蔣中正在上海清共成功後，發佈了通緝南京事件禍首第2、第6軍政治部主任李富春和林祖涵(林伯渠)的通緝令。
江右軍首領程潛和張輝瓚在南京事件發生後次日發出的報告中稱，搶劫風潮是殘留城內的「逆軍餘孽」和「地方流氓」在「反動分子的煽動」下乾的，蔣介石抵達上海後也宣稱南京事件禍首是直魯軍宣傳隊的何海鳴等人「喬裝南軍」所為。
但是，南京事件的排外和搶劫風潮發生在江右軍全面佔領並控制南京之後，持續時間之久、規模之大，如果全系潰敗的直魯軍所為，是不可能的。遭到搶劫的外僑也指出，搶劫者是身穿國民革命軍制服、講湖南、廣東、江西等地方言的軍人。英、美、日領事的報告也分別以大量事例證明搶劫領事館的是江右軍士兵和下級軍官。[9]
此外，在搶劫過程中，江右軍長官和政工幹部曾趕到日本領事館和美孚油行，命令和勸告搶劫者離去，從他們採取的制止方式判斷，搶劫者屬於友軍或本軍，而不是「逆軍」。程潛在報告中也承認「此次克復南京，不圖有反動分子，勾結地方流痞及逆軍潰兵，並煽動少數不肖士兵，有掠奪危害外僑生命財產之事」，承認有江右軍的「不肖士兵」參加了搶劫。中國記者事後調查報告也稱江右軍士兵是肇事禍首，《國聞周報》第4卷第22期《轟傳世界之南京案調查紀實》中稱，「有湖南口音兵手舞槍支大聲言『有要發洋財者統隨我去搶』，於是車夫流氓等，千百成群，附之而入外人之教堂學校醫院者」。此外，江右軍一些部隊，如第40軍賀耀組部，在1927年1月收回九江英租界時，就已有搶劫外僑的先例。
蔣介石得知南京事件的消息後，下令追查搶劫者的責任。3月25日下午2時，程潛攜第6軍第17師師長楊傑會見前來交涉的日本第24驅逐艦隊指揮官時，指責共產黨是煽動南京事件的幕後主使。第40軍軍長賀耀組也派人到日本領事館，通報江右軍各部的標誌。
日本外務大臣幣原喜重郎認為中國共產黨設計南京事件，目的在吸引列強介入北伐來打擊蔣中正，若蔣中正對列強妥協、道歉，親共勢力就可借題發揮整肅國民黨右派;若不妥協，更能讓蔣中正嫡系部隊與列強兵戎相見，達成消滅蔣中正的目的[10]。對於南京政府所說的此事是中共煽動的說法，美國方面有人認可，有人不以為然[11]。對蔣中正而言，打倒中國軍閥才是北伐宗旨，不可能無端策動南京事件與英國為敵。
善後處理
1928年2月，黃郛出任國民政府外交部長，開始和英美協商「寧案」善後。英國因此時中國局勢並不明朗，不急於善後，而美國則態度積極。
南京政府首先答應美方提出的「懲凶」和「保障美人在華安全」的要求，並在3月26日，下令處決寧案「肇事士兵及流氓」33人。關於賠償一事，美方索賠甚巨。因英美炮擊也造成了中方百姓的重大傷亡和財產損失，南京政府希望美國能表示些許歉意做做樣子，但美方態度強硬，只同意為考慮南京政府面子，不把賠償寫入任何正式文件，秘密進行。3月底，中美「寧案」交涉結束。4月4日，南京、華盛頓同時發表《寧案中美協定》全文。由於美方在交涉中沒有讓步，美國國內認為此事是外交上的一項勝利，而中國國內輿論則對此表示了普遍的不滿。
之後，英、法、意紛紛效仿美方的「接受國民政府道歉和賠償」和「開炮系正當防衛」的立場。8月，中英達成善後。
而日本由於若槻禮次郎首相堅持「不干涉中國內戰、支持蔣介石統一運動」的政策，也就沒有追究責任。但隔年發生的濟南事件令情況趨於複雜，於是「寧案」的善後又和「濟案」的交涉連在一起，遲至29年5月才了結。
「寧案」善後中，國民政府付出了大筆賠款，本身並無績效可言，但這確是在國民政府建立之際打破外交孤立的一次努力。通過妥協，換來了列強的承認，實現了南京國民政府和歐美列強邦交正常化。
1呂芳上，北伐時期英國增兵上海對華外交的演變，中央研究院近代史研究所集刊，27期
2 Keiji Furaya, Chiang Kai-Shek His Life and Times, translated by Chun-Ming Chang,(St.John’s Universtity1981)p.189
3郭廷以，俄帝侵略中國簡史，1985年6月，文海出版社，第65頁
4《矢田致幣原函》、1927年4月5日，《日本外務省檔案》(縮微)PVM26;Foreign Relations of the United States,1927, VO.III.P.153.
5郭廷以，中華民國史事日誌，台北，中央研究院近代史研究所，1985年
6《昭和二年三月二十四日南京事件南軍暴行情況》，《日本外務省檔案》(縮微)PVM26。
7有關南京事件里中方人員死傷人數統計，見《南京市總工會關於南京事件的調查報告》，1927年4月，南京市檔案館藏;《申報》，1924年4月7日;《革命文獻》第14輯，羅家倫着，606-607頁、612-615頁。
8日本外務省，日本外交文書，昭和2年，第一部第一卷，第527頁
9美國國務院檔案，U.S. Dept of State: Records of Depaitment of states Reatling to Internal Affairs of China,1919-1929. M.329; H.G.Woodhead: the China Yearbook,1928, pp723-726.
10衛藤瀋吉，衛藤瀋吉著作集，第3卷，東方書店
11費正清.劍橋中華民國史.
