12月25日，孫中山突然回國，4天後，孫中山以17省中的16票絕對多數當選臨時大總統。1912年1月1日，孫中山在南京就職中華民國臨時大總統。次日，張作霖、馮國璋等15位清廷元老通電反對共和、主張君主立憲。袁世凱對孫中山佔據大總統位置相當不滿，孫中山表示同意退讓，條件是清廷退位和保證共和。袁世凱滿口答應，但他兩面討巧，不願背負背叛清廷的惡名，逼宮退位結束帝制的歷史重擔就落到了段祺瑞的肩上。
1月26日，湖廣總督、第一軍軍統段祺瑞領銜聯名北方諸軍統兵大員46人，通電全國、宣示中外，要求清廷退位，「立定共和政體」，2月5日，段祺瑞再次聯合軍頭通電逼宮。
2月12日，隆裕太后帶着6歲的溥儀，舉行了最後一次朝見儀式。之後發佈了《清帝退位詔書》，2000多年的帝制宣告結束。
段祺瑞以「一造共和」的首創功名載入史冊。2月13日，孫中山辭任臨時大總統，2月15日，袁世凱出任臨時大總統。段祺瑞逼宮有功，出任陸軍總長。
在袁世凱的眼中，段祺瑞是他袁氏王朝的開國功臣，而非什麼立定共和的時代英雄。然而，事實證明，袁世凱這一次看錯了，錯的相當離譜。
反對帝制險遭暗殺，二造共和
袁世凱出任民國第二任大總統後，表面高唱民主共和，暗地裏卻緊鑼密鼓，加緊帝制復辟步伐。1913年3月20日，即將出任內閣總理的宋教仁在上海遭到暗殺。之後，袁世凱彈壓了二次革命，解散了國會第一大黨國民黨，孫中山、黃興被迫流亡日本。
對於坊間傳說袁世凱要復辟的事，段祺瑞向來半信半疑，早在袁世凱鎮壓二次革命之時，袁克定曾托人試探段祺瑞：「二度全國通電，擁護袁大總統稱帝，如何？」段祺瑞一愣，立刻反擊：「胡鬧！我段某人只知通電共和，豈能通電復辟？大總統也斷然不允。」
袁世凱決定搬掉這個絆腳石。1914年5月，袁世凱廢除了孫中山南京《臨時約法》，另立新法。同時成立了陸海軍大元帥統帥辦事處，以大元帥的身份直接控制軍權，由北洋之龍王士珍節制海陸軍，段祺瑞的陸軍部名存實亡，段祺瑞成了辦事處的辦事員，一個打雜的小吏了。
1914年10月，袁世凱決定成立模範團，計劃取代半壁江山都是段祺瑞人馬的北洋軍，並打算讓袁克定出任團長，段祺瑞為人向來剛直，公私分明，在統帥辦會議上，段祺瑞直來直去：「雲台（袁克定字）沒帶過兵，我看不行！」袁世凱氣得肝兒顫，「你看我行不行？」
段祺瑞沒有料到的是，更大的衝突還在後面。
1915年5月，袁世凱為取得日本人支持其稱帝，冒天下之大不韙簽訂了喪權辱國的「二十一條」，段祺瑞領銜19省將軍通電請纓，強烈反對，不惜與日本人決一死戰。並表示，通電共和、又取消共和，二十四史中絕無僅有，這種出爾反爾的事不干！
袁世凱復辟帝制箭在弦上，一方是家國大義，一方是昔日恩義，段祺瑞陷入了前所未有的困境，內心久久不能平和。
「論公，寧死不參與，論私，芝泉只有退隱。」5月31日，段祺瑞主動請辭。
接着，袁克定幹了一件讓他老子袁世凱都震驚不已的事，袁公子派人在段公館安放了一枚炸彈，準備引爆，萬幸被及時發現了，段府上下一片恐慌。袁氏心驚之餘，正式免除了段祺瑞的陸軍總長職務。
1915年12月12日，袁世凱稱帝，這個洪憲帝制僅僅存活了83天。期間，四面楚歌的袁世凱病倒在床塌上，走投無路之下，再三請求段祺瑞去中南海一敘。宅心仁厚的段祺瑞動了惻隱之心，中南海懷仁堂，袁世凱幾乎用哀求的口氣對段祺瑞說：
——「請芝泉出山，再幫項城一次……」
——「取消帝制，芝泉當鼎力相助。」
——「好，好，取消帝制。」
1916年6月6日，憂憤中的袁世凱撒手人寰，段祺瑞在歷史的紛鬧與嘆息聲中完成了二造共和。
謝絕黃袍加身
袁氏彌留之際，口中喃喃，「他害了我」，所指究竟何人？多少能猜測到一點了：少主袁克定。
坊間有個故事，袁氏某次午睡方醒，宮中小童玉杯進茶，失手把玉杯摔得粉碎，小童趕緊解釋說，看到床上有一條『五爪金龍』，才驚慌失措摔碎杯子。袁大人聽後，表面故作鎮靜，內心暗自竊喜。
大公子袁克定要把袁氏甩出好幾條街。一心想做皇太子的他，不僅暗殺段祺瑞，還偽造日本政府在天津官媒《順天時報》，專編一些日本人支持袁氏稱帝的假消息，每天送給父親看，終於把袁氏從英美派整個洗腦成了投日派。偽報被袁克文和其胞妹叔楨無意中發現，東窗事發，袁項城大怒，鞭打太子，大罵其「欺父誤國」，然木已成舟，悔之晚矣。袁氏臨終前多有感觸，特將藏在「金匱石室」中的「嘉禾金簡」上袁克定的名字替換成了段祺瑞，袁氏定下的三個接班人依次為黎元洪、徐世昌、段祺瑞。
據民國史學者唐德剛《段祺瑞政權》所述，袁氏屍骨未寒的數小時之內，北洋系文武要員數十人堅持要段氏黃袍加身，繼任大總統，段氏拼力拒絕，唇槍舌戰，親赴黎府向黎元洪三鞠躬行國禮，擁戴黎氏出任大總統。
縱觀段祺瑞一生為人，公忠體國、不棧戀權力，傳聞倒也符合段氏節操，段氏之後力舉袁氏國葬，也頗能反映出他公私分明、知恩圖報的儒將風範。
袁世凱離世提到的「約法」二字，無人知曉是指孫文「民元約法」，還是他本人「袁記約法」，但無論何種約法，如果沒有復辟稱帝的鬧劇，歷史將完全進入另一條軌道，袁氏歸西後北洋集團分裂、軍閥混戰，乃至紅魔乘亂侵襲我中華大地的概率將大大減小。
歷史的記憶與輪迴
袁氏當國結束後直至蔣介石一統天下十年間，段祺瑞執掌過黎元洪政府國務總理，粉粹了張勳復辟夢三造共和，1924年出任中華民國臨時執政府，在風雲激盪的轉型世紀中，段祺瑞成為共和路上的堅定守護人。
盤點段氏人格操品，頗可圈可點。一生清廉可風，不貪污肥己，不賣官鬻爵，不抽大煙，不酗酒，不嫖娼，不賭錢，贏得「六不沾總理」美名。更令人想不到的是，段祺瑞一生沒有房產，是民國少有的買不起房的國家領導人。
1919年五四運動，為共產黨的街頭政治、群眾運動、打砸搶暴力大開方便之門，國民革命被共產革命篡改變異。1926年3月18日，李大釗等人在段祺瑞執政府門前導演了一場激進的學生運動，47人死於槍彈。此後中共教科書上，段祺瑞成了億萬人唾罵的劊子手與民族罪人。然而，諸多史料佐證，段祺瑞當時不在執政府內，更沒有下令開槍。翻閱當年北京警察局問詢筆錄，領頭學生個個有備而來，揮舞着削尖的木棒，瘋狂襲擊衛隊，攻佔總統府，衛隊開槍更像是一場職責範圍內的合法自衛。
「三一八」事件，段祺瑞被迫下野。1933年，為了抵抗日本人的裹挾，段氏受蔣介石邀請，南下遠赴南京，後移居上海。
1936年11月2日，段祺瑞於上海宏恩醫院病逝。國民政府和蔣介石給予段氏隆重國葬，哀榮之極，回想段氏給予袁氏的盛大國葬，歷史完成了一個公允的輪迴。
