高耀潔與政府的矛盾，主要是在對中國愛滋病傳播途徑的看法上有很大分歧。她認為輸血是愛滋病在中國感染和蔓延的主因，而政府則認為性傳播和毒品是主因，"原因是有人想推卸政府在血站管理上的嚴重失職"。
她反覆強調，不要說瞎話；不要做假事；不要做假貨。有人跟中國國務院副總理吳儀說，中國愛滋病傳播的主要途徑是吸毒傳播和性傳播。高耀潔認為這是蓄意掩蓋血傳播的事實，她直截了當跟吳儀說："他們在騙你。"
高耀潔收集大量第一手資料，揭露愛滋病在中國主要透過血液傳播快速蔓延的嚴峻事實。
她曾披露說中國的愛滋病90%都跟有償獻血和輸血有關，起因在於河南省在九○年代大搞"血漿經濟"，透過鼓勵農民賣血的方式來致富，結果採集血液失控，獻血者交叉傳染，很大比例的人感染了愛滋病。這些攜帶愛滋病毒的髒血又經由輸血方式感染更多的人，從而使愛滋病在全國多個省分迅速蔓延。河南省政府成了這場災難的始作俑者。
"誤入歧途"要留清白在人間
她長達11年被河南地方當局打壓排擠，她說自己搞愛滋防治，不是因為她多麼勇敢，而是"誤入歧途"。"我是不小心陷進去的，看見死的人太多，就再也拔不出來了。"
她又說："我不知道這麼複雜，這麼多黑幕。我感到悲觀，許多人還在說假話，這是中華民族的悲哀、國家的災難。我是醫生，不能說假話。要留清白在人間，因為人的生命只有一次。"
自2001年第一次獲得國際大獎以來，她成了"獲獎專業戶"，獎金和榮譽紛至沓來。11年來，她用於防愛滋宣傳上費用，至少100萬人民幣，包括她先後三次得獎的8萬美元獎金、幾本書的稿費及大部分退休金，國內一家電視台給的5.7萬元，還有"華語傳媒圖書獎"等獎金。"這些獎金，我自己一分錢沒花，花了會覺得罪過。渴了連礦泉水都沒捨得買一瓶，全部投在了防愛滋宣傳和防治上。"
她曾救助164名愛滋孤兒，免費贈送24萬冊愛滋病防治宣傳資料；冒着被抓被打的危險，一次又一次的來到河南愛滋村，給村民們送藥送錢送食物（鄉政府曾發告示，誰舉報高耀潔來訪，誰就可得到500元的獎勵，但她從來沒被舉報過）；她曾邁着蹣跚的步子，用自行車拉着免費送人的書籍，一次又一次的到郵局寄發；她曾把近萬名讀者的來信匯編成書《一萬封信》，讓全世界聽到中國這些最弱者發出的聲音……。
由於她的傑出貢獻，2001年她榮獲聯合國全球健康理事會頒發的"喬納森??曼恩世界健康與人權獎"，2002年被美國《時代周刊》評為"亞洲英雄"；2003年獲得有"亞洲諾貝爾獎"之稱的"拉蒙??麥格塞塞"公共服務獎。這幾次獲獎，高耀潔都被河南當局利用各種藉口阻攔，無法親自前往領獎。
高耀潔澄清，有媒體報導她這次來美接受"生命之音"頒獎，獎金兩萬美元，與事實不符，這只是一個榮譽獎。
2003年，在領取"拉蒙??麥格塞塞"公共服務獎的5萬美元獎金後，高耀潔拿出一部分錢，請了15個高校學生和志願者，與他們"簽了生死合同，到死都不能說出他們的名字"。
她安排他們分別去了貴州、雲南、四川、廣西等省分的十多個地市，調查了各地因賣血、輸血感染愛滋病的情況，調查最後集中到她手中，結果印證了她以前的猜測。
高耀潔對中國未來防愛滋工作的前景感到悲觀。她說："我巴不得早點死掉，我太累了。"疾病纏身固然影響她的心境，最重要的是形形色色的騙子使她憤怒焦慮，那些"吃愛滋飯、發愛滋財的騙子"，是她最大的心理創傷，她是"心累"。
