管軼站在科學之前，不留情面揭示禽流感病毒病源隱藏在中國大陸，並指摘內地有關部門監控和防疫能力不足，矛頭直指掌管禽畜的農業部。他的報告得到國際高度關注，但卻令他和農業部的關係十分緊張，農業部因為他披露青海湖的候鳥帶病毒，曾指摘他「泄露國家機密」，甚至要關閉他在內地的實驗室。
管軼曾表示，農業部「嘗試阻止我及我的研究」，農業部獸醫局長賈幼陵亦非首次批評管軼，曾指管軼於青海禽流感研究樣本受到污染。
管軼在《美國科學院院報》披露在南中國的家禽，帶有變種福建型病毒，擔心疫苗對新病毒無效，並造成全球流感大爆發危機。
討厭政治干涉科學
他早前接受本報訪問時透露，估計報告發表後，農業部一定會向他反擊。但說他：「我只是把真實的科學數據向公眾展示，真心為人類福祉謀幸福。」管軼手上尚有大量的數據未完成分析，他說，研究不會停止，仍會為遏止禽流感大爆發盡科學家的責任。
管軼很討厭政治干涉科學，曾批評世衛的官員耍政治把戲，沒有派出最適當的專家到各地對抗疫情。《時代》雜誌選他為「禽流感獵人」時，管軼說：「我做這些事，是為了全世界。第一次，人類有能力阻止一場大瘟疫，究竟我們可以拯救多少生命？」
力促屠宰果子狸遏止SARS
83 年在江西省醫學院畢業的管軼，至93年加入港大，96年與港大前任教授邵力殊研究中國地區豬流感。在97年本港爆發全球首宗H5N1後，他便專職禽流感研究。在03年SARS期間，管軼率先在深圳出售的果子狸、貉和獾身上，找到SARS病毒，找出播毒元兇，力促屠宰果子狸以遏止疫症。
管軼的研究文章多次獲國際權威學術雜誌《刺針》及《自然》刊登。
研究刊於權威期刊
刊出港大微生物學系教授管軼今次受爭議的研究的《美國國家科學院院報》屬於學術界權威，刊載的文章常被學者引用，根據反映學術期刊地位的ISI Essential Science Indicators，該刊載文章在94至04年間被學術界引用的次數排名第二，約134萬次，在《自然》及《科學》之上。
《院報》於1914年創刊，屬多學科期刊，專攻實驗研究，包括生物、物理、社會學科，當中以生物醫學為多。《院報》的主編是Randy Schekman，是加州柏克萊大學分子細胞生物學教授。
投稿程序方面，編輯委員會、美國科學院會員等人選出11名有關範疇的專家，投稿者須經當中部分人審閱評論，最後由編輯委員決定是否刊載。
港大實驗室地位受損
港大醫學院微生物學系自97香港爆發全球首宗禽流感後，一直鑽研禽流感病毒的特性和變種趨勢，該學系的實驗室更是目前世衛組織在全球指定的7個專責確認人類感染H5禽流感病毒個案參考實驗室的其中之一。是次國家農業部和衛生部高調批評港大微生物學系的研究理據和科學性和可信性，實驗室的國際聲譽及國家對其信任亦受影響。
中國代表陳馮富珍剛當選世衛組織總幹事，據了解，中國的醫學科研單位會否被推薦成為推行世衛工作的協作中心(Collaborating Centre)，除了世衛的邀請外，亦很視乎中央政府是否的批准，香港與中國雖然一國兩制，但在世衛的名單中乃隸屬中國之下，故香港的醫學科研單位能否獲批准成為世衛的協作中心，仍要中央支持。
有消息指，是次港大微生物學系的研究被國家農業部及衛生部高調反駁，狠批其不科學、無理據、不真實，一定程度削弱了國家對此實驗室的信任，「或者較難獲國家支持成為世衛協作中心」，其國際聲譽亦受一定影響。
至於此事會否影響內地跟港大「新發傳染性疾病國家重點實驗室」的合作，熟悉北京政情人士表示，「應該不會」，因為自SARS爆發後，無論是廣東省或中央衛生部與港大的合作都十分良好，而今次的回應主要是針對管軼。
