中國新型冠狀病毒肺炎（下稱武漢肺炎）疫情嚴峻，也影響當局「兩會」（人大和政協會議）這項重要政治議程。每年3月的中共兩會，今年是否能如期開會?有消息指，中共最高層習近平與李克強兩派常委為此發生激辯，未有最終結論。
中央社1月29日報導，每年年初，中國大陸各地都會舉行一年一度的省級地方兩會。而在新型冠狀病毒肺炎疫情全面爆發前，主要省份地方兩會均已陸續開完，因此許多中國民眾質疑，湖北省和武漢市隱匿疫情，是為了會議期間穩定？
1月26日，中共武漢市民族宗教事務委員會前主任王獻良，因感染新型冠狀病毒肺炎病亡。目前不清楚王獻良是否參加了地方兩會。1月28日，湖北原黃石市市長楊曉波也因「重症肺炎」去世。據稱楊是在參加湖北省兩會期間被傳染，確診兩天後即病亡。消息引發疫情已經在政府官員中傳播的猜測。
疏理報導發現，從12月8日確診第一例「武漢肺炎」，到1月23日武漢封城。超過一個月時間的關鍵轉折點是1月20日習近平作出指示，之後是病例激增，各地陸續啟動重大突發公共衛生事件一級響應，封城、進入所謂戰時狀態。但病毒已隨人流蔓延全國和全球多個國家和地區。
政論作家，時局分析人士陳破空認為，疫情隱瞞是從上而下的，在中國，實際上是中央政府直接壟斷信息。
綜合陸媒報導，未開省級兩會的雲南、四川省先後於本月27、28日宣佈延後原訂2月初舉行的兩會，具體召開時間另行通知。山東濟南、青島、濱州，河南鄭州、平頂山、安陽，安徽合肥，浙江舟山，陝西銅川、商洛等地級市，也都陸續延後兩會時間。黑龍江綏化市也宣佈目前沒召開兩會的縣（市、區），延後到2月8日之後召開。
中央社稱，中共第13屆全國人民代表大會第3次會議和政協第13屆全國委員會第3次會議，原來預計於3月5日和3月3日在北京開幕，目前官方尚未宣佈會否延後。
而據《蘋果日報》披露，傳武漢肺炎疫情之下3月是否還開兩會，引發中共高層權鬥。
報導引用美國中文媒體的消息稱，在25日的政治局常委緊急會議中，除了決定武漢封城之外，常委們還有討論對疫情擴散的看法，及是否如期在3月3日和5日，召開全國政協和全國人大會議。
該議題引發常委分成兩派，以習近平為主的習派常委認為應如期舉行，目的是要對外表現所謂太平盛世，「鼓舞」及「穩定」人心；但以李克強為主的其他常委卻認為武漢肺炎是「國難」，將會影響大陸經濟數字，政府工作報告亦需修正，建議延期召開。據報，兩派常委激烈爭辯，未有最終結論。
該次會議宣佈為對疫情危機，特別成立「中共中央應對新型冠狀病毒感染肺炎疫情工作領導小組」，該小組組長不是總書記、國家主席習近平，而是國務院總理李克強，外界有揣測指或是習近平有意卸責。
27日，武漢新型冠狀病毒肺炎出現1個多月，剛兼任國務院總理、中央應對新型冠狀病毒感染肺炎疫情工作領導小組組長的李克強，親自抵達抗疫一線武漢考察抗疫工作。李強調說是受「習近平總書記委託」。
不過，習28日會見世衛總幹事譚德塞時稱「對於這一次的疫情防控工作，我一直是在親自指揮、親自部署」，被指有為退居二線「闢謠」之意。但習的這句話後被官媒新華社刪除。
德國之聲援引曾任德國駐中國大使史丹澤的話表示，武漢肺炎對中共領導人是一大威脅，這是習近平統治權威首度受到質疑。
香港著名時事評論員蕭若元認為，今次疫情嚴重程度，堪比史上最大核爆切爾諾貝爾事故，或導致全國上百萬人死亡。中共政治局最近會議，已知道疫情或挑戰到中共權威，走到亡黨的階段，目前重點是保住11個城市包括香港等，未來兩三天疫情最關鍵，呼籲民眾自救。
而在疫情爆發之際，中央政法委書記郭聲琨1月17日在中央政法工作會議上傳達習近平指示：2020年中共政法委工作要將「維護國家政治安全」放在第一位。外界認為，似乎中南海暗示今年中共政權有大患。
習近平1月20日對武漢肺炎疫情做出指示，也要求遏制疫情蔓延卻不忘強調要「堅決維護社會大局穩定」。不少分析都認為，中共高層在這次抗疫行動中極之混亂，而且確有具政治考慮。
武漢市長周先旺1月27日在接受央視訪問時，針對外界批評武漢疫情信息隱瞞，周先旺透露一個敏感的細節：隱匿疫情是因「中央不授權」。
政論家伍凡認為，這次疫情至少在三個層面影響深遠，特別是中共的封城行動，不但引發中國社會將大動盪，而武漢市長「帶頭抗命」習近平，說明中共黨內也會大動盪。
資深政經評論家林保華則認為，武漢肺炎病例高速增加，各地方政府以不同方式抗疫，令中央極權面臨崩解。
