大陸最新一期《南風窗》周刊載文指出，如果馬英九主政台灣，大陸如何從理論上闡明馬英九的「人民決定論」與台獨的區別，如何從法理上批駁馬英九兩岸關係主張中內存的「台獨可能選項」，對大陸的理論工作者和從事對台工作的實務人員來說，仍是一項艱鉅的任務。對此，北京聯合大學台灣研究院院長徐博東表示，馬英九接受「九二共識」，只要在這個基礎上坐上談判桌，所有問題未來都可以透過談判處理。
這篇題為《如何應對馬英九「新中間路線」》的文章指出，從接任國民黨主席開始，馬英九漸次系統地論述他的兩岸關係主張。據指出，馬英九一開始提出「終極統一論」，遭致批評後又提出「台獨選項論」，但在「台獨選項論」再度遭致批評後，馬英九雖然提出解釋，但「終極統一論」終究不再提起，改以「維持現狀」取代。此後，馬英九斷斷續續又對兩岸關係提出一些新的主張和論述，所謂的「新中間主義」路線漸趨清晰。
據指出，馬英九的「新中間主義」包含幾個要點。首先，其出發點在於認同「台灣意識」，堅持「台灣優先」。其次，其着力點在於穩定政局，全力以赴發展經濟。第三，其要義是建構兩岸和平新機制，台灣不做麻煩製造者，大陸能放棄敵對心態。
但該文指出，馬英九「新中間主義」的要害是隱藏着「人民決定論」的影子。據稱，馬英九主張的「台灣的未來應該由人民決定」，與民進黨「台灣前途決議文」中的相關論述，已經所差無幾。
事實上，二日在出任國民黨總統選舉候選人之際，馬英九強調，國民黨的立場並不贊成台獨，也不會選擇台獨選項，大多數台灣民眾都認為要維持現狀、拚經濟。這裏面，馬英九不再提起「終極統一」，也規避了台灣民意走向獨立之後的國民黨可能立場問題，即「人民決定論」的問題。
文章說，與台獨主張相比，「新中間主義」畢竟是一種歷史的進步，但大陸將有一系列問題必須面對。例如兩岸和平協議的簽訂問題大陸如何應對？如果答應的話，兩岸各以什麼身分與主體？承認對等地位是否意味着對台灣法理地位的認同？如果拒絕，又以什麼理由說服台灣人民？
此外，馬英九一再強調大陸應該給予台灣一定的國際生存空間，但問題是怎麼給予什麼樣的生存空間？再者，馬英九反對「一國兩制」，而他強調的歐盟模式又內在地隱含了對等實體的命題。凡此種種，都將使大陸對台工作的理論和實務上遭遇難題。
文章呼籲，大陸應該創新對台工作的理論指引，因為大陸一直講「寄希望於台灣人民」，但台灣在「主體意識」強化之後，民意已經離北京的預期越來越遠，而隨著馬英九「新中間主義」大行其道，主張維持現狀的台灣民眾可能會越來越多。
對此，北京聯合大學台灣研究院院長徐博東表示，馬英九如果主政台灣，和民進黨的一個根本性差異是馬英九接受「一個中國」、「九二共識」，兩岸因此可以在這個基礎上坐上談判桌。他強調說，兩岸之間的任何問題都沒有這個問題重要。
但對於馬英九兩岸政策態度中隱藏的「人民決定論」，徐博東表示，如果馬英九表達出這種立場，那就偏離了他主張的「一個中國」。徐博東表示，大陸主張由「兩岸人民」來決定，而不是「台灣人民」，這種立場美國總統布希也是認同的，他說，馬英九應該認清這個事實。
