由於中共病毒疫情再度爆發，深圳鹽田港出現擁堵。據全球最大航運公司馬士基集團公告，船舶在鹽田港延誤時間延長至7~8天。鹽田港是中國大陸華南最重要的貨櫃港，2020年，其貨櫃吞吐量達到1,334.85萬個標準箱，年比增長2.1%。
5月21日，深圳鹽田港國際貨輪的登輪作業人員中，發現一例中共病毒無症狀感染者，之後透過普篩又發現多名在鹽田港西作業區工作人員受到感染。
據《財新網》報導，發現中共病毒感染病例之後，鹽田港關閉了西區部分碼頭，並暫停貨櫃出口，導致貨物積壓超過兩萬箱。
5月31日，鹽田港恢復接收出口貨櫃，但只限三天內離港的貨物。由於港口防疫等要求增加，鹽田港目前處理能力只有平時的七分之一。
財新網表示，鹽田港塞港導致航運公司不得不轉移船舶至周邊港口，馬士基已調轉十艘船舶至深圳蛇口港、廣州南沙港區，這也導致周邊港口貨運量大增。但目前蛇口港也開始執行與鹽田港類似規定，6月1日起只接收五日內離港的出口貨櫃。
全球最大航運公司馬士基集團5月31日晚公告，鹽田港防疫措施變嚴，碼頭堆場密度持續升高，西區作業仍未恢復，東區生產效率僅為正常水平的30%，預計未來一周碼頭將繼續擁擠，船舶延誤時間延長至7~8天。
馬士基還提示，進入鹽田港運輸集裝箱的卡車服務也受到碼頭周圍交通擁堵的影響，預計空車至少延遲8小時。
據《一財網》6月3日報導，由於港口擁堵，某國際物流公司職員曾輝表示，現在基本是有單來也不敢接，着急的客戶我們只能走其他路線，但是運費直接翻倍。
曾輝說，「這兩天有個客戶去歐洲的一批貨物很着急，但多個港口都沒法及時發貨，於是幫她從海運轉為陸運，通過鐵路發貨了。」
曾輝表示，如果該客戶走海運的話，運費大概需要1萬美元，而改為陸路後，運費則提高到約2.5萬美元。
深圳捷能國際物流有限公司（捷能物流）商務負責人許怡表示，「從5月31日開始預約還櫃，我們就開始預約、排隊，但現在的效率不及之前的三分之一，一天能還2個重櫃都算好的，現在倉庫還是爆倉的狀態，大概還有二十多個重櫃等待轉移過去。」
另一位國際物流人士則說，「由於鹽田港疫情影響，5月27日我們深圳13000平方米的總倉已經爆倉了。而所有國內外等待靠岸的貨輪，全部在碼頭附近的海域排隊隔離，等待檢查安全後才能進入碼頭。」
一財網報導，此輪鹽田港疫情促使深圳各港口運力更加緊張、運價上漲。
