有武弁凌辱韓人，公執，將戮之。吳公親造公室，乞貸一死，坐久不去。公故以案上圖書請吳公閱，潛出斬之，入而請罪。吳公大笑曰：執法固應若是。吳公戚屬有在軍者，吳公常戒以汝勿犯法，袁某不汝恕也。有營役入民家食鴉片者，公執而誅之。諸役糾五百餘人，咸稱有癮罷工，請資遺內渡，將見公，公戒衛卒多備刀索，至則縛而誅之，諸役旋散去。吳公聞之謂公曰：果能盡殺之乎？公曰惟田橫之徒能同死，烏可律諸役，示怯必來，示威必散，果來擬盡縛之，按名訊問，認癮者立誅，不認者釋之，不過戮一二人，余皆不必認矣。吳公嘆服曰：真應變良材也。」
從這幾段敘述，可以看出袁治軍的嚴厲，雖然過於張狂跋扈，可是對於散漫的清軍卻是應該的。
清軍在朝鮮平亂後，吳長慶即奉命留駐朝鮮，成立駐守朝鮮的清軍司令部。在這個司令部里，吳長慶是最高統帥。他有文武兩大幕僚，武的就是袁世凱，這時袁的年紀不過24歲，可是吳長慶所有的軍事事務莫不由袁作主，等於是今天的參謀長地位；文的事務則由南通狀元張謇（季直）作主，等於今天的秘書長地位。
朝鮮壬午之亂後，朝鮮王李熙懲前毖後，立意維新。這時朝鮮的一切，全隸屬於清朝北洋大臣，李熙獲得北洋大臣李鴻章的同意，聘請德人穆麟德為總稅務司，聘請清朝的中書馬建常為外交顧問，同時擬請袁世凱為軍事顧問，負責整軍練兵。這時清軍在韓並不駐紮在京城，而是紮營下都監，李熙乃親自到清營拜訪吳長慶，求偕袁世凱。吳不答應，韓王再三懇求，最後吳長慶只答應袁替朝鮮兼練新軍。自此袁世凱不僅是駐韓清軍的參謀長，同時還負責朝鮮新軍的編練工作。
袁接受了朝鮮國王李熙的要求後，於是按照清軍的規格草訂製度，編選壯丁，又鑑於王室地位的孱弱，所以先建立國王的親衛軍，其次則組織鎮撫軍，以加強政府的地位。李熙對於袁世凱的一切施為極感滿意，他敦請袁移居朝鮮的三軍府居住，以便就近指揮和督練韓軍。
壬午之亂，李熙的寵妃閔氏逃匿族人閔應植家，當時大家都以為閔妃已死，宮內並為閔妃發喪，後來亂平後閔妃才出來，韓王親往迎迓，並宣告全國廢除以前的喪告。閔妃是個險鷙弄權的女人，她美貌多才，李熙很怕她，也信任她。為了閔妃，李熙甘願和自己的親生父親反目，也正因此才鬧出壬午事變的大亂子，李熙父親大院君被清軍送至保定拘禁，可是李熙依然把一切大權都交付給閔妃，於是閔妃再度專政。
閔妃專政後，她的哥哥閔詠駿便擔任首相，一切大權都落在閔妃兄弟手中。
清朝被迫在朝鮮抵抗日本的壓迫時，同時也在越南抵抗法國人的進攻。朝鮮和越南都是中國的藩屬，可是大清帝國逐漸無力維護它的宗主權了，越南的中法軍隊已兵戎相見了兩三年。因此，當光緒十年（1884年），中國和法國在越南爭鬥已達巔峰時，清朝不得不作緊急的應變準備，集中能夠作戰的軍隊以及能夠作戰的老將，於是駐韓軍統帥吳長慶便由朝鮮召回，用以擔任防守遼東的重任，朝鮮的軍務分別交給三個將領負責，由袁世凱接統「慶字營」，其餘二將是提督吳兆有和總兵張光前。
在這期間，日本在朝鮮得寸進尺，拼命培植親日武裝力量，替朝鮮訓練一部分新軍，於是朝鮮便分為兩大力量：一部分是原來親日的閔妃和她家族，這時卻和袁世凱極接近，變成了朝鮮內部的親清派；一部分是「開化黨」，以洪英植，朴泳孝等為首的親日派；還有一小部分親俄，以韓圭稷、李祖淵、趙定熙為首。
光緒十年（1884年）十月十五日洪英植、朴泳孝等發動政變，擬先將清軍高級將領一網打盡，借朝鮮郵政總局落成典禮，假郵政局設筵宴請袁吳張三將，打算即席撲殺。吳張洞悉其情不欲前往，袁則里甲懷械先一小時赴席。稍進酒饌即告辭，牽朴泳孝手至門前，從容返營，使這一個暗殺行動胎死腹中；十七日洪、朴等又設筵邀閔妃侄閔詠翊，英美德日各國公使及中國商務委員道員陳樹棠、稅司穆麟德晚宴，日使不赴席，留日學生縱火併刀擊閔詠翊，賓主嘩散。閔詠翊避至穆麟德家中，袁世凱率兵二百前往彈壓。到穆麟德門前，見到一個中國青年持槍守門，意氣凜然，袁勒兵後退，兩人互道姓名，才知這位青年是唐紹儀。唐字少川，廣東中山縣人，美國耶魯大學畢業，由清廷派為稅務幫辦，這是袁唐訂交之始，兩人都惺惺相惜。袁入，見閔詠翊受傷頗重，具言是親日的開化黨所為，請袁速往救國王。
開化黨既發動政變，洪英植等入宮脅王移居別宮，並請日兵入宮護衛。國王、閔妃等被禁閉於景祜宮，老臣閔台鎬、趙寧夏、閔詠穆等悉遭殺害，親日派大權在握。這時袁世凱主張勒兵勤王，吳兆有主張先請示北洋大臣，袁認為緩不濟急，乃分兵進援。袁為中路，吳張分左右翼，從王宮敦化門入，日兵曾據王宮狙擊，終被袁兵攻入。這時洪、朴等劫韓王逃北門關帝廟，袁遣茅延年迎王入清營。洪英植等再三阻止，吳張二將亦趕至，韓王遂被清軍迎入下都監清國兵營。袁往謁，王泣訴洪、朴等逼其更衣赴日本，恰遇清軍攻入王宮始獲免，但仍為洪、朴等劫掠，若非清兵來救，真不知下落何方。一邊說一邊流淚，情辭哀切。日使知事已敗露，乃自焚使館，率兵出小西門前往仁川。親日派斷髮變服，逃往日本。
由於韓王在清營中，袁世凱遂代主持內政、外交、軍事，後來韓王回宮，亦邀請袁入宮護衛，居住偏殿，和國王僅隔一牆，朝夕晤對。這時袁只是一個26歲的青年。韓大臣每日必會袁議事，聽其指揮。不久傳說日軍大集仁川，袁乃和吳兆有、張光前商議，分兵扼守漢江和護衛王宮。
在這個回合中，清朝和日本在朝鮮的競爭，由於袁世凱的果決，而佔了上風。
日本對朝鮮是處心積慮已久，而清朝對朝鮮的政策則是搖擺不定，所以袁世凱雖在甲申事變中佔了上風，但並不能徹底解決問題。國際問題要講力量，當日本在朝鮮屈居下風以後，它便積極佈置，陸續增兵，同時向清朝政府提出抗議，指責袁世凱妄啟釁端，應負甲申事件的責任。在這時候，清廷因中法爭端尚未解決，不擬和日本再生麻煩，且以袁世凱官卑職小，此次在朝鮮鬧出的事情，事先並未稟報朝廷，所以對袁並不太諒解，日本政府向清廷提出抗議後，清廷乃派吳大澄、續昌為特使到朝鮮來調查。吳大澄認為袁輕啟釁端，所以還沒有啟程就打算把責任完全諉諸袁世凱，並向日本謝罪。
