西方媒體認為，胡錦濤對新武器進行試飛確實不知情，並接連報道稱，這意味着中國領導層對軍部的掌控力度減弱。相反，大多數華人媒體和專家則分析認為，根據共產黨領導機構的從屬關係，胡錦濤主席不會事先不知情。

當天下午，美國國防部長羅伯特-蓋茨和胡錦濤舉行會晤後，對隨行記者們透露說：「當我向胡錦濤求證試飛一事時，他似乎非常驚訝。這讓人不免產生懷疑，中國軍部領導有時未必與政治領導人『行動一致』。」正是這番話引起了這場爭論。由於這翻話是出自曾擔任美國中央情報局（CIA）局長，在國防部長職位上已做滿四年的資深情報通蓋茨之口，所以難免引發軒然大波。對此，美國《華盛頓郵報》12日分析說：「這意味着中國軍方對蓋茨訪中以及美國對加深兩國軍事交流方面的努力表示強烈不滿。」《紐約時報》也指出，陪同胡錦濤出席的中國官員顯然也是對殲20試飛一事並不知情。這未免讓人懷疑中國文官領導層對軍部的掌控程度。

中國領導層與軍部之間有矛盾的說法也出現過數次。有傳聞說，2008年四川汶川發生大地震時，中國國務院總理溫家寶曾指示「讓軍隊進入震源附近救援倖存者」，但遭到部拒。另外，中國解放軍副總參謀長馬曉天去年7月對有美國核動力航母「華盛頓號」參與的韓美聯合軍演表示強烈反對時，西方媒體分析指出：「這種政治性發言不是由政府，而是由軍隊人士做出，可見文官領導層對軍隊的掌控力量有所減弱。」

但是，華人圈卻提出相反的主張。據殲20試飛目擊者記述，這次試飛當初計劃在蓋茨訪中前的7日進行，但因氣象惡化而推遲。某目擊者在網上留言說：「當時機場內連試飛觀覽台都搭設好了，但是因氣象惡化，試飛被推遲。」台灣中央社當天也援引香港分析人士的話報道說，胡錦濤不知情是不可能的事。西方不了解中國國情。

北京外交界也普遍認為，即使胡錦濤事先不知試飛一事，也不能認為他對軍隊掌控減弱。某消息人士說：「在研發階段，試飛日期會經常變更，難道每一次都向領導匯報？把這次試飛視為中國軍隊的越權，在邏輯上沒有說服力。」