在如何開展這樣一場大規模的鎮壓反革命運動，保證運動健康發展問題上，中央和毛澤東都沒有提出過操作性很強的有效措施，仍然採用革命戰爭時期打仗的辦法、群眾運動的辦法來代替運用法律的辦法。中共中央在1949年初，就宣佈廢除"六法全書"，而此後又沒有制定新的法律加以替代，政務院稍後雖然出台了《懲治反革命條例》，但那都是些實體性的不易掌握的原則規定，沒有任何程序性的規定，所以大規模鎮壓反革命運動實際上處於無法可依的狀態，完全靠中央文件和最高領導人、主要是毛澤東的指示辦事。而毛澤東在具體領導鎮反運動上，仍然沿襲革命戰爭年代指揮戰爭的辦法，在捕、殺人問題上，下指標、定任務、定時間，主觀臆斷，急於求成，不斷地發出指示，要求某地、某時必須逮捕多少人、必須殺多少人。雖然"雙十指示"要求在鎮壓反革命運動中要"重證據而不輕信口供"，"判處死刑時，黨內必須經過省委、大市委、區黨委及受委託的地委批准"。但是在毛澤東指定的時間、任務、指標面前，這些規定都不可能執行，而捕人、殺人批准權限也被最高領導毛澤東給下放了。
下面讓我們來具體看看中央、主要是毛澤東是如何下命令指導鎮反的：
1951年1月17日，毛澤東在接到中南局轉來的駐紮在湘西27軍的鎮反報告，該報告說，在湘西21個縣，僅僅駐軍部隊就已經處決了匪首、惡霸、特務4600餘人，並準備由地方政府再殺一批。毛澤東批示道："這個處置是很必要的"，並強調"特別是那些土匪猖獗，惡霸甚多，特務集中的地方，要大殺幾批"，要求"各地務必抓緊照此辦理"。1月22日，毛澤東電告華南分局、廣東省委負責人說："你們已殺了3700多，這很好，再殺3、4千人"，"今年可以殺8、9千人為目標"。1月29日，公安部對中南軍政委員會報告說湖北省已經逮捕19823人，其中在省級機關內部逮捕了160人。公安部在報告上批註："如此內外不分地實施逮捕，容易引起廣大幹部恐慌和思想波動"。毛澤東看了以後，批評公安部："湖北做得很好，不要去潑冷水"。2月5日，中央西北局報告說：兩個月已經逮捕5000多人，殺了500多人，雖然總體看殺得不狠，處理緩慢；但是執行鎮反計劃一定要求穩，批准殺人一律在省上（這是"雙十"指示的要求—筆者）。毛澤東看後批示道："對判死刑者，輕則經專署批准執行即可"。上行下效。很多地方把殺人批准權由專署一級進一步下放到縣一級。
鎮壓反革命運動中對判處死刑的人，不是根據犯罪分子的罪行來定罪量刑，確定該不該殺，而是根據人口比例，要求某地、某市必須殺多少人，這是最大的荒謬之處。毛澤東最初要求，殺人比例要達到當地人口總數千分之零點五，嚴重的地方，要達到當地人口總數千分之一；以後他又說個別地方可以突破，但不超過千分之一點五，最多不要超過千分之二。
1951年2月中旬，毛澤東直接電告上海、南京兩市委負責人說："上海是一個600萬人口的大城市，按照上海已捕2萬餘人僅殺200餘人的情況，我認為1951年一年之內至少應當殺掉罪惡大的匪首、慣匪、惡霸、特務及（道）會門頭子3000人左右。而在上半年至少要殺掉1500人左右。這個數字是否妥當，請你們加以斟酌。南京方面，據2月3日柯慶施同志給饒漱石同志的電報，已殺72人，擬再殺1500人，這個數目太少。南京是一個50萬人口的大城市，國民黨的首都，應殺的反動分子似不止2000餘人"，"南京殺人太少，應在南京多殺"！
1951年2月2日，政務院出台了《懲治反革命條例》，毛澤東立即指示北京、天津、青島、上海、南京、廣州、武漢、重慶及各省會城市，說這些地方"是反革命組織的重要巢穴，必須有計劃地佈置偵察和逮捕。在幾個月內，大殺幾批罪大有據的反革命分子"。
1951年2月17日，北京市在羅瑞卿的直接領導、指揮下，一夜之間逮捕675人，第二天（2月18日）公開槍決58人；3月7日夜又逮捕1050人，25日公開槍決199人。毛澤東充分肯定北京的做法。為貫徹毛澤東的指示，3月初天津市委上報說在已經處決了150人的基礎上，擬再處決1500人。毛澤東說："我希望上海、南京、青島、廣州、武漢及其他大城市、中等城市，都有一個幾個月至今年年底的切實的鎮反計劃。人民說，殺反革命比下一場透雨還痛快。我希望各大城市、中等城市，都能大殺幾批反革命。"
上海市委根據毛澤東"大殺幾批反革命"的一再督促、指示，向中央報告說："上海決心在已經逮捕了1068人、處死100多人的基礎上，再放手逮捕10000人，殺3000人，關4000人，管（制）3000人。"毛澤東對上海市委糾正在捕、殺人問題上謹小慎微的態度，準備大捕、大殺的計劃，給予充分肯定。他立即致電上海市委："如果你們能逮捕萬餘，殺掉三千，將對各地城市的鎮反工作發生很大的推動作用。你們注意在逮捕後迅速審訊，大約在半個月內就應該殺掉第一批，然後每隔若干天判處一批。"於是，上海市委在4月27日一天逮捕8359人，僅隔3天，4月30日一天就處決285人，5月9日再處決28人。"決議"發佈後，由於慣性作用，上海大規模捕人、殺人沒有能立即停止下來，6月15日一天又處決了284人，以後每隔幾天就槍斃一批人，少則幾十名，多則一百四五十名。
