薄熙來任中共商務部部長後，其飛揚跋扈的個性再次凸顯，全然不把時任中共國家主席胡錦濤、總理溫家寶及主管他的副總理吳儀放在眼裏。吳儀是中國為數不多的女性領導人；因其在談判中態度強硬，被人們稱為「鐵娘子」。薄曾把吳儀氣得大病一場，吳向溫家寶哭訴，並向胡錦濤等人狀告薄。中共「十七大」時，薄熙來在吳儀、溫家寶的阻擊下，被迫去了重慶。
薄曾放狂言不把胡溫、吳儀當回事
薄熙來追隨江澤民，加之薄熙來父親薄一波多次在關鍵時期「幫助」江澤民扭轉局面。2004年2月，薄熙來被調任中共商務部部長。但薄熙來根本不把胡錦濤、溫家寶、吳儀當回事。
港媒《前哨》曾報道，薄熙來根本不把時任中共國家主席胡錦濤、總理溫家寶放在眼裏，薄熙來曾放狂言：「不要講溫家寶，包括胡錦濤，什麼玩意兒，充其量只是兩個高級家奴。」而主管商務部的副總理吳儀更是個小丫鬟了。
對於影響深遠的對外商談判，薄熙來也依然是獨斷獨行，我行我素，全然不把溫家寶、吳儀的叮囑放在心上。
當時大陸剛加入世貿組織，中共必須給各國政府及商家一個「好印象」，對於商貿糾紛，談判時，必要時需適度「妥協」。
薄熙來外訪前，吳儀常常把可能出現的狀況一一列出，同時也把當局的回應一字一句地告之，並明言希望薄記牢。但見其一副漫不經心的樣子，很為不快，但也不便發作；又見薄的隨員已認真記錄，相信他也不敢不遵循。
但在談判中，美方指中國某類產品因政府補貼導致價格太低，嚴重打擊美國同業，希望中方減少補貼，否則美方不得不施加懲罰性「反傾銷稅」。薄沒有說出吳儀當時教的一個字。他的反應是「立場堅定」，寸步不讓，反而惡言指責對方誣衊造謠……
薄熙來動輒髒話或「問候」別人母親
據日本《朝日新聞》報道，薄熙來任職大連後，當時薄熙來的辦公室被戲稱「不夜城」；大連官員透露，即使半夜傳召也不稀奇，缺席幹部都遭毫不留情處分。「混蛋，傻X」，動輒髒話或問候別人母親，成為薄訓斥他人的口頭禪。
在商務部，報道稱，吳儀為什麼這麼厭惡薄熙來，其一是薄在商務部搞得天怒人怨，吳儀舊屬訴苦連連；其二、兩人共同出訪履行談判任務，薄態度張揚，媒體說：「由於薄熙來的機智，談判才得順利進行」，讓吳儀忍無可忍。
還有報道稱，薄熙來任商務部長期間，吳儀是其頂頭上司，但薄熙來是小人得志、目中無人，在商務部上下關係都很緊張，對吳儀頗不遜。
吳儀向溫家寶哭訴
報道稱，吳儀氣得大病一場，向溫家寶哭訴。溫家寶聽後介入，將薄找來，準備好言相勸，要他「經一塹長一智」。哪知剛開口便被他嗆回：「毛主席講不鬥爭就沒有團結，一味退讓是投降主義，尤其面對的是洋人……」《前哨》指，這一爭執，就早早註定了他日後的覆滅。
吳儀又到胡錦濤、朱鎔基等處告狀，一個驅薄共識已在中南海內悄然形成。
得罪「鐵娘子」薄熙來遭下放
2007年1月15日，薄一波病亡。當時有傳言，江澤民作為對薄一波的回報，希望讓薄熙來在中共「十七大」進入政治局。同時，薄熙來家族也不斷放風，稱薄熙來將升任中共副總理。
但據報，吳儀反對薄熙來接任副總理，在當時中共政治局幾乎是公開的秘密。最後吳儀以全退，成功抵制薄熙來接任副總理一職。
《朝日新聞》曾刊載日媒薄熙來研究，文章稱2007年12月，中國前副總理在北京人民大會堂滿臉輕鬆地宣佈了自己的引退。「我會在明年兩會後完全退休，我這個退休叫『裸退』，無論是官方的、半官方的、還是群眾性團體，都不再擔任任何職務，希望你們完全把我忘記！」
「裸退」一詞，旨在表明吳儀不接受包括名譽職位在內的任何職位而選擇全身引退之意，所以在她提出後馬上在民間成了熱點話題。
然而現在，多位共產黨幹部都透露道：「她的裸退其實是有條件的。就是不讓當時的商務部長薄熙來繼自己之後成為副總理。」
最後，薄熙來被下放到重慶，出任重慶市委書記。2012年3月15日，薄熙來被免職；2013年10月25日，被判處無期徒刑。
