天鬥地」這類標語在中國城鄉遍地張掛。因為要享受「與天奮鬥」的無窮樂趣，科學不免淪為政治的婢女，號稱「三峽大壩的總設計師」的潘家錚先生就是這樣的實例：在科學與政治之間，他最後總是選擇政治，但科學良知又使他深感不安。潘先生曾列出水壩的20大罪狀，認為不宜修建；但後來又認為水壩有害論是西方藉以「限制窮國的發展，以免對他們造成威脅」，中國不能上當；他曾擔心過修建三峽工程可能面臨「爆發核戰爭」帶來的災害，對「景觀被淹、古蹟被毀」、「珍稀物種滅絕」、「環境惡化」、「地震、滑坡、水庫淤積、航道堵塞」等也表示「憂心忡忡」，一度是三峽工程的反對者。但「經過思想轉變」後，又成為力挺三峽工程的主將，而且聽不得批評三峽工程的聲音。問題是，作為一位資深水利專家，不斷地向政治低頭，畢竟成為潘先生無法擺脫的精神負擔，他在《三峽夢》中寫過自己曾做過一個噩夢：夢見自己在「國際生態環境法庭」上受審，被判「開除人籍，永墮魔道，發往陰司地獄，去受凌遲之苦」。
期望中共現階段對三峽工程之危害認真反思，幾乎沒有可能，因此三峽工程對長江流域的生態影響只會是筆糊塗帳。但人可以裝糊塗，自然界卻不會讓人類糊塗了，總會以各種方式向人類進行報復。三峽大壩將以其存在作為這個荒謬時代「人定勝天」自然觀的見證，長久傾聽中國人那「還我河山」的痛楚呼喊。
