她起床後，又把那一套「竇娥」式裝束打扮起來了。爾後，她又寫了一首詩，這是她咬破了自己的手指，用滴滴鮮血寫成的血書：
血與自由的獻祭
我將這一滴血，注入祖國的血液里，將這一滴血，同摯愛的自由獻祭。揩吧！擦吧！洗吧！這是血呢！殉難者的血跡，誰能抹得去？當時，我曾勸過林昭：「何必這樣來赤裸裸地反抗？這不是把自己推到絕路上去嗎？」然而，林昭卻這樣地回答了我：「血流到了體外，總比凝結在心口裏要舒暢得多吶。」
1968年4月27日天氣陰沉
今天，林昭接到法院的一份起訴書，起訴書上所列罪名有三條：一是攻擊「無產階級專政」；二是誣衊毛澤東的光輝形象；三是組織反革命小集團，妄圖進行反黨的反革命活動。這一連串的「罪名」，看來，判定死罪，已屬定論了。
1968年4月28日仍是陰天
林昭今天的心情似乎特別的冷靜，她滿不在乎地對同監房的難友們說：「看來，我要去見馬克思了，這沒有什麼大不了的，他們能夠消滅我的肉體，但決不能消除我胸心的毅志，我的路似乎已走到了盡頭，但是，歷史最後終究會給我作出公正的裁判，這個黑暗時代，最終總是要被人民所消滅的，我生活在這荒唐的年代裏，已厭惡透了，死亡有何可足惜的呢。」
她說完了這些話後，於是認認真真地寫下了一首五言律詩：
浩嘆
青磷光不滅，夜夜照靈台。
留得心魂在，殘軀付劫灰。
他日紅花發，認取血痕斑。
媲學嫣紅花，從知渲染難。
（此詩現已刻在林昭的墓碑背面）
1968年4月29日今日大雨
今天，天空上整天下着瓢潑大雨，牢門緊閉着，使人越加感到恐懼。
上午十時許，對林昭一案開庭進行審判，法庭設在上海監獄裏，乃是開的秘密庭。因此，沒有律師給被告辯護，更沒有記者到場採訪，當然也沒有陪審員和被告家屬到庭聽審以及群眾的列席旁聽。（這種審判方式，在文革中，乃是司空見慣了的。）
到了晚上，竟然馬上進行死刑的執行。深夜，由四個全副武裝的警衛士兵，在一名獄吏的帶領下，掀開了我們的牢門，獄吏大聲吆喝道：「303號，快出來過堂。顯然，當夜就要將林昭秘密處決了。
此時，全監房的女囚都從睡夢中驚醒，情景顯得非常緊張，女犯們都在呆呆地望着林昭，可是，林昭卻出奇地鎮靜，她從容不迫地穿上了妹妹彭令范探監時，送來的那一件紅色呢制的新外套，爾後，從口袋裏拿出了一面小鏡子，照了一下自己的臉，還梳理了幾下散亂的頭髮，頓時，顯現出她那俊秀、嫵媚、婀娜多姿的面容，本來嘛，她就是一位美麗的南國女性！她身材勻稱，長着一副鵝蛋形的臉龐，面頰的兩側露出迷人的酒靨。
旋後，林昭走出牢房，向女囚們頻頻招手並笑着說：「諸位小姐妹，再見了！再見！！」頓時監房的氣氛達到了高度的緊張和恐懼。
她一步又一步地踱出了女監的總監門，她想要唱《國際歌》，可是，獄卒馬上用棉團塞進了她的嘴裏，她奮力地反抗，嘶喊出一聲「媽媽！你在那裏？」於是獄吏就用布條封住她的口，以及她的眼睛。她終於無聲無息離開了這座監獄，離開了這個世界？？一起悲慘的冤案，就永遠定格在那個晚上。
她被槍殺的具體日期是1968年4月29日深夜，年齡僅36歲，她還是一個未婚的姑娘。
林昭究竟被殺害在何地，無人知道，據說屍體都沒有人去認領，結果由上海的慈善機構，把她的屍體送火葬場焚化了，因此，連骨灰也消失得蕩然無存。然而，林昭被殺害後，事情並沒有到此結束，「四人幫」上海的黨羽，竟然又製造了一起對其家屬的迫害。
1968年「五･一」勞動節早晨，上海茂名南路林昭家中，突然闖進幾個彪形大漢，對林昭的母親許憲民冷冷地說：「林昭已執行死刑，由於對反革命分子的處決，耗費了一發子彈，而子彈是由人民用汗水製造出來的，因此，必須由其家屬來交納五分錢的子彈費。」
斯時，年邁的許憲民聽到愛女已被槍決之後，立刻昏倒在地！嗣後，由林昭的妹妹彭令范付了款（五分的鎳幣），才算了卻了這件「公事」。這真是令人毛骨悚然的天下奇聞！也可算得上是曠古未有的司法上的創舉！？
隨後，也就因此導致許憲民的自殺，使許氏的子女失學又失業，流浪在街頭，使這個家庭家破人亡。
林昭的冤案於1980年12月11日予以平反，北京大學的師生們為林昭舉行了悼念會，會上有許多著名的教授講了話，並由蘇南新專和北大的同學，集資為林昭她們母女建墓，墓地在蘇州靈岩山麓，韓世忠墓一側，但只是一座衣冠冢。遺憾的是，林昭的平反，算不上徹底。因從林昭這份判決書上，看到只是由於林昭因患有精神分裂症，才得以免罪、改正的。事實上，乃是作為一件普通刑事案件來處理的，不算是烈士。就這一點上來說，恐林昭在九泉之下還是不安的。
