將佈置在台海前線的野戰軍主力調往三北地區，例如，27軍奉命由江蘇無錫調至河北張家口附近的宣化、延慶，以增援駐軍65軍，因為張家口是蒙古至北京之間的唯一的天然屏障，張家口以南就無險可守了。空軍又在張家口部署了配備紅旗二號地對空導彈的幾個防空導彈營，以加強當地空防。將28軍由福建調往山西，坦克第9師、高炮第67師分別由江蘇、山東調往山西，24軍由河北唐山移防承德、63軍從河北調至山西、69軍從山西太原往北移防大同；
由中共解放軍的空軍、海軍及總參、總後等直接接管國防工業口的第二至第七機械工業部以及中央氣象局、國家測繪總局等要害部門；
在全國各地挖建防空洞，搞備戰、備荒，全國進入戰備狀態（軍管狀態）之中；
將中共領導人從北京分散到全國各地，以防被「一網打盡」。北京的中央機關分散到各地的「五七」幹校，北京的高校也被分散到全國各地。同時將成分不好的家庭趕出北京，趕回老家。有資料顯示，當時北京總共疏散了約90萬人口，北京總人口減少到約650萬。
圖4：1969年4月林彪在中共九屆一中全會上被指定為毛主席的接班人，圖片來源：網絡截屏
四、林彪：密雲、官廳和懷柔水庫將是蘇軍轟炸的第一目標
蘇聯有意將對中國進行核打擊的計劃透露給美國，希望得到美國的支持。而美國不贊同蘇聯的做法，又不便公開表示反對，於是決定將蘇聯計劃透露出來。1969年8月27日外電報導，中情局局長赫爾姆斯向記者透露，「蘇聯可能就它對中國的核設施發動先發制人的打擊問題，向其東歐共產黨同夥進行試探」。事後被認為是美方有意向中方透露蘇聯的軍事意圖。9月16日，一位有克格勃背景的蘇聯記者路易斯在《倫敦晚間新聞》上發出了蘇聯可能對中國核設施發動核突襲的試探性的警告。在公眾媒體上公佈蘇軍發動核打擊的消息，對中方有利，提前獲得信息，可以提前做出準備。其次蘇軍要對中國發動核打擊的消息必然引起國際輿論的關注和反對。
這些來自國外的信息使得毛澤東、林彪、周總理等人更加相信，蘇軍正在準備對北京和中國重要軍事目標發動打擊。
1969年9月20日，中共軍委召開由各個軍區、軍兵種司令和政委參加的全軍戰備工作會議（又稱「三北」作戰會議），再次討論對付蘇軍突然襲擊的措施。22日，周總理對高級將領們說，「準備打仗，這是一個新的戰略部署」。隨後數日中，會議廳中最常聽到的言辭是「蘇聯襲擊即將來臨」。作為回答，1969年9月23日零時15分中國進行第一次地下核試驗，9月29日又爆炸了一枚當量達300萬噸級的氫彈，試圖能夠阻止或者推遲蘇軍的進攻（一說中國進行了兩次地下核試驗和一次氫彈爆炸試驗）。當時中方普遍認為蘇軍最可能的進攻時間是1969年10月1日，這是中華人民共和國成立二十周年的紀念日。
由於後來林彪從毛澤東的接班人變為中共的叛徒，關於林彪在1969年的決策有完全不同的敘述。為了讓讀者有個全部的了解，現將有代表性的三種敘述摘要在下。無論採用哪一種敘述，都不能更改一個事實：作為中國傑出的軍事將領林彪認為北京的密雲和官廳等三個水庫將是蘇軍轟炸的第一目標。
根據林彪的秘書李根清撰寫的《珍寶島事件後防止蘇聯入侵林彪是如何指揮部署防禦的極其專業！》一文：
大戰之前看地圖、看地形，將未來戰場情況熟記於心，是林彪指揮打仗的一貫做法，他曾把這一條當作打勝仗的訣竅向他人傳授。在這次備戰部署中，林彪也認真研讀了「三北」地圖，在空中看地形的幾個地方也是他親自選定的。
十一前，也就是在「三北」作戰會議期間，林彪接連幾天看「三北」地圖。這幅長寬都有4米多，質地柔軟，印刷清晰，裝裱精美，帶軸的百萬分之一軍用地圖，是總參作戰部專門為林彪繪製的，捲起來有碗口粗，扛起來有20多斤重，平時就放在保密室文件柜上。那天，一聽內勤說林彪要看「三北」地圖，我趕忙把地圖取下來送到林彪那裏。因為圖幅太長，辦公樓通往客廳的走廊無法通過，我是從東院繞道西院從大門扛進客廳的。地圖掛不到牆上，只能鋪在客廳的地毯上。
林彪站在地圖前端詳了一會兒，先讓我報告比例尺，然後就開始點地名。他每說出一個地方，我就在地圖上指出它的位置，並按照林彪的要求，用米尺在圖上量一下這個地方到北京城的大致直線距離，然後報告給他。
「居庸關。」這是林彪點的第一個地名。我立即用打桌球的球杆，指出居庸關在地圖上的位置並向他報告：「居庸關。」然後把量出的居庸關到北京城的大概直線距離報告給他。
「南口。」林彪點了第二個地名，我又馬上指出南口的位置並報告南口距北京城的距離。
「官廳水庫。」「密雲水庫。」林彪接着點，我就接着報。
這幾個地方及它們與北京的距離，林彪並不陌生，20年前他指揮平津戰役時就是知道的，但我還是按照他的要求一一報告給他。南口、居庸關是京城的北大門，戰時必守之地。官廳水庫、密雲水庫則是北京市的水源，與市民的日常生活息息相關，戰時一旦遭敵機轟炸造成潰壩也會對人民生命財產構成危害。為此，林彪曾建議排水，後請示周總理，周派人調查後認為，水庫只有「半盆水」，「對北京影響不大」，遂放棄排水。（摘錄完）
圖4：1953年官廳水庫大壩工程施工時的照片，圖片來源：如圖所示
圖5：密雲水庫白河大壩，1959年1月工程施工時的照片，圖片來源：李晞攝
根據劉易斯和薛理泰撰寫的《1969年中國安危繫於千鈞一髮——蘇聯核襲擊計劃胎死腹中》一文：
9月30日，林彪把軍委辦事組幾位負責人召來開會。他說：「這個仗看來八成打不起來，但要作八成可能打起來的準備。」他指着地圖說：「敵人從外蒙下來，直下蘭州、西安，全國震動。」同日，林彪還命令空軍立即將絕大部分軍機從北京附近機場疏散到外地機場。他還認為北京市郊的三大水庫猶如三大盆水，高懸在北京上空，一旦蘇聯擊毀了水庫的大壩，就會淹沒首都。同日晚，他要求北京市儘快把這三個水庫的水排泄出去。周總理認為僅在一天內就把水庫的水排泄出去，造成的災難性後果同蘇聯擊毀水庫大壩的後果相同，何必多此一舉呢？所以他出面中止了林彪指示的執行。稍後，在10月18日晚，即林彪向總參發佈緊急指示的當晚，林又囑咐秘書指示副總長閻仲川採取措施把密雲水庫的水排泄出去，周總理再次出面制止。」（摘錄完）
根據功標青史撰寫的《69年林彪計劃炸掉密雲水庫，周總理：先等一等，我派人調查一下》一文：
雖然和談的事情定下來了，但同時我們要做好兩手準備。在蘇聯的恐嚇威脅下，林彪向主席提出警示：「蘇聯極有可能很快就會進攻中國，我們必須馬上展開備戰工作。」
在得到主席支持後，這位幾十年沒上過戰場的將軍，神經已經極度敏感。日夜不停的在辦公室研究地圖，制定詳細的作戰方案，已經62歲老態盡顯的林彪仿佛又精神了。
國慶節的前幾天，林彪對和副總參謀長閻仲川說道：「馬上就要國慶節了，國慶節當天的安全防衛工作一定要做好，我有預感，蘇聯可能會在當天搞破壞。」
林彪看着一臉吃驚的閻仲川，笑着說道：「蘇聯最近的軍事基地距離北京也就幾百公里，90分鐘內，飛機便可飛到北京上空，如果讓他們得逞，那後果不堪設想。」
他馬上下令在國慶節前一天，北京機場全部關閉，所有機場工作人員也全部撤離，派部隊官兵值班留守，所有士兵荷槍實彈。另外在跑道設置障礙保證任何飛機都不能降落。
一切部署完畢後，9月30日，林彪又親自考察了密雲水庫，他認為這個供養京津兩地的「大水盆」也很有可能成為蘇聯的轟炸目標，密雲水庫面積180平方公里，庫容40億立方米，俯瞰整個北京城，而且距離北京市區僅13公里，一旦被炸，掙個北京就會被瞬間吞噬。
