朱令父母於2024年4月15日向最高人民檢察院遞交了《偵查監督申請》，請求「對朱令被投毒一案偵查過程中有關部門的違法行為進行監督，對其提出糾正意見或者檢察建議並督促其對該案繼續偵查」
在朱阿姨提交的《偵查監督申請》中提出，有關部門的偵查行為中存在一些違法之處：
第一、「結辦」案件違法
第二、沒有認定犯罪嫌疑人與事實不符
第三、解除對孫某的出國限制並為其變更身份信息違法
第四、以缺少「直接證據」為由不作為，於法無據
2024年10月29日，北京市人民檢察院副檢察長等4人面見朱令父母，當面答覆朱明新偵查監督申請主要內容如下：
1.經過查閱案卷材料，並沒有發現偵查機關在偵查過程中存在違法行為，之所以有領導批示，是因為案件影響大；
2.本案沒有撤銷案件，「結辦」案件並非刑事訴訟法中的程序，實際上是無法偵破而掛案；
3.孫維曾經被認定為犯罪嫌人，沒有解除其犯罪嫌疑人的手續；
4.偵查機關有解除其出境限制的手續，依據是兩高兩部的有關規定；
5.對於孫維改名孫釋顏和出生日期，偵查機關是知道的，但是否符合戶籍管理的有關規定，不在檢察院偵查監督的範圍；
6.檢察機關認為將孫維作為犯罪嫌疑人移送審查起訴需要證據確實充分，現有證據不能達到這一標準；
7.清華毒物管理不嚴導致其他人也可能獲取鉈鹽、朱令還在校內有其他活動地點、除了同宿舍人員還有其他人員也可能進入其宿舍等事實，都不能排除其他人投毒的可能；
8.賀敏博士的實驗證明朱令94年8月開始中毒，但現有證據只能證明孫維94年11月開始接觸鉈鹽，所以該證據不能推動案件；
9.案件是北京市人民檢察院受理，今天當面答覆並沒有書面答覆，符合《人民檢察院辦理群眾來信工作規定》，家屬要求的話可以出具書面答覆。
朱令父母當場回復如下：
1.其他刑事案件並不需要領導批示也沒有「結辦」手續，本案明顯受到權力干預，領導批示「結辦」案件導致案件無法進一步開展；
2.孫維被認定為嫌疑人，如果沒有解除其嫌疑人身份的法律手續，按照《中華人民共和國出境入境管理法》的規定，不得允許其出境；
3.孫維作為犯罪嫌疑人，其更改姓名和出生日期將對案件偵查帶來困難，有可能導致其逃避偵查，偵查機關明知仍允許，是瀆職行為；
4.雖然批准孫維更改姓名和出生日期屬於行政管理行為，但是檢察機關是法律監督機關，也應就此事進行調查並就發現的違法行為轉交有權機關處理；
5.儘管從每個因素看存在其他可能性，但是將所有作案必要的因素綜合起來看，只存在一種合理的結論，就是孫維是唯一的嫌疑人，並不存在其他的合理懷疑，這已經達到了移送起訴的要求。
6.94年8月雖然是暑假，但清華有小學期，朱令還是在校內中毒，而且也不能排除孫維盜取實驗室鉈鹽的可能。
7.要求書面答覆。
（資料照片）
2024年11月8日，朱令父母在網絡公佈《偵查監督申請》全文，發佈幾小時後被文章被依法下架。
2024年11月11日，朱令父母收到書面答覆如下：
北京市人民檢察院群眾來信回復函
朱明新：
您好！2024年4月28日，最高人民檢察院將您的偵查監督申請交由北京市人民檢察院辦理。北京市人民檢察院高度重視，依法調取「朱令令鉈中毒案件」偵查卷宗、詢問相關人員、走訪相關單位，全面開展監督審查工作。經審查，1994年12月、1995年3月，朱令令先後兩次因突發富騰、眩暈等症狀入住北京同仁醫院、北京協和醫院治療。1995年5月2日，確診為鉈中毒。同年5月5日，公安機關接到報案，立即成立專案組開展偵查，採去了當時條件下的各種形式偵查措施。審查中，未發現公安機關存在偵查違法情形。
當時，有人聲稱孫女士有接觸鉈鹽的路徑，但她曾經發帖澄清自己並不是唯一一位能接觸這種有毒物質的學生。朱令的家人和支持者一直暗示孫維可能因為嫉妒朱令的美貌、音樂和學術成就而有犯罪動機。孫女士則否認她曾對朱令有任何敵意。
在2013年，有一份數萬人簽署的請願書要求美國調查當時在美居住的孫維，並將她遣送出境回中國受審。請願書中指稱孫維的家族在中國擁有強大的政治網絡，又稱孫女士「有犯罪動機並能夠接觸致命的化學物質。」
當時白宮回應了這份請願書，表示拒絕對請求置評，但稱朱令的中毒事件「是一場悲劇」。2013年，北京市公安局為當時調查辯護，表示有限的證據限制了重啟案件的能力。
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