對於中國要求日本道歉和賠償，日本多方質疑菅直人政府處理事件的整個過程。日本民主黨幹事長岡田克也25日則批評中國不是民主主義國家。共同社指出，此次日中撞船事件引發的兩國對立暴露出曾一度改善的日中關係的信任基礎還很脆弱。
日本民主黨幹事長岡田克也25日談及中國要求日本就撞船事件道歉和賠償一事，批評稱：「雖然大家都已經知道中國不是民主主義的國家，但此事讓這一點體現得更為鮮明。」在此基礎上，岡田要求中國冷靜對待，指出「對中國而言，這也毫無裨益。我覺得許多日本人已感到失望」。岡田就撞船事件強調「日本依據法律進行了處理」，認為「就此事道歉和賠償，讓人完全無法接受。」岡田在奈良接受記者提問時表達了以上意見。
民主黨政調會長、國家戰略擔當相玄葉光一郎當天在仙台市演講時指出：「這成了讓日本人重新認識日美安保重要性和邊遠島嶼防衛必要性的契機。」
共同社指出，此次日中撞船事件引發的兩國對立暴露出曾一度改善的日中關係的信任基礎還很脆弱。雖然日方釋放中國漁船船長後事態可能漸趨平靜，但是由於歷史認識問題和國家制度不同，對立的火種依然存在，類似的摩擦今後甚至有可能進一步增多。日中關係曾因日本前首相小泉純一郎參拜靖國神社而惡化，2005年4月中國各地爆發了大規模反日遊行。繼任首相安倍晉三06年10月轉向構築「戰略互惠關係」，兩國關係自此走上了平穩發展的軌道。然而撞船事件令日中關係驟然緊張
