雖然簡政放權舉措連連，但「基層卻存在與市場、社會接不好的問題，監管雖然得到了強調，但在監管上確實力不從心。而管好可能比單純下放難度更大，緊迫性也愈加突出。」國家行政學院教授許耀桐在肯定近年來簡政放權成績的同時，如此解析實踐中的不足。
許耀桐參與編寫《中國改革報告（2015）》的行政體制改革部分，報告由深圳創新發展研究院發佈。
在許耀桐看來，除了「腸梗阻」、「放責不放權」等問題外，簡政放權還應注意編制與職能的動態調整。上級向下級放權，就意味着原應由上級承擔的工作改由下級承擔，但下級政府及相應部門的資源配置卻沒有跟上，而現有資源無論是資質還是數量，都無法應對新的職能。尤其是在「編制總量不增加」的紅線下，如何調整，更為關鍵。
簡政放權之後，「具體監管什麼，怎麼監管」，許耀桐認為無論政府還是社會，理論儲備還是很不足。以西方發達國家為例，監管之所以總體上到位，就是在於他們對政府和社會的邊界有一套明確的理論，既要維護社會權利，又要保護公共利益，在公私之間有法律界限。而當前中國政府監管則傳統色彩濃厚，監管有過度的動機，方式方法也比較簡單粗糙。
權力清單和責任清單的性質、編制和發佈等也存在諸多不規範之處。許耀桐指出，很多地方是以通知的文件形式提出，「是否具有法律效力，政府和大眾都心存疑惑。」如果不具有法律效力，僅僅是對政府權力和責任的清理匯總，在具體行政行為上沒有太多規範意義，那麼，清單也就僅僅是滿足於完成政治人物的需要了。
另外，清單制定缺乏公民參與。許耀桐說，「如果缺少社會參與，就會變成政府的獨角戲，得不到民眾的理解和支持，也收不到便民的實效，最終背離改革目標。」
簡政放權之所以存在上述問題，尤其又是以基層最為突出，接不住接不好，許耀桐分析，直接原因在於上級政府下放權力時並未與下級進行充分協商，沒有考慮下級的實際，有的審批權力實際行使的可能性小，有的則是將事務下放，由下級承辦，加重下級負擔。「我國行證體制的集權特徵決定了這种放權的單方性，上級占絕對主導地位，下級往往被動接受。」
所以，許耀桐建議，橫向上應該繼續做好大部制改革，縱向上無論是中央對省，還是省對縣市，都需要以法律形式合理確定職權，一個重要的方向就是把基層做強做實，實現權責對等，在體制上可以強化縣的權力。
從更深層次而言，這與強化頂層設計的改革原則不無關係。許耀桐說，「頂層設計」是相對於過去「摸着石頭過河」的一個提升，「頂層設計」與「摸着石頭過河」體現的是不同的認識論，而頂層設計要取得成功，「關鍵取決於民主的決策機制。」
在許耀桐看來，「摸着石頭過河」導致的問題要害在於，沒有匯聚各方利益關切，而頂層設計則必須要有各方利益的表達溝通機制，充分平衡各方利益。
「民主是改革得以成功的核心，無論哪一個方面改革的頂層設計，最終都是指向民主機制的，可以說民主機制的建立就是最高層次、內涵最為深刻的頂層設計。也只有在此意義上，所謂的基層首創，才具有意義。」許耀桐說，之所以在基層一些簡政放權改革實效不明顯，很大程度就是因為沒有考慮到權力下放與地方能力匹配問題，沒有考慮到財政和編制的保障，「頂層設計中民主層面考慮不夠，也間接導致基層首創難以有效開展。」
