日軍在城市中大範圍搜索抵抗力量。
日軍所謂南京俘虜很多都是平民
1937年12月的南京，國軍14個殘破的步兵師8.1萬人面對30萬精銳日軍壓境而來。（國軍實際兵力數字來自南京保衛戰時期首都警戍總司令部參謀長處長譚道平將軍所著回憶錄）。面對擁有超過3000門各種火炮的日軍攻擊，經過9天激戰，日軍衝進南京城區。
日軍在下關等地俘虜了很多國軍，按日軍記載這些俘虜「有十二三歲的小兵，也有五十歲左右的老兵，服裝形形色色，不禁讓人懷疑，這些人是軍人嗎？」。裏面那些所謂的青壯年士兵有的是南京城裏賣茶碗的小販，有的是流浪漢。即便是真正的士兵，也因為2-3天沒有喝水，沒有吃飯看起來很悽慘。
日軍首先屠殺了4200名無法行動的國軍傷兵，隨後是屠殺俘虜和以抓逃兵為由到處抓捕男性，南京大屠殺開始了。
國軍殘軍在日軍包圍圈內外打游擊
12月17日，殺紅眼的日軍竟然開槍射擊友軍，打死打傷日軍多名。甚至日本海軍第3艦隊1名海軍中尉到陸軍了解俘虜處置情況時，在夜晚的下關看到，日本陸軍士兵正在用刺刀從背後刺殺俘虜。這名海軍中尉詢問，實在不該從背後刺殺啊。陸軍士兵看着拿着手電的海軍大聲訓斥，再不把手電收起來的話，那你們就等着濺滿血再走吧！
南京陷落了，但並不意味着中國軍隊的抵抗就消失了，全部伸着脖子等着被砍頭。在南京城裏城外還有很多國軍殘軍部隊在日軍重兵雲集的南京堅持進行游擊戰。
這些國軍被日軍合圍在南京城內和郊區。這些被打亂建制，已經沒有組織的士兵首先要解決的是沒有糧食吃，又冷又餓，而穿着軍裝出去走動又會被日軍發現逮捕，而且在冬季，這些國軍殘軍沒有地方睡覺。脫離了困境的士兵會躲進附近村莊，村民會為他們提供食物，住處和衣服。其中有些殘兵正在轉化為游擊隊。
首先是在進攻南京時，在廣德附近的一支日軍兵站汽車小隊在向國崎支隊運輸物資返回途中，遭到數百名國軍殘兵伏擊，23輛汽車被燒毀，日軍包括小隊長在內全部陣亡。
多支日軍輜重部隊遭國軍殘軍襲擊
就是到了38年1月22日，南京陷落後1個多月，國軍殘軍還是經常性的伏擊日軍輜重部隊。比如日軍第6野戰炮聯隊第12中隊的一支有60輛大車的行李隊在1個步兵小隊掩護下，在雪後時晴時陰的天氣下，行走在乾燥的路面上，山背後還有很多殘雪未花。在修理通過3座被破壞的橋樑後，遭到松林中國軍殘軍的伏擊。但是很不巧，日軍的1個大隊快速增援上來，這支輜重隊才避免被全殲。
日軍第6師團步兵第13聯隊1支小部隊在行軍中，在路邊遭到200多人襲擊，這些中國民兵使用大刀和梭鏢衝上來。民兵們在50米距離上投擲梭鏢，但是這些梭鏢大多數都沒有命中，很快日軍輕重機槍開火，這些民兵全部陣亡。
包括在南京郊區也發生多次，中國民兵手持紅纓槍不畏死亡，一次又一次突擊日軍的事例。持續着讓日軍感到困惑的發動肉搏戰。這些紅纓槍民兵堅信自己可以被子彈命中也不會死亡。
12月14日，南京陷落第2天，日軍第16師團的500名輜重兵即遭到1000名國軍殘軍圍攻，雙方爆發激烈白刃戰，日軍死傷80多人。
12月18日，日軍第6輜重聯隊第4中隊在城外遭到國軍殘軍伏擊。日軍開始加強了對周圍村落國軍殘軍的圍剿掃蕩。
南京居民奮殺日軍單兵遭日軍報復
日軍在掃蕩殘兵時，會把村莊當成主要目標，哪怕情報說這個村莊裏有2，3名殘兵，日軍也會出動部隊襲擊村莊，對殘兵和老百姓不加區別的全部殺死。因為殺的人多，可以當做戰果。一般日軍討伐隊，分為放火班和射擊班，在夜間到達村莊後，放火班先進入放火焚燒民房，大火迅速包圍村莊，一瞬間村里一片哀鳴，並騷動起來，村民們驚慌失措的跑出屋外，此時在外圍的射擊班就使用輕機槍射擊，不到5分鐘就沒有人走動了。
日軍谷田勇和堂肋光雄2名參謀乘坐汽車去第114師團司令部時，在途中遭到槍擊，司機當場死亡。後日軍查看時發現，事件是步槍子彈穿透駕駛室側面玻璃造成的。
一名叫做高橋的日本一等兵是臨時入伍的38歲老後備兵，本來是一家寺廟的住持僧人，部隊裏的日軍都認為他修過佛道，人格高尚，對他無比敬重。到了前線才發現其極其好賭，而且水壺裏每天灌滿白酒，到了南京後，好色程度是其他士兵的2倍。
高橋每天跑出去通過威脅找女人，一天其到晚點名還沒有歸隊。夜晚的南京，野狗在爭相啃咬人的屍體。甚至看到活人都追着咬。30名日軍組成搜索隊到附近村莊尋找，但是沒有任何線索，村民們什麼都不說。
最後日軍找來10個10歲小孩以餅乾為誘惑，並用刺刀威脅，才有1個孩子說出了，高橋到村子裏強姦婦女，被其丈夫找來幾名村民打死。隨後日軍扎死了那名婦女及其丈夫。
南京城內日軍屢次遭到國軍殘軍槍擊
12月24日，坂井貞藏二等兵在指揮15名勞役兵堆放材料時，遭到步槍遠距離射擊，子彈命中右腳。在醫務室進行緊急處理後送往野戰醫院。
1月3日，日軍迎來了新年假期，在南京國立公園附近，20名喝了酒的日軍到這裏遊玩。這裏發現一隊穿着藍黑色衣服的人正在迎面過來，他們肩上的東西在朝陽下閃閃發光。這時這隊40-50名人的男人們突然紮起頭巾，雙手舉起4-5尺長的大刀在40米開外沖了過來。日軍炮兵中尉善波周是劍道四段，曾經是明治神宮第一屆劍道大會選手代表，雙方一起互相劈砍，最後中國刀手在傷亡10餘人後撤退了。
1月5日，日軍第13師團步兵第65聯隊的輜重兵5人在南京城外遛馬時，遭到50名潛伏在這裏的國軍殘兵伏擊，被擊斃1人。日軍宣佈禁止遠距離單獨行動。1月16日，南京陰蒙蒙的，要飯的乞丐在街頭閒逛。傍晚6點，日軍一支車隊被伏擊，工兵則正在修復被破壞的橋樑，上一次修復的時候遭到襲擊有5人傷亡。
1月18日，從早晨開始就一直在下雨，2名日軍第65聯隊的少尉，帶着司機乘車去偵察，偵察道路情況後在返回的路上，商量着要去附近的村莊抓花姑娘。結果在那個村子裏有國軍殘兵隱蔽，3個日軍猛然發現情況不對，瘋狂的往汽車跑。但是在路上還是被按住後殺死了，只有司機跑出來。當天晚上還下着雨，1個中隊的日軍趕到現場，只剩下了少尉殘缺變形的屍體。第2天，聯隊竟然收到了國軍殘兵郵寄來的賀年片。
日軍夜伏倉庫外伏擊「盜取」食物國軍
在外面潛伏活動的國軍殘兵在城市的廢墟里，找不到食物。晚上就會潛入日軍倉庫菜地悄悄拿各種物資，哪怕是鐵皮，蔬菜，鹽和汽油都拿走。日軍用手榴彈連接鐵絲綁在菜地里，在附近街道埋伏機槍，都無法阻止國軍殘兵的潛入。為此殘軍時常與日軍發生交火。
這些殘軍有在冬季餓了幾天，受不了出來向日軍投降的，也出現過數百名攜帶着迫擊炮和機槍的國軍殘軍大部隊襲擊日軍警備隊的。
隨着天氣越來越冷，在山上和城市廢墟隱蔽的國軍殘兵更需要食物和衣服了。月底的一天，日軍第47聯隊第2大隊第8中隊在倉庫附近民房埋伏的日軍分隊在晚上22點，發現國軍殘軍接近過來。日軍隨後拿起武器在昏暗的小路兩旁等待着。
不一會，這些國軍殘軍就抬着豆醬，醬油桶什麼的出來了。突然間日軍衝出來俘虜了這些殘軍。不一會，又有一小隊殘軍過來了，那一夜日軍俘虜了40個人。按日軍的說法，這些人有的是便衣軍人，其中有些人是哭哭啼啼的膽小鬼，有的兇巴巴地瞪着眼睛，有的瑟瑟發抖，還有的人居然優哉游哉的睡着了。
國軍殘軍每天破壞橋樑電話線和鐵路
在南京郊區和外圍日軍持續遭到國軍殘軍夜襲，已經對夜襲感到神經過敏。日軍警備隊每天坐卡車巡邏，到處發現被破壞的橋樑。這些殘軍的補給很差，他們背着的竹筐裏面放着日用品，背着武器，每天都在轉移。有一座50米長的木橋，一天晚上橋柱被殘軍從根部鋸斷槓走了。日軍第6師團立刻派了工兵修復，並命令第13聯隊出動1個小隊長期駐守保護這座木橋。
附近的國軍殘軍發現這支日軍數量不多，便立刻活躍起來，幾乎每天晚上都出來襲擾。無休止的夜間襲擾，讓日軍小隊長得了神經衰弱症。於是第13聯隊第1大隊第4中隊又派出了1個小隊。這個小隊悄悄進入木橋附近，白天睡覺，晚上埋伏在道路兩旁。連續擊退數次殘軍發動的夜間襲擾。
日軍也會把陣亡國軍軍官的書信郵寄出去，比如在一場戰鬥後，日軍在戰場遺留屍體裏發現了一名來自國軍中央軍第14師第84旅第3營地8連代理連長張良中尉寫給戀人的血書。上面寫着，郵寄去15塊錢，你要節省着用，最近連日激戰，不知道是否還能活着回去，我始終想着不知我們能不能再次見面。日軍在這封血書後面加上了一句話，對勇敢的張良中尉陣亡表示衷心的敬意，日本陸軍前線部隊。隨後把信件按照張良寫的地址郵寄出去。
沒完沒了的通信線路修復戰，由於日軍白天進行着嚴密的巡邏。國軍殘軍主要是在夜晚出來活動，有一項主要活動就是破壞日軍通信。他們不僅僅是剪斷電話線，而是連電線杆一起砍斷。次日日軍巡邏隊發現後會重新樹立起來，晚上殘軍再砍斷，就這樣不斷砍斷，不斷又被樹立起來。電話線杆越來越短。如果過短就再用一根2米長的木材重新加長，可一到晚上又肯定再次被砍斷。日軍自己稱，日軍都苦笑說，真有毅力，每晚都來砍斷它。警備隊也很有毅力，每天白天都重新樹立起來。
南京不僅有屠殺還有反抗只是鮮為人知
如果是小隊級別的日軍出去巡邏也經常在南京外圍地區遭到襲擊，有被打散的士兵，有游擊隊，也有穿着黑衣服繫着交叉白色布條的長矛隊。這些人不會襲擊日軍大部隊，專門選尖兵，偵察小隊，輜重兵和後面的押後小隊襲擊。
南京不僅僅有大屠殺，也有歷時9天的南京保衛戰，更有南京地下游擊戰。而不是一般網上流傳的中國士兵都是伸着脖子被日軍砍死的。雖然當初中國書籍上沒有記錄下南京地下游擊隊的事跡，但是參戰日軍卻在他們的日記上留下了南京地下抵抗軍鮮活的形象和戰斗记錄。
南京雖然陷落，但是抵抗一直沒有停止，只是不為人知！
參考資料：
小孝原太郎陣中日記。
宮本省吾陣中日記。
齋藤義次郎陣中日記。
大寺隆陣中日記。
山崎正男陣中日記。
泰山弘道上海戰從軍日誌。
