什麼才是早起的第一件事？是先吃飯再刷牙，還是先刷牙再吃飯？這個話題似乎已經是老生常談了，支持先吃飯再刷牙的，認為口腔細菌代謝產物有益身體健康；而支持先刷牙再吃飯的，則認為口腔細菌太髒，吃下去會影響健康。說到底，要回答這個問題一定要搞清楚口腔細菌這個角色。
那麼，如果真要從口腔細菌的角度分析，什麼樣的答案才可以算作是這個問題的「正解」呢？
1、口腔細菌的真面目
口腔細菌，嚴格來講應被稱作口腔「微生物」，因為棲息在口腔里的不止有細菌，還有病毒、真菌等，但確實人們更習慣將口腔微生物群稱為口腔菌群（oral flora）。口腔菌群細菌種類相當繁多，大致有700餘種，數量更是不計其數。
這些細菌都屬於口腔常駐居民，其中數量佔優勢的被稱為正常菌群（normal flora）或固有菌群。它們與宿主的關係較為穩定；而其中數量不佔優勢的可在特定條件下顯著增加，轉化為有致病作用的增補菌群；
而來源於飲食中的細菌，僅可短暫存在於口腔中，被稱為暫時菌群，它們在口腔中不具備競爭優勢，但如果進入腸道則可能成為致病菌。
2、口腔菌群失調可影響口腔及全身健康
當口腔菌群與口腔器官和平共處時，它們不僅不會給人們帶來疾病，而且恰恰可以作為防禦各種病原體入侵的天然生物屏障；然而當這一平衡被打破平時，某些類別的細菌就會稱王稱霸，從而成為特定口腔疾病的致病因素。
事實上，很多口腔常見病病，如蛀牙、牙周炎、口腔黏膜病等，本質上都與口腔菌群失調有關。因此，嘴巴里有菌不可怕，可怕的是某些細菌一家獨大。
口腔菌群不是口腔以外其他器官的固有菌群，但可能通過菌血症等方式對全身健康產生不利影響。目前已發現，口腔菌群與胃腸道系統疾病、神經系統疾病、內分泌系統疾病、免疫系統疾病、心血管系統疾病等多種疾病均存在一定聯繫。
牙周致病菌即可對諸多病理過程產生影響，因此糖尿病與牙周炎具有雙向關係，互為危險因素。
3、先吃飯再刷牙還是先刷牙再吃飯？
如前所述，飲食來源的細菌對口腔健康並無大礙。因此，能夠影響口腔健康的還是口腔增補菌群，它們往往與致病作用有關。基於上述事實，確定飯前刷牙與飯後刷牙的依據首先是口腔是否健康。
口腔健康意味口腔菌群與口腔器官的關係處於平衡狀態。此時，飯前刷牙或飯後刷牙均無傷大雅。飯前刷牙的好處在於能夠清新口氣，使就餐的感覺更好。而口腔不健康則意味口腔菌群與宿主的關係處於失衡狀態。
此時，飯前刷牙或飯後刷牙要視口腔疾病情況而定。
1.蛀牙
蛀牙的致病因素不僅有細菌（致齲菌），而且包括食物（可發酵碳水化合物）、宿主和時間，這四大因素必須同時作用才會引發蛀牙。
口腔細菌不僅數量龐大，而且生長速度快，很顯然刷牙後很快就會捲土重來。於是飯前刷牙就意味，飯後不僅食物殘渣將持續存在，而且口腔細菌也會繼續發揮作用，因此直至下次刷牙前，口腔細菌和食物殘渣仍有較多接觸機會，因此仍可能產生酸性物質，從而腐蝕牙齒；
而飯後刷牙則意味，即使口腔細菌在刷牙後不久仍然可以繼續發揮作用，但由於食物殘渣已經被大範圍清除，因此直至下一餐前細菌都是孤掌難鳴。飯後刷牙更有利於降低酸性物質產生的可能性。由此可見，從防蛀角度看，飯後刷牙比較科學。
2.牙周炎
牙周炎的致病因素雖然比蛀牙更複雜，但僅有細菌（牙周致病菌）是使動因素（決定性因素），其他均為促進因素。由此可見，牙周炎與食物關係並不密切。所以從預防牙周炎的角度看，無論飯前刷牙還是飯後刷牙，只要能做到一天兩次的有效刷牙，都可以保證一定時間內控制牙菌斑的效果，對防病治病都有意義。
但鑑於牙周致病菌對全身健康可能產生諸多不利影響，飯前刷牙似乎更為妥當。由此可見，對於口腔健康的個體而言，飯前刷牙與飯後差別不大；對於蛀牙易感者而言，飯後刷牙更有利於防蛀；而對於牙周炎患者而言，飯前刷牙似乎更有利於全身疾病預防和控制。
