6月16日，朝廷發佈上諭更明確地說，雖然拳民仇殺教民，肆行無忌，本應嚴行剿辦，但「愚民無知，姑開一面之網。即著責成剛毅、董福祥，一面親自開導，勒令解散；其有年力精壯者，即行招募成軍，嚴加約束。該拳民既以義勇為名，如足備折衝禦侮之資，朝廷原可宥其前愆，以觀後效。究竟該拳民臨敵接仗，有無把握，世鐸等須細加察驗，謀定後動，萬不可孟浪從事。」
此諭雖責成剛、董二人「親自開導，勒令解散」，但實質是要揀選義和拳中的年輕力壯者「招募成軍」，一些拳民就可以軍隊的名義繼續存在。但形勢變化極快，義和團尚未被招募成軍，6月21日，慈禧最後決定向列國開戰，發佈戰爭動員令，傳旨嘉獎團民為義民。23日，命令各督撫將「義民」召集成團，抵禦外侮，特別強調「沿江沿海各省尤宜急辦！」這幾道諭旨，標誌着清廷對義和拳由剿到撫政策最終完成。
朝廷的這幾道諭旨，使袁世凱此前嚴厲處置義和團的種種規定的合法性頓然喪失，在他嚴打下潛藏數月的山東義和團突然重起，來勢兇猛。面對這種情勢，袁世凱決心抗不遵命，上奏朝廷說山東良民無心聚眾結團，如果現在召集成團，那些一向為非作歹之徒必然會藉機公然嘯聚，結果是他們不但根本不能抵禦外侮，反而使大陸先受其禍，所以對「匪」依然要嚴厲查禁。當然，對朝廷諭旨他也不能全然反對，表示朝廷辦團的決定完全正確，自己會延舉公正紳士，認真舉辦團練。
曾有義和團首領持端王載漪、莊王載勛的令箭到山東濟南見袁世凱，說奉端、莊二王之命來此設「壇」。袁世凱大驚，集僚屬商議，認為如果允准，則禍患地方；如果不准許，端、莊二王把持朝政，嚴譴立至。最後決定採取王士珍提出的建議，以「盜王家令箭罪」將該首領斬首，令箭封還。
在找種種理由拒絕朝廷諭旨時，他又一再向朝廷大表忠心：「倘有敵兵登岸，即當躬親出省督隊，與之決戰，捍患固圉」，「無論何國來犯，即當親督各營，竭力剿辦，但有臣在，必當盡守土之職分」，「共保危局」。
東南互保以及慈禧太后西狩圖
對義和團，無論是山東本地的還是闖入山東的直隸義和團，袁世凱都無情鎮壓。由於整體不贊成朝廷政策，所以他加入了東南諸省督撫與開戰國達成的「東南互保」行列。甚至可以說，他在東南互保中起了非常重要的作用。由於北方各省的電杆電線多被義和團砍毀，包括京師對外電訊基本中斷，傳遞消息非常困難。只有袁世凱在山東境內嚴控義和團，保護電線電局，所以還能保持線路暢通。朝廷的宣戰上諭只能以傳統的「六百里加緊」的方式傳送全國各省，除直隸外，山東離京城最近，所以袁世凱是除直隸總督外最早接旨的。他知道此事極其重大，在6月23日利用電報率先向李鴻章、劉坤一、張之洞、盛宣懷四人通報了中外決裂的消息，並表示自己未敢聲張。盛宣懷與東南一眾督撫得到消息後，開始了緊鑼密鼓的「東南互保」謀劃，並高度稱讚袁的不事聲張。加入「東南互保」的省份只有山東是北方省份，是義和團的發源地且又開始活躍，這是他與劉坤一、張之洞、李鴻章等遠處「東南」且局面相對平靜等人的處境大不同之處。而且，煙臺設有領事館的有15個國家，能否在義和團的故鄉保護洋人的安全，是對他的考驗，甚至是對東南互保的考驗。
他決心一定要鎮壓義和團，但此舉又違背朝廷旨意。精於權謀、善於應變的袁世凱抓住八國聯軍猛攻天津、朝廷命令他派兵馬前去增援的機會將計就計，採取了極其狠毒的一招。他命令所有義和團都前往天津增援，令示地方官員：「查東省與直隸交界一帶，冒充拳民而實為匪者甚多。現經本部院分繕諭單，派員飭赴各屬剴切示諭，果系忠憤義民欲為國家效力，諭令其即日馳往天津等處，幫助官軍齊心拒敵，以伸同仇之忱。倘畏葸不前，仍復結黨橫行搶掠滋事，即系亂民而非義和，應即嚴捕渠魁，照土匪章程懲辦。如敢拒捕，格殺勿論。」
他還四處張貼告示，勸誘義和團迅速離開山東，北上抵制八國聯軍，強調真正的義和團現在都聚集在北京天津，為朝廷效力，攻打洋人，並且功成之後還有重賞，所以切勿在本省停留。凡是依然逗留本省的，必定是假冒、偽托的義和團，毫無忠義之心，都是黑團。良民要千萬留神，不要受這種「匪」的誘脅。官兵剿捕時，玉石難分，保住自己身家性命最重要。「津沽戰船畢集，洋兵麇集一方。現已調兵勒捕，斷難任其逞強。洋人罪大惡極，無不立見消亡。諭爾拳民義勇，均各效力疆場。現既疊邀重賞，尤應激發天良。速赴前敵助戰，毋再羈留故鄉。」
如果是義和團，就應趕赴天津與洋人作戰，不去天津仍在山東境內的，就是不忠於朝廷的應剿之匪，且格殺勿論！這個辦法一方面表示了自己對朝廷的忠誠，另一方面派兵把山東戰鬥力最強的一部分義和團「禮送出境」，大大減低了消滅山東義和團的困難。
