1966年3月，由北京市委書記萬里出面，讓吳晗下鄉去參加農村「四清」工作。顯然，市委領導是想保護吳晗，讓他換一個環境。當吳晗來到北京郊區昌平縣大東流村時，對「三家村」的聲討已經遍及全國。吳晗下鄉時化名李明光，群眾並不知道他就是要批鬥的吳晗。
村里開會批判吳晗、「三家村」時都請他去參加，整天廣播喇叭都在喊「打倒吳晗」。有一天公社批鬥一個流氓小偷，揭發批判時，有人居然說這個流氓小偷是受吳晗的影響和腐蝕的。此時的吳晗心如刀絞，他怎麼也想不通自己的一番心血竟會成為令人痛心的眾矢之的。
自5月8日開始，京滬兩地各大報刊紛紛發表姚文元、關鋒、戚本禹等人的文章，矛頭直指北京市委。八天之後的5月16日，毛澤東親自主持制定了《五·一六通知》，「文化大革命」正式開始。鬥爭目標從吳晗擴展到黨政軍各級領導幹部和文藝、理論、教育、新聞、出版等各界的知識分子。此時，吳晗已被稱作「反動學術權威」「反黨反社會主義的資產階級代表人物」，逐步失去人身自由，被揪到各處批鬥，經受更加殘酷的迫害。
走向人生終點
吳晗以真摯的熱忱，按照當政者的意圖，讓海瑞這具政治殭屍再度復活，結果反使自己和兩位親人相繼喪命。
1966年5月，吳晗被正式揪出來為長達十年的「文化大革命」開刀祭旗了。他幾乎每天都要接受揪鬥，飽嘗難以忍受的痛苦與屈辱。當時八歲的兒子吳彰後來在回憶文章中寫道：「我永遠忘不了他們把爸爸跪綁在烈日下的枯樹幹上，往他脖子裏灌曬得滾燙的沙子。他們掄起皮帶抽他，揪他的頭髮，擰他的耳朵，用各種想得出來的法子侮辱他。爸爸三天兩頭被拉去游鬥，學校要鬥，區里要鬥，縣裏要鬥，這裏要鬥，那裏也要鬥。」
在批鬥之初，吳晗全家住在北長街原來的住處，但後來被掃地出門。紅衛兵勒令他和妻子袁震每天到北長街掃街道，並且隨時把他們夫婦揪出來侮辱。酷暑烈日下，吳晗被拖到馬路上，跪在粗硬的瓦礫上，遭受殘酷的毒打。每次爬起來之後，都是膝蓋皮膚劃破，鮮血染紅雙腿和土地。而這時的吳晗，一拐一瘸地回到住處，擦去身上的血跡，便拿起毛澤東簽名送他的着作來看。
1968年3月，吳晗正式被捕入獄。
就在吳晗入獄的第二個月，他的妻子袁震也被送入「勞改隊」，實行「群眾專政」。
吳晗和妻子袁震幾十年同甘共苦，很為熟知他們的人所稱道。袁震長期身患重病，不能生育。新中國成立後，他們的家庭生活比較安定，袁震的身體也慢慢地好了起來。這時，夫妻倆都想有個孩子。他們的心事被康克清知道後，建議他們從孤兒院領個孩子撫養。吳晗接受了康的建議，從孤兒院借來幾張孩子的照片，並看中了小彥。這個小姑娘長得很機靈，很討人喜歡。吳晗親自到孤兒院把她抱回來。不久，又從孤兒院抱回一個男孩，取名吳彰。從此他們的家庭增添了新的內容和歡樂。
在全國一片聲討「三家村」的喧囂聲中，這個溫暖的家庭被破壞了。吳彰在《倖存者的回憶》中寫道：「深夜裏的猛烈砸門聲常常把人嚇醒，我縮在媽媽懷裏。他們翻過圍牆，破門而入。整個院子裏貼滿了『該死』『砸爛』的大標語。外國友人送給爸爸的禮品當做『四舊』被砸爛了，電視機也不能倖免。就連爸爸珍藏的姐姐從三歲起畫的圖畫，都在斥罵聲里付之一炬……」
進入1969年，一件件更加悲慘的事向這個家庭不斷襲來。3月17日，袁震被允許從勞改隊回家看病。當晚，住同院的萬里聽說袁震回家的消息，特地送來了一碗紅豆稀粥。誰也沒有想到，這竟是她「最後的晚餐」。備受折磨，身體已垮的袁震，當天夜裏突然病情加重，大口喘氣，全身抽搐。小彥和吳彰立即把母親送到北京某醫院，但由於她是吳晗的家屬，同時又是右派，醫院把她視作敵人，沒有進行搶救，翌日凌晨，一生苦難的袁震撇下了兩個未成年的孩子，與世長辭了。直到小彥去太平間為她更衣時，袁震的雙眼還半睜半閉，面頰上殘留着幾滴清淚。
1969年10月11日，突然有人來叫小彥和吳彰去看他們的爸爸。姐弟倆異常興奮。他們將近一年未見爸爸的面了，以為這次是造反派大發善心，讓他們探監。但當他們出門時，來接的汽車竟是醫院的牌子。姐弟倆預感到這是不祥之兆。果然，來人對他們冷冷地說：「你爸爸今天早晨死了。」
吳晗的屍體已被帶走，只有一條血跡斑斑的褲子留在了姐弟倆手中。從此，姐弟倆相依為命，苦度人生。1975年，小彥被捕入獄。被抓走那天，剛動過闌尾炎手術，身上還有醫生當日開具的證明。她腳帶鐐銬，闌尾疼痛就給止痛片，哭喊就注射冬眠靈，門牙被打掉了，額頭上打開了口子……農曆八月十五之夜，小彥在牢房裏想起了全家一起度過的最後那個中秋節，此時彼時，此地彼地，死者生者，百種滋味交雜纏繞，她毅然用死向當權者們提出了抗議，但未能如願。她剛被搶救過來，就又被送回了牢房。
1976年9月23日，在黎明之前的黑暗中，22歲的小彥死在獄中。此時，距江青集團垮台和文革結束只有兩周時間。
吳晗以真摯的熱忱，按照當政者的意圖，讓海瑞這具政治殭屍再度復活，結果反使自己和兩位親人相繼喪命。富有戲劇性的是，海瑞和吳晗，儘管相隔三個多世紀，但無論人生遭遇、政治主張、道德觀念，還是個人生活，都有着驚人的相似之處。只是吳晗似乎遠不如海瑞幸運，至少那位「海青天」的結局，是得到了嘉靖皇帝的寬恕。
