儲安平的兒子，旅居澳大利亞的鋼琴家儲望華，在《父親，你在哪裏？》一文中說："父親失蹤是在1966年9月上旬，那已是8月31日（與作家老舍投太平湖是同一天）在京西青龍橋邊潮白河自殺未遂後一個多星期。當時他從關押他的'九三學社'後院小屋，回家看到家裏已是第二次被'紅衛兵'抄家。居室、客廳均被洗劫掠奪一空，除了滿地的碎紙亂片外，已一無所有。面對這般情景，父親的心便整個地絕望了。於是他踽踽離開家中，走了出去。到了九月中旬的一天，我接到當時主管'九三學社'中央機關日常事務的梁某女士打來的電話，她問我：'你父親有沒有到你那裏去？你知道不知道他在哪裏？'我說：'父親不是被你們押管着嗎？'到了9月20日，統戰部下達命令：一定要在10月1日'國慶'之前找到儲安平！於是九三學社派了一名幹部，並要求我和我二哥協助，我們騎着自行車在北京的東、西城不少街巷轉了好幾天，查訪了過去與父親曾有來往的朋友們，毫無結果。
據儲望華回憶，到了1966年秋天，他們尋找父親的失蹤仍然毫無結果。兩年之後，又有人來調查儲安平的下落，對於這種調查，儲安平的家人已完全沒有信心了。儲望華說："事實上，這是一個'生死之謎'，如果'活'着，為什麼兩年來沒有任何活動跡象。如果已'死'，死亡的時間、地點、方式，又如何得以確證。"儲望華記得，早在60年代初，儲安平曾和他說起過"想要自殺"的想法。
1982年6月，在儲望華準備出國時，單位的一位原領導才匆匆拿來一份文檔，告訴他："剛剛接到統戰部來函，對你父親正式做出'死亡結論'。
儲安平走了，他給中國留下一個謎。儲安平是生是死？生在何處，死於何方？人們眾說紛紜，莫衷一是。有人說他跳河自殺，有人說他蹈海自盡，有人說他被毒打致死；有人說他赴深山出家，有人說他逃往蘇聯，有人說他隱居美國。
第一種可能的結局，自殺。證據來自章伯鈞親見字條。儲安平的"牧友"李如蒼送給章伯鈞一個小紙條，鋼筆書寫，內容是：如蒼兄，我走了。儲。
第二種可能的結局，被虐殺。證據來自儲安平的女友"四妹"。她原是北京一所小學的教師，因為歷史問題在一家工廠當會計，與儲安平同病相憐，暗暗相愛。一次，她鼓着勇氣冒險探看儲安平，看到他被一夥紅衛兵和造反派殘酷毒打，奄奄一息，架拖而去，從此沒有回來。證據見1999年《書屋》雜誌第2期，作者余開偉，似乎看不出什麼破綻。
還有一個可能的結局，出自章詒和的《往事並非如煙》。文中這樣寫道——
20世紀80年代初，吳祖光訪美歸來後，興奮地對章伯鈞的女兒章詒和說："有個老作家在美國某個小城鎮的街道散步，忽見一人酷似儲安平，即緊隨其後。那人見有跟蹤者，便快步疾行。老作家生怕錯過良機，便連呼：儲先生。聲音也越來越高。那人聽後，竟飛奔起來，很快地消失了。依我看，儲安平可能還活着，在美國。"
（個人以為這是天方夜譚）……
2015年5月18日，儲安平衣冠冢在江蘇宜興落成，兒子儲望華回國參加了父親衣冠冢落成儀式。
