美中第一階段貿易協議可能顛覆全球的貿易爭端解決方式，賦予美國相對於競爭對手的優勢，並弱化國際機構。
在貿易協議執行過程中如果出現爭端，解決辦法通常是仲裁：某個國家或公司提出申訴後，由一個專家組做出具有約束力的裁定。充當國際貿易法庭的世界貿易組織(World Trade Organization,簡稱WTO)便是使用該程序。
但美國總統特朗普(Donald Trump)一直強烈抨擊這種方式，認為此類專家組蠶食了美國的主權、不遵守貿易法。特朗普政府已通過阻止新法官的任命來削弱WTO的爭端解決體系，並讓《美墨加協定》(U.S.-Mexico-Canada-Agreement,簡稱USMCA)的仲裁體系弱於被USMCA取代的北美自由貿易協定(North American Free Trade Agreement,簡稱Nafta)的仲裁體系。
參與相關討論的人士稱，美中貿易談判美方牽頭人、美國貿易代表萊特希澤(Robert Lighthizer)會見來訪的商業團體時曾表示：「我唯一信任的仲裁者是我自己。」
美中第一階段貿易協議下的爭端不會提交仲裁，而是將通過雙方的三輪談判來解決，且最終賦予美國在不滿意相關結果的情況下加征關稅的權利。
北京方面也有這一權利，但該協議中幾乎所有讓步都是中國做出的。這使得美國更有可能向中國施壓，要求中方執行其只是勉強同意的條款。如果美國採取行動，中國不能反制，甚至不能向WTO提出申訴，除非中國退出這項協議。
雪城大學(Syracuse University)的中國貿易問題專家Mary Love表示：「這套新機制將是對WTO的巨大蔑視。」他還稱：「爭端裁決者將是與總統交流意見的貿易代表」。
第一階段貿易協議的所有部分都受到這些執行條款約束，包括採購、知識產權保護以及中國關於不利用外匯政策來提振本國出口的承諾。若北京方面覺得美國不守信用，也不能排除中國反制的可能，但根據協議，中國唯一的辦法是破壞協議。
北京方面幾乎沒有退出該協議、重燃貿易戰的動機。因此，美國認為中國不太可能採取反制措施。一名參與談判的美國高級官員說：「我認為，他們會認為留在協議中符合他們的利益。這套機制是為了避免他們反擊報復或在WTO挑戰我們而設計的。」
行業官員說，美光科技公司(Micron Technology Inc.MU)長期以來一直抱怨中國競爭對手試圖剽竊其半導體技術，該公司正在考慮使用這一新的爭端解決機制迫使北京方面停止其做法。但美光的情形與其他公司不同。該公司是為數不多的將不滿公之於眾並尋求政府援助的公司之一。去年9月，特朗普總統在聯合國大會上表示，我們正尋求為美光「伸張正義」。
其他公司可能會因為擔心中國的報復而表現得更猶豫不決。為了鼓勵他們挺身而出，該貿易協定表示，美方可以依據保密信息向中國提出申訴。科技公司行業組織信息技術產業協會(Information Technology Industry Council)的執行副總裁Josh Kallmer表示，這對一些公司來說可能會有效果，比如那些對一項廣泛影響美國公司的法規有相似不滿的公司。
Kallmer說，雖然他更喜歡仲裁小組來解決糾紛，但第一階段協議的機制發出了一個信號，表明美國對執行的嚴肅性。
若該系統如美國所希望的那樣發揮作用，其他國家肯定會向中國施壓，要求中國實施類似的措施。芝加哥保爾森基金會(Paulson Institute)的中國問題專家戴青麗(Deborah Lehr)表示，這將重塑全球貿易體系，並產生出一系列單獨的單邊執行機制。
戴青麗稱，歐洲人也會推動同樣的事情，否則，（他們）將處於不利地位。
確實，此類做法給予各國針對爭端加征關稅的自由，而不是訴諸WTO，可能會進一步削弱這個總部位於日內瓦的貿易組織。雖然美國預計中國不會太多地使用該機制，但這也可能發生改變。
例如，美中第一階段貿易協議中的一項條款是，如果中國認為美國通過「行動或不作為」妨礙其履行採購承諾的能力，中國有權要求磋商解決。
這一措辭寬泛的條款可能適用於導致中國不能購買其所需高科技產品的美國出口規則，以及致使美國農產品吃起來不安全的美國食品安全問題。貿易專家表示，中國可基於此類事情向爭端解決小組提出投訴。
如果中國在磋商後推進關稅措施或其他制裁，即使美方認為中方的行為違背承諾，也得先退出該協議才能採取反制措施。這將給美國政府帶來堅守該協議的壓力。
戰略與國際問題研究中心(Center for Strategic and International Studies)的中國問題專家甘思德(Scott Kennedy)稱，該執行機制要麼會強化該協議的其他部分，「要麼會成為該協議走向破裂的推動因素」。
