1957年6月16日，毛澤東一篇講話經過「整理」、「補充」後，在《人民日報》正式發表。其最主要的補充，是在原講話宣佈「急風暴雨式的群眾階級鬥爭已經基本結束」之後，加上了一筆「但是」，往後一大段話在此後許多年中膾炙人口，即強調階級鬥爭「還是長時期的，曲折的，有時甚至是很激烈的」。章伯鈞也是聆聽過講話的當事人，本指望能靠這篇講話的內容保護一下自己，及至看到正式文本，不由得驚呼：「完了，完了，全變了！」
原交通部部長章伯鈞（圖源：VCG）
1957年6月8日的《人民日報》頭版頭條，發表了社論《這是為什麼？》。同日，中共中央下達了黨內指示——《組織力量反擊右派分子的猖狂進攻》。「反右派」鬥爭就從這一天正式開始。
當其他人已在冥思苦想如何逃脫劫難的時候，章乃器卻要作反批評。他在6月10日工商界座談會的書面發言中說：「在幫助党進行整風的時候，只要是根據事實，是從團結的願望出發，完全可以不提優點，只提缺點，這是正常的；和黨共事日久，說話不從『擁護一番』說起，而是老老實實『開門見山』地說，更是正常的。這都說不上什麼『脫離社會主義』或者『脫離領導』。」他批評少數人是乘機用貶低別人來抬高自己的方法，以求對自己有利，表現「惟我獨忠」的姿態。他表示相信「整風運動是一定要進行到底的；共產黨絕不做半途而廢的事情。共產黨代表了工人階級忠誠老實的品質，是不會表面一套，裏面一套的，不要怕扣帽子，更不要怕受打擊，黨是會明是非的，是非最後也一定會明的。」
在6月15日和17日民建、工商聯常委聯席會議上，他兩度與人舌戰，逐條反駁對他的批判。針對有人歪曲他的觀點，他提出：「希望大家看看我的文章。批駁一個人的文章不要不看就來批判，不要認為是毒草就不看了，不要怕毒草，毒草也要先經過化驗」。他強調：「我認為毛主席提出調動一切積極因素，提出黨整風，是個很英明的號召。過去由於有『牆』有『溝』，許多力量在互相防範，互相摩擦，互相戒備中抵消浪費掉了……如果在整風運動中，把『牆』拆掉，把『溝』填平，過去互相抵消的力量變成互相協作，共同為社會主義事業努力，我想，把社會主義事業加快三分之一或者四分之一的時間，是完全可能的。」
在當時的形勢之下，根本不可能有平心靜氣的說理。章乃器引經據典的辯詞，淹沒在「這是兩條路線鬥爭」「你要搞資本主義」「否定黨的領導」之類的口號聲和帽子堆中。
也許是對這種無意義的對峙感到孤寂，也許是預感到被推上祭壇的命運已定，而有了「一切放下」的悟性，他在會上說了這樣的話：「有人要求民主黨派輪流執政，我是不贊成的。假如由民主黨派輪流執政，我從民建某些同志的行為來看，我是會被陷害的。」「我這人不勉強爭取做左派，但是為了革命利益也不怕別人給我戴右派的帽子。」
有了上述悟性，章乃器的態度顯得更加灑脫，仍然手持被視為他的標誌的烟斗，在各種場合應付各種批判。
6月15日《光明日報》社召開緊急社務會議，批判社長章伯鈞、總編輯儲安平。該報當時是民主黨派共有的報紙，各黨派都有領導人擔任社務委員。黃炎培是社務委員，過去是常常主動出席的，這次卻臨時把開會通知書轉給了章乃器。章乃器也是社務委員，出席會議是分內之事，他坦然與會。
這時的章伯鈞、儲安平，眾人已是避之惟恐不遠，批之惟恐不痛，更不用說為他們辯護了。章乃器自己也是眾叛親離，反倒有心替他們二人說話。他說：「儲安平的言論（即《黨天下》一文），從政治來看是不能說離開了社會主義的。他的動機還是為了國家好。」「並不是說對於毛主席和周總理，就不能提意見。毛主席和周總理他們本人是歡迎提意見的。但是可以寫一封信或請派個人來談一談。」「公開發表可能傷害全黨、黨中央威信的言論，這一點，負責精神是不夠的。應當很鄭重。」
6月16日的第二次社務會議上，章乃器批評章伯鈞：「我的宗兄主要是官僚主義，宗派主義還不顯著。我看他是粗枝大葉，兼職也太多，管得太多，身兼兩個黨派的主席、副主席，又是政協、人大、交通部。也許黨務管得細。《光明日報》和國務院的事，該打屁股。」「安平向你請教，恐怕你說話是相當隨便；坦白，是好的，這恐怕給安平錯覺，助長他錯誤思想的發展……我的宗兄，你對國務會議很馬虎，很少發言，很少研究，經常遲到早退，責任心不夠。因此，你翻過來講國務會議開得不好，不發揚民主、不深入細緻，我不同意」。
章乃器在發言中談了對整風的看法，他說：「我從前到外地視察，開座談會，發現有幾種人態度不正常。1。舊知識分子、舊人員；2。工商業者；3。沒有民族關係的宗教界人士。這幾種人，我常察言觀色，情緒不正常。因此，我感到過去幾次大運動，是必需的，但遺留下來的副作用，是嚴重的。這次整風中發現，有許多人已往看來庸庸碌碌，這次大鳴大放，發表的意見從理論到業務，頭頭是道，天才都發展出來了，我非常高興。」
對於這次運動中的人際關係，他另有一番高論：「據我同醫院接觸，有兩種病人特別多，一是神經衰弱，二是血壓高。我想，在運動中，鬥人者難免得這種病，被鬥者更難免。所以我講，現在階級已經基本消滅，階級特性也可以說已經基本消滅，大家是一致在向人類的共性過渡。不要沒有人情味。人，不論黨與非黨、公方與私方，互信……我想，在自己的思想未通之前，應該心安理得，輕鬆愉快地考慮。因為問心無愧，何必驚惶？希望在整風中，批評者、被批評者都本着和風細雨的精神。」
章乃器呼喚和風細雨，迎接他的卻是雷電冰雹。6月18日，即座談會之後兩天，民建中常會撤銷了他的《光明日報》社務委員職務，19日民建、工商聯又通過決議，停止他在兩會的一切職務，一場圍剿式的大批判鋪天蓋地而來。
6月20日，民建的兩位處長奉命來家中與章乃器談話，要他作檢討。章乃器回答說：現在要我檢討，我只有反批評。但他仍表示，糧食部的業務工作我還是繼續干。我準備給國務院寫報告，要求檢查我的言論和行動，是否反對社會主義，如果反對，就解除我的糧食部長職務好了。人大、政協明年再提名選舉時，不要再提我的名。兩處長問：毛主席的文章發表了，你是否可以根據其中的精神作檢查？他回答：我覺得，我的言行沒有違背那六條標準。
兩處長所說的毛主席文章，即指毛澤東2月27日在最高國務會議上，以「關於正確處理人民內部矛盾的問題」為題的講話。在前一段的批判中，不斷有人搬用講話中的內容打「語錄仗」。由於大家聽的都是錄音，記錄上不盡相同，批判中常常為此爭論不休。6月16日，這篇講話經過「整理」、「補充」後，在《人民日報》正式發表。其最主要的補充，是在原講話宣佈「急風暴雨式的群眾階級鬥爭已經基本結束」之後，加上了一筆「但是」，往後一大段話在此後許多年中膾炙人口，即強調階級鬥爭「還是長時期的，曲折的，有時甚至是很激烈的」。章伯鈞也是聆聽過講話的當事人，本指望能靠這篇講話的內容保護一下自己，及至看到正式文本，不由得驚呼：「完了，完了，全變了！」
當章乃器「走紅」時，他的履歷可以是投身抗日救亡和民主革命，一貫反帝反封建的愛國民主人士，到了牆倒眾人推之際，便有了下列種種說法：「愛國是假的」、「他的抗日救國是為了創造向蔣賣身投靠的資本」、「勾結特務、反革命、右派分子進行陰謀活動」、「破壞土改」、「一貫違法亂紀的不法資本家」、「組織反黨小集團」，等等，等等。翻開當年的報刊，這樣的批判詞比比皆是，大多出自與章乃器共事多年的一些老友之口。有不少是歪曲章乃器原意的批判：如章乃器原話是「定息不是剝削而是不勞而獲的收入」，截去後半句就變成「定息不是剝削」，與原來的意思大不一樣。更有甚者，章乃器的一位工商界老同事，過去有困難時曾屢屢受過章乃器的恩惠與保護，此時竟糾集一些人，乘機對章乃器提起訴訟，提出資產要求。
