雖然牛奶能補充大量維生素、礦物質和蛋白質，但大量飲用也可能使人患上與激素相關的癌症，如乳腺癌、前列腺癌，並引起痤瘡。
一方面，牛奶富含飽和脂肪，這意味着，喝大量牛奶會提高血脂水平，阻塞動脈，增加患心臟病的風險。
另一方面，根據美國佛羅里達州註冊營養師伊沙尼·尤因的說法，暫時鮮有證據證明吃乳製品與得心臟病之間有直接聯繫。而且，2012年，一項針對45至84歲年齡群的研究發現，其實，相比於乳製品，肉類包含的飽和脂肪更容易導致心臟病。另一份2014年發佈的報告也支持食用奶製品並不會影響人的血脂水平這一觀點。
不過，紐約市營養顧問艾米·夏皮羅說，要判斷一個人能否大量攝入飽和脂肪，更重要的還是要知道其家族本身有沒有心臟病史，如果有，夏皮羅建議最好在諮詢醫生後，限制該成分的攝入，並把牛奶換成它的某種替代品。
根據《美國飲食指南》，飽和脂肪在每日卡路里攝入量中所佔的比例不要超過10%，美國心臟協會更是建議把這個佔比降到6%。
除了心臟病，一項2020年的研究還發現，喝牛奶的女性比喝豆奶的女性更容易得乳腺癌。相似的是，男性如果日常飲用牛奶，可能會得前列腺癌。可是，營養師艾米說，有關牛奶是如何導致這兩種癌症的問題，還需要更多的調查。
「關鍵還是看一個人的整體飲食模式，這對患上癌症的概率的影響，要遠遠大於其中某一種食物（如牛奶），」營養師艾米補充道。
對於14到18歲的青春期女生，2005年的一項研究發現，喝牛奶還可能會導致她們長痘痘。關於原因，調查人員懷疑是這些奶製品會增加人體中某些激素的分泌，產生更多皮脂，這是一種皮膚上的油性蠟狀物，最終可引起痤瘡。但是，尚無隨機對照實驗證實過這種聯繫。
「可以試試少喝牛奶，如果你覺得自己長痘和這有關係的話，說不定就會有改善的效果，」營養師艾米說，「只要你保證自己能從其他食物中獲取足夠的鈣和維生素D。」
然而，即使現在我們已能買到牛奶、奶酪的替代品，天然奶製品在飲食中仍是不可或缺的，因為它們能提供其他食物所沒有的大量營養。《美國飲食指南》甚至建議，一個人每天最好喝三杯牛奶，或等量的其他乳製品，以保證鈣、鉀和維生素D的攝入量達標。
