宋彬彬等人的大字報貼出一天以後，6月3日，由共青團中央派出的「工作組」來到師大女附中，一進校就宣佈對宋彬彬等人的熱烈支持。工作組取代原校領導掌管了學校，原校領導「靠邊站」。工作組建立了「文化革命委員會」，工作組長擔任主任，宋彬彬等最早寫大字報的學生成為副主任。每個年級有一個代表成為委員會成員。這個委員會的學生成員，除一人以外，其他都是該校當時父親地位最高的幹部子女。這種情況也發生在北京的其他中學。
在卞仲耘掌管學校的時候，學校給予高幹子女一些特別的關心，班級和學生會幹部中有不少高幹子女，但是學生幹部還是選舉產生的，普通人的子女也能當學生幹部.雖然並沒有「每個學生是平等的」這樣的說法，但是學校當局顯然並沒有認為大官的子女就應該在學校里也壟斷權力、當學生中的大官，這也是多少年來教育界的傳統和原則。在皇帝時代，科舉考試制度就是相對獨立於權力系統外的。只是在文革大規模開始之後的第一個月，在學校里才出現了這種在校園裏高幹子女掌權的現象。他們最先發起攻擊學校當權者的行為，後來被稱為聽起來相當浪漫的「造反」。其實，看看事實，就知道這不但不是什麼向權勢者「造反」，而且從開始就是極權勢力的一次直接擴張。
工作組進校之後，學校停課，用全部時間搞文革，也就是開會、貼大字報以及學習毛澤東著作和中共中央關於文革的指示。工作組制定了從「普遍揭發」到「重點揭發」兩大步驟的計劃。學校的老師和負責人都成了被「揭發」的對象。學生對老師，先是直呼其名，進而咒罵喝斥。整個學校貼滿了大字報攻擊學校原領導人和教師。幾乎每個老師都被大字報攻擊。
在大字報上，卞仲耘的一條「罪狀」是參與前中共北京市委「搞軍事政變的反革命活動」。且不論是否有這樣一個軍事政變陰謀，即使有，也不可能會讓一個中學付校長知道。但是沒有人發出質疑，也不准本人辯解。
卞仲耘的另一「罪狀」是「反對黨的階級路線」，主要證據之一是，在數年以前國家主席劉少奇的一個女兒曾經因兩分之差未被師大女附中錄取。實際情況是，當時重點中學有錄取分數線，對入線者，優先錄取幹部子女。劉少奇的女兒差兩分達不到分數線，學校請示了中共北京市委和教育局，上面指示不錄取。
卞仲耘還有一條「罪狀」是「反對毛主席」，證據之一是，1966年3月北京的鄰近地區發生地震，為學生的安全，學校當局告訴學生，若地震發生，要趕快離開教室。有學生問是不是要把教室里掛的毛主席像帶出來（當時每個教室的黑板上方都掛有毛澤東的像），卞仲耘未正面回答這個問題，沒有說要也沒有說不要。
這些「罪狀」，其實如果允許討論，中學生也會懂得是完全不能成立的。但是工作組大力支持，推波助瀾，這類大字報越寫越多。這些大字報還被分門別類整理，並用蠟紙刻寫後油印出來，裝訂成冊。在卞仲耘的這一冊上，卞仲耘的「罪狀」的分類條目是：
反毛澤東思想，誣衊黨的方針政策，反黨反社會主義反三面紅旗，反對黨的政策，破壞文化大革命，智育第一，追求升學率，反對和工農結合，精心培養修正主義苗子，培養資產階級教師隊伍，反革命暴動和與黑幫聯繫，低級趣味。
這樣的罪狀大綱在文革中也被用於其他大量的「牛鬼蛇神」。今天我們從這樣的材料以及當時的罪狀羅列方式，可以在一定程度上看到這一「革命」的實質內容，它在打擊了具體的人物如卞仲耘的同時，還徹底貶損了「智育」、「升學率」這些觀念，並高度強調突出「毛澤東思想」、「黨」、「社會主義」、「三面紅旗」這些概念的無上權威。除了這類政治性術語的攻擊以外，大字報上有大量的謾罵和侮辱性詞語。卞仲耘的名字被打上了紅叉，後來就只被寫成「卞賊」等等。以下所錄的是學生所寫的大字報之一，1966年6月下旬貼在她家的門上：
漏網的大右派，與前市委有密切聯繫的大黑幫份子，反共急先鋒，對革命師生實行資產階級專政的大混蛋，大惡霸，你他媽的放老實點，否則饒不了你。
還有一張貼在她的臥室門上：
狗惡霸，卞毒蛇，你他媽的聽着，你再敢騎在勞動人民頭上耀武揚威，我們抽你的狗筋，挖你的狗心，砍你的狗頭。你他媽的別妄想東山再起，我們要斷你的孫，絕你的種，砸你個稀巴爛。
這就是文革開始後中學女生所使用的語言：粗魯，無理，野蠻，充滿暴力性。「他媽的」，就是在那個時候開始在校園裏被當作「革命」風格而普遍使用的。「他媽的」後來成為紅衛兵語言的特徵之一。
僅卞仲耘一個人被貼的大字報抄件，就有十萬來字長，錄自數百份大字報。當時，一張大字報紙的價錢是五分，中學生食堂的伙食費是每天三角。不算人力，每份大字報的筆墨紙張加漿糊的成本，就相當於一天的飯錢。在文革中，當局無限提供製作大字報的紙張、毛筆、墨汁和漿糊。實際上，如果只有當局思想上的鼓動而沒有這種物質上的支持，這樣的「運動」也是無法形成的，也只有控制了精神和物質的所有資源的當局，才可能發動這樣的「革命」。
1966年6月23日，工作組主持召開對卞仲耘的「揭發批判大會」。全校師生員工參加。大會開始後，幾個學生把卞仲耘押到台上，把其他四個學校負責人押在台下。在這樣的大會上，被鬥者九十度大彎腰，以示「低頭認罪」；上台「揭發批判」者，都作氣憤填膺狀，聲音高八度，講話時揮拳頭跺腳。對不少這樣的人來說，表演的需要和自我膨脹感，使他們根本不會考慮被批鬥者的身心遭遇。會中，有學生跑上台，用學校自製的槍頭包有鐵皮的假步槍，這個一槍，那個一槍，把卞仲耘捅倒在地。卞仲耘幾次倒下，每次有人用冷水澆她的頭，然後揪着她的頭髮把她拖起來。工作組不加干涉，繼續對卞仲耘「揭發批判」。會後，卞仲耘給上級寫了一封長信。她在信中寫道（引自原件底稿）：
在群情激憤之下，我就被拷打和折磨了整整四五個小時：戴高帽子，「低頭」（實際上是將上身彎到和下肢成九十度），罰跪，拳打、腳踢，手掐，用繩索反捆雙手，用兩支民兵訓練用的步槍口捅脊背，用地上的污泥往嘴裏塞，往臉上抹，往滿臉滿身吐吐沫。她當時處於受攻擊的地位，這封信里的描述應是不含誇張的，因為她是希望得到一點保護，而不是要批評文革。如果她造假，「誣衊群眾運動」會成為更大的罪名。她寫這封信，是希求上級能出面幫助她。這封信沒有得到答覆。
「工作組」把學校負責人和教員以及學生都作了「排隊」和「劃類」，即按照「問題」的嚴重程度分成四類：一類是「好的和比較好的」，二類是「有錯誤的」，三類是「有嚴重錯誤的」，四類就是「資產階級右派」。按照西城區工作組負責人、共青團中央書記處書記胡啟立向鄧小平的匯報，西城區的「劃類」結果是：北京西城區的61所中學，一類3・3％，二類33・3％，三類58・4％，四類5％；476個中學領導幹部，一類4％，二類42％，三類40％，四類14％。師大女附中被劃為「四類」學校。卞仲耘和另一副校長胡志濤都被定為「四類」。
工作組1966年7月3日所寫的「四類學校師大女附中領導核心排隊的初步意見」中，關於卞仲耘，寫道：
多年來一貫反對學習毛主席著作，誣衊黨的路線方針政策；頑固地推行修正主義教育路線，收羅和重用一批資產階級知識分子和反動份子；極力向青年師生放毒，精心培養修正主義苗子；搞宗派活動，培植個人勢力；貪生怕死，追求低級趣味，十分欣賞武則天、楊貴妃、慈禧太后等荒淫無恥的私生活，有時講話非常低級庸俗。劃為四類。
這些就是把卞仲耘定為「四類」的「理由」!這份文件的行文，顯示了那時的文革當局如何給人定罪以及用什麼標準定罪。工作組所列的這些「理由」中，第一項不是事實；第二、三項是基於認定教師都是「資產階級知識分子」的前提，實際上任用教師並不是中學校長如卞仲耘所能控制的事情，教科書都是統一編寫的，教學大綱是教育部制定的，教師是「統一分配」來的。另一項「貪生怕死」是指她曾勸人要花錢買營養食品之類，「貪生怕死」能成為劃作「四類「的根據，是典型的荒唐的文革標準。至於「有時講話非常低級庸俗」，不過是指卞仲耘曾經告訴同事，她比較適合穿綠顏色的衣服等等。這類私人談話在大字報上被「揭發」出來，就成為定罪材料。另外，這一材料未經卞仲耘本人看過，更談不上讓她說明事實或自我辯護。
對被劃成「四類」的人，工作組不但開大會「鬥爭「，而且決定在運動結束後送到農村勞動。這是一個相當冷酷的決定，而作這決定的就是多年來領導卞仲耘的上級們。當「革命」需要打擊對象的時候，上級們就可以翻臉不認人，把一個個活人當作靶子拋出來，批判鬥爭，處分懲罰。冷酷是文革的一個重要特徵。7月5日，鄧小平召見師大女附中工作組聽取匯報，並對他們作了指示。從談話記錄可以看出，鄧小平看到了卞仲耘的上述求助信，他要工作組適當處理。鄧小平詢問「鬥」了卞仲耘幾次、是否打了她，工作組報告打了一次，鄧小平立刻強調了不要打人。另外，對西城區的排隊「比例」（見上文），鄧小平提出，要「爭取一部分三類變成二類」。但是，對工作組把師大女附中劃為「四類學校」以及把卞仲耘和胡志濤兩個副校長劃成「四類幹部」，鄧小平沒有表示異議。鄧榕在《我的父親鄧小平「文革」歲月》一書中，寫到了當年鄧接見師大女附中工作組時的講話，但是把日子提前了一個月，錯寫成1966年6月4日，並且省略了關於卞仲耘和把學校負責人「劃類」的部分。此書也未提到卞仲耘或任何其他人被劃成「四類」以及後來被打死。(《我的父親鄧小平－－「文革」歲月》,北京，中央文獻出版社，2000年6月，這一講話見第19頁。)
1966年6月在北京領導文革的，是當時的國家主席劉少奇和中共中央總書記鄧小平。劉少奇曾經親自聽取北京師範大學第一附屬中學的工作組匯報，並就如何「鬥」師大一附中的校長劉超等作了詳細指示。上文說到，大字報曾攻擊師大女附中沒有錄取劉少奇的一個女兒，那個女兒後來進了師大一附中，文革開始後，她在師大一附中最早寫大字報攻擊該校學校領導。
劉少奇和鄧小平的安排是：在對中學校長和教職員進行了一個多月的群眾性的「揭發」與「鬥爭」後，命令所有的教職員工「集訓「，即集中居住，揭發問題，逐一檢查交代，分批檢討過關，然後對「問題」大的人「定性處理」，最後，在秋天結束「運動」。不僅北京，全國的中學都如此作，包括學校稀少的邊遠地區。在很多地方，中學教員全部離家到專區所在地集中。在那一過程中，有相當一批教育工作者自殺了。
在師大女附中，1966年7月23日，全體教職員住在馬神廟小學「集訓」，大部分學生被送去軍隊「軍訓」，一部分被認為「有問題」的學生不被准許參加軍訓，而是被送去農村勞動，一小部分「左派學生」留在城裏參與對教職員工的清查以及定案工作。
三、死於紅衛兵暴力
上文寫到，在劉少奇和鄧小平領導文革的時期，卞仲耘已經在6月23日大會上遭到毆打和折磨。但是，如果照劉少奇和鄧小平的模式作下去，卞仲耘雖然已經被劃為「四類」幹部並將遭到嚴重處理，卻不至於被活活打死。1966年6月18日，北京大學的一些學生沒有經過工作組的批准，自行「鬥爭」了幾十個「黑幫」和「反動學術權威」，打他們，給他們戴高帽子，強迫他們下跪，用繩子勒他們的脖子，往他們臉上塗墨，等等。北大工作組批評了這種做法。劉少奇把北京大學工作組的簡報轉發全國，他的批語說：「中央認為北大工作組處理亂鬥現象的辦法，是正確的。」他並不是反對「鬥」，但是反對「亂鬥」，也就是說，他要的是在「工作組」領導下的「鬥」。
