他辦幼兒園不為盈利，只是為了「理想中的教育」，幼兒園名氣越來越大，狹小的客廳實在容納不下。於是，陳鶴琴和7個有共同意願的好友成立了董事會，募集資金以購買土地，1925年在住宅隔壁造了房子，開始對外招生，正式成為南京鼓樓幼稚園，同年被定為「東南大學教育科實驗幼稚園」——這是中國本土教育家建立的第一所現代幼兒園。
在《一年來南京鼓樓幼稚園試驗概況》中我們可以領略當時幼兒園的情形：
在鼓樓公園西邊新村中，有幾畝空地，滿布着綠草短樹，一所矮矮的平房，放着幾多運動器械，玩具恩物等。早晨九時起草地上就看到兒童的跳躍，聽到咿呀的歌聲，還有二三位富有兒童性的成人，跟着一群一群的兒童跑；有時候帶着幾個兒童到附近田野、公園、市街上去；有時鐘聲一響，大家都到屋子裏去做室內活動。這樣要到下午五時以後，方才靜悄悄地，只聽到辦公室里幾個人開會談話的聲音……
陳鶴琴親自佈置園地，種植花卉，添置如鞦韆、搖船、搖馬、大小積木、沙盤等運動器具，又訂製課桌椅。園地佈置成草坪，四周種上冬青，儼然是個小公園。這樣一來，鼓樓幼稚園竟成為周圍市民的一個遊覽之處。鼓樓的西面許多低矮的小山坡更是成了鼓樓幼稚園兒童歡樂的課堂。
幼稚園每周至少組織兒童們三次到野外活動，在大自然中上課。白天，陳鶴琴和鼓樓幼稚園的教師與兒童們在一起遊戲、上課，同時進行實驗；清晨和傍晚用來整理試驗成績和搜集資料，有時工作持續到半夜。
陳鶴琴的學生和重要助手張宗麟曾深情回憶：
每晚工作完了，我們也常在星月皎潔、樹影扶疏的草地上散步。一面欣賞夜的靜和美，一面還喁喁談着各種工作；有時還辯論某項試驗工作的準確性、某種玩具的改革、某個孩子的行動與進步等等。倘若在冬夜，我們更有趣了。吃罷晚飯，常常邀幾位愛好兒童教育的朋友圍爐長談。冰雪滿途，但是在一個內心充滿工作激情的人心裏，對此反而生出無窮的快慰。
南京鼓樓幼稚園的開辦基本實現了陳鶴琴創建一所新型的、中國式的幼稚園作為新教育思想和主張的實驗園地的願望和理想，它是中國本土教育家創辦的第一所幼稚園，是中國最早的幼稚教育試驗中心。不僅如此，鼓樓幼兒園還實現了陳鶴琴「建築中國化的幼稚園園舍，改造西洋的玩具使之中國化，創造中國幼稚園的全部活動」的教育初衷。
在南京鼓樓幼稚園實驗成功後，陳鶴琴繼而在南京市幼稚園及燕子磯、曉莊等鄉村幼稚園實驗，以後又在上海實驗。這些教育成就，讓陳鶴琴被公認為是中國幼稚教育的奠基人。
晚年陳鶴琴與孩子們
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在鼓樓幼稚園的開辦過程中，陳鶴琴的幼兒教育思想理論也逐漸總結出來，在他看來：
幼稚教育是一切教育的基礎，因為它的對象早於學齡兒童。它的功用，正如培植苗木，實在關係於兒童終身的事業與幸福，推而廣之，關係於國家社會。
與許多西方現代兒童教育家強調「兒童本位」與「自由教育」主張不同，陳鶴琴並不認為，兒童自由與個性發展可以獨往獨來、放任或隨着年齡增長逐漸發展。他指出，像魯濱遜孤居荒島並不能使個性得到充分發展。他相信，凡是兒童都可以教育成為有成就的人。
幼兒園為兒童提供很好的環境，使兒童的個性得以充分發揮；同時提高兒童智力與德性。因為「兒童在家裏所接觸的人不多，有許多家庭因為過分寵愛，孩子到了七八歲時還是唯我獨尊，毫不知做人的道德。要培養德性，非把兒童放在人群中不可。幼稚園雖然不是大的人群，但是，對於四五歲的兒童來說，確是一個適宜的人群，可以在這個人群中養成許多人類社會的德性。」
陳鶴琴指出：兒童的性情與情感是從兒童時期陶冶、培養的。在幼稚園，音樂、圖畫、文學和兒童的實際生是培養兒童情感、道德主要途徑。陳鶴琴特別提出在幼稚園開設公民訓練課程的重要性，「就是培養將來做公民的基礎，因此可以養成種種合作的精神，愛護團體、愛護國家的精神。同時又可以培養公民應有的知識與技能，砌成一個穩固的公民基礎。」
在陳鶴琴看來，教育的根本目的在於通過培養具有現代意識與素質的「人」，推動國家與社會進步。兒童不僅要從小教起，還要注意從小教好。幼兒園應為兒童提供審美的環境和科學的環境。
陳鶴琴將幼稚園的作用概括為以下十三個方面：
（1）豐富兒童的經驗；（2）有用的動作；（3）完美的環境；（4）檢查體格及智力；（5）與家庭合作；（6）遊戲化的教學法；（7）暗示性的教學法；（8）精密的輔導；（9）充分的預備；（10）美術思想；（11）醫藥知識；（12）和藹可親；（13）公允的態度。
晚年時，陳鶴琴回憶道：
究竟我的志向是什麼？我的志向是為個人的生活嗎？決不！是為一家人的生活嗎？也決不！我的志向是要為人類服務，為國家盡瘁……我是喜歡兒童的，兒童也是喜歡我的，我還是要學教育，回去教育他們好。
一百年後的今天，面對這個沒有任何現代教育根基的學生，這個曾在選擇學醫還是學教育之間猶豫的青年，這個用勤學苦讀畢業於世界最優秀高等學府的教育碩士，這個一生經歷了戰亂、動亂期間雖遭受了打擊、迫害甚至生命威脅，但因為堅信「教育救國」而為中國幼稚教育工作終身的教育家，這個中國兒童心理研究的開創人和奠基人，這個寫下了第一部中國兒童心理學研究著作學者，這個創辦了中國第一家本土教育家創辦的幼稚園的實踐者，這個首創中國「活教育理論」的理論家，我們該有多羞愧？
