「跨越式」發展是劉部長執掌鐵道部的標誌性口號，因此，很多人誤以為「跨越式」發展的口號伴隨着劉部長掌權的整個過程，其實不然，「跨越式」發展只是其中的一個很短的階段，隨後便被「和諧」鐵路的口號取代，和諧鐵路成為主旋律。
人們之所以會有這種誤解，其實是因為從「跨越」到「和諧」，只是口號的提法發生了變化，內容並沒有實質性的變化，中國鐵路還是按照既有的跨越式路線在發展，所謂的和諧鐵路，只不過是跨越式發展的另一個「馬甲」而已，本質不變。
跨越式發展其實是一個很「不正確」的口號，儘管他迎合了部分人想要實現中國鐵路彎道超車的願望，但是，就在鐵路跨越式發展口號提出不久，2003年7月28日，胡總書記《在全國防治非典工作會議上的講話》中明確提出了堅持協調發展、全面發展、可持續發展的發展觀，這是科學發展觀的核心內容，也是那個時代的核心思想。
2003年8月28日到9月1日，總書記在江西考察期間，第一次提出了「科學發展觀」這一概念，既「牢固樹立協調發展、全面發展、可持續發展」的科學發展，而非「」跨越式」發展。
尷尬的是，「跨越式」發展口號已經喊出來了，並且廣泛被人們所熟知，現在又要更改，是一件很為難的事情。於是，當時的鐵道部黨組從理論上論證，鐵路跨越式發展就是科學發展，鐵路跨越式發展路線符合科學發展觀。此後，在鐵道部召開的歷次大會中，以及鐵道部通過的重要報告中，均強調和出現「以科學發展觀為指導，實現鐵路跨越式發展」的矛盾的詞句。
轉折點出現在2006年，這一年的10月8日～11日，十六屆六中全會在京召開。會議審議並通過了中共中央關於構建社會主義和諧社會若干重大問題的決定，構建和諧社會成為黨和國家的中心任務。
在此敏感的時刻，鐵道部黨組及時調整了策略，果斷廢棄了「跨越式」發展的口號，開始以「和諧鐵路」建設來概括鐵路發展的目標和任務，「和諧鐵路」的口號橫空出世。
後來，雖然鐵道部在大會小會、各種場合、各種新聞宣傳、各種資料中，不厭其煩地強調突出和諧鐵路的理念。但是，和諧鐵路的口號一直沒能叫的像跨越式發展口號那樣響亮，因為他只是一個生硬造出來的「馬甲」，與當時中國鐵路實際的發展情況並不相符，並沒有概括出當時鐵路發展的本質特徵。
為了改變這個「尷尬」的局面，鐵道部黨組不得不使用了一個「殺手鐧」。
2006年7月31日，按照「引進、消化、吸收、再創新」思路的首列「國產化」高速動車組，在青島四方下線，被命名為「和諧號」動車組。此後，在跨越式發展理念下生產的高速動車組都被命名為「和諧」號動車組。
鐵道部黨組把這些將成為中國高鐵運營主力的高速動車組，統一命名為「和諧號」。而不是其它什麼名號。隨着中國高鐵的快速發展，並給人們出行帶來的革命性的變化，和諧號動車組深入人心，成為中國鐵路的最知名的品牌，也將中國高鐵與「和諧」概念緊緊地捆綁成一個整體。
2006年11月16日，鐵道部主要負責人在經濟日報發表署名文章：《推進和諧鐵路建設，服務經濟社會和諧發展》，提出以科學發展觀統領鐵路工作，深化和諧鐵路建設。全文不再出現「跨越式」發展的提法。11月18日，青島四方龐巴迪公司在鐵道部機關報《人民鐵道》上，刊登CRH1A的整版宣傳廣告，「和諧號」的名字已經赫然在列。
在鐵路「跨越式」發展最鼎盛的時期，也就是2004年的1月1日，鐵道部機關報《人民鐵道》正式推出《跨越周刊》。到2006年10月，和諧鐵路的口號提出後，《跨越周刊》只好緊急停刊。
此後，在鐵道部的所有正式文件及資料中，跨越式發展路線就再也沒有出現過，但是「劉跨越」的稱號在民間卻一直延續至今。
