周恩來在文革期間保護了中共黨內外的一些人，不過他是看毛澤東的臉色行事。他親自簽字批准抓了不少人，對文革中不少大的案件都逃脫不了干係，有的更負有重大責任。
周恩來絕不會出來對什麼人都保。在保什麼人的問題上，周煞費苦心，權衡掂量政治上的各種利害關係，除了要力爭毛的支持外，還必須同時兼顧林彪和江青兩方面的態度，儘可能地在毛、林、江三者往往各不相同的態度中，找出一個不得罪任何一方的立腳點來做這件事。周恩來為了爭取毛澤東的首肯，就很少保黨內屬於劉少奇、彭真，薄一波北方局系統的人，當然也不是絕對沒有，像姚依林就是北方局的人。因此，這批人在後來東山再起後，對周的怨氣很大，始終不能給予原諒，也是事出有因的。
周恩來在文革中利用手中擁有的職權，有選擇地保護了一批人的同時，也簽字批准抓了不少人。對此，大陸官方一直諱莫如深，極力封殺，唯恐捅出來有損周氏的形象。然而，歷史的真相是掩蓋不了的，總是要大白於天下的。周恩來當時作為中央專案審查委員會主任，同時又是中央文革碰頭會的牽頭人，而且作為中共最資深的領導人之一，熟知黨內各方的歷史情況，因此對文革中搞的不少大的冤假錯案都逃脫不了干係，有的更負有重大責任。舉其犖犖大者，像彭德懷、劉少奇、賀龍、彭真等人的專案，他都直接或間接地分管過，指導專案的審查，羅織罪名，擬定結論，對當事人的死亡難辭其咎。
文革期間，凡是逮捕人，都需要經過中央文革碰頭會批准，大人物和北京的由碰頭會直接管，各省市的也須上報備案。這些全都經過周恩來的手。在專案審查的問題上，周除了抓總以外，還掛名分管了其中的一些專案，如彭德懷專案、賀龍專案等。高文謙先生曾接觸過其中的一部分專案審查材料，上面都有周的簽名或批示，有的還作過多次批示。寫了大段的批語，口氣是很嚴厲的，筆下頗有紹興師爺的遺風。
這些東西都是周恩來本人歷史上的污點，白紙黑字，是抹不掉的。
至於被毛澤東，林彪、江青欽點而被打倒的，像劉少奇，彭德懷和賀龍等人，周恩來十分注意把握政治上的分寸，絕不越雷池一步，最多只是在枝節上做點文章，或者始保終棄。前者如劉，彭，後者如賀龍。即便如此，也可以從中看出周非常會做人，手腕圓通，善於左右逢源。他為了自保，不會挺身而出為他們仗義執言，卻會在職權範圍內做出某種有人情味的表示和舉動，讓被打倒者感激下已。
在賀龍的問題上，周恩來和毛澤東一樣，一開始是採取保的態度。應該說，毛、周兩人對賀龍是很了解的，特別是周與賀龍的交往更是長達四十年，是對賀龍投身中共革命乃至整個人生產生過重大影響的人。但是賀龍與林彪，以及兩人的老婆的關係卻是非常壞的。
林彪之所以要打倒賀龍，有兩方面的原因。賀龍的戰功雖然遠比不上林彪，但軍中資歷卻比林彪老得多。當年中共南昌暴動時，賀龍是暴動軍的總指揮，而林彪才只是一個連長。而且賀龍還有他自己二方面軍的山頭，是軍中唯一有實力和林彪抗衡的人物。就連毛澤東也不得不承認這一點，稱賀龍是"二方面軍的一面旗子"。更讓林彪窩火的是，文革前，賀龍在代他主持軍委日常工作期間，與羅瑞卿打得火熱，一唱一和，在全軍中搞大比武，獲得了毛澤東以及中央一線領導人的好評，大出風頭，而把他這個軍委第一副主席拋在一旁。
文革一開始，林彪在扳倒羅瑞卿之後，很快便開始對賀龍下手，指使他的親信向毛澤東寫告狀信，指賀龍插手軍委總部和各軍、兵種的運動，企圖篡軍奪權。並且通過康生散佈賀龍私自調動軍隊，搞"二月兵變"的謠言。稍後，林彪親自出馬，以接班人的身份，在軍委常委擴大會上向各方打招呼說：賀龍的問題很嚴重，擔心主席百年之後，賀龍會鬧事。在倒賀的問題上，林彪和江青兩人聯手，不斷掀風鼓浪，
社會上打倒賀龍"之風愈演愈烈。
毛澤東本來對賀龍一直有好感。原因在於行伍出身的賀龍曾在歷史上幫過毛的大忙，一件事是當毛執意要和江青結婚而遭到黨內眾人反對時，時任陝甘寧晉綏聯防軍司令的賀龍拍毛馬屁，乃至耍起粗來，說："堂堂一個大主席，討個女人有什麼了不起，誰再議論我槍斃了他。"另一件是毛澤東在與王明爭奪黨內領導權的鬥爭中，賀龍雖只是一介武夫，卻堅決站在毛這一邊，說：毛主席的方向就是我們黨的方向，王明懂什麼?他要騎在主席頭上，我就一槍撂倒他。賀龍的這番話當時轟動了整個延安。
周恩來本來也是力主保賀龍的，為了表明賀龍是"毛主席司令部的人"，周還利用毛澤東第二次檢閱紅衛兵的機會，有意把賀龍安排在毛所乘坐的第一輛檢閱車上，而把林彪放在第二輛車上。為此，周恩來遭到了中央文革的反對，說這張新聞照片不能發，因為不能反映林彪的接班人地位。雙方鬥了一個晚上，最後還是周本人想出來個補救的辦法，提出在林彪的那張新聞照片中，另外加上"毛主席的親密戰友"的文字說明。這樣，林彪在政治上的分量超過了賀龍，這場風波才算過去。這也是林彪在文革中被稱為毛的"親密戰友"的由來。
但是，後來"打倒賀龍"的勢頭越來越猛。周恩來看出來者不善，背後是林彪在指使時，態度開始有了變化，他不願意為此而得罪身為副統帥的林彪。不過，好在毛澤東的態度還沒有大變，因此還可以利用毛作為擋箭牌，來抵擋來自林彪、江青兩方面的壓力。一九六六年底，隨着整個形勢的惡化，賀龍的處境也愈加困難，在北京東交民巷的家數次被抄。國家體委的造反派日夜糾纏，逼得賀龍東躲西藏，無
處安身。在這種情況下，周代表組織出面建議賀龍暫停工作，搬到西郊新六所去休息，表示"家中的事情由我來管"。關於周恩來把賀龍接到自己家中加以保護一事，被中共宣傳成他在文革動亂中保護賀龍的佳話。其實，真實情況並不如此，應該說，並不是周主動去"接"的，而是賀龍"諫宮"的結果。根據大陸官方出版的《賀龍傳》說，賀龍搬至新六所後，造反派立即追蹤而來，揚言要前來揪鬥賀龍。為此，賀龍的妻子薛明曾三次向周告急，但都沒有得到答覆。在下得已之下，賀龍決心返回東交民巷的家中，坐等被揪。在路過中南海時，賀龍覺得應該向周報告一下，就臨時決定去了西花廳。當時周不在家，他的秘書經請示後，賀龍夫婦便留在西花廳暫時住了下來。
賀龍夫婦的不請自來，對周恩來來說是一個"燙土豆"。但在當時情況下，無論於公於私都無法把落難的賀龍推出門外。據知情者說，賀龍與周見面後的第一句話就是：總理，賀龍今日有難，我這次是來求你來了!在賀龍看來，四十年前，國民黨清黨後，正是中共最困難的時候，周代表中共請求他率部參加南昌起義，如今自己有難，周理應搭救。周本人當然也不會忘記這一點，而且眼下賀龍確實無處可去，在這種情況下，周只好硬着頭皮，把賀龍暫時收留在自己的家中。
在此期問，周恩來大婦對賀龍大婦在生活上關懷備至，噓寒問暖，不過卻敬而遠之，竭力避免談論賀龍本人的問題。因為向深知這件事在政治上的利害，知道賀龍有一肚子的委屈，急於找他傾吐，而周恩來卻不願為此得罪林彪。周的這種迴避態度，讓賀龍感到相當失望和傷心。當時他每天站在窗前，盼着周恩來回來，渴望能夠有一個機會向了解自己的老領導說說心裏話，申辯一下林彪加在自己頭上罪名，希望為他說句公道話，而周卻始終沒有給他這樣一個機會。
後來真正導致賀龍大難臨頭的，是毛澤東的態度有了變化。毛出於發動"全面奪權"的考慮，在政治上需要林彪的支持，因而在賀龍的問題上開始改變態度。有了毛的默認，林彪立即升高了批賀的調子。一九六七年一月九日，他在軍委碰頭會上說：
賀龍是個土匪，幾十年來靈魂深處是個大野心家，經常請客吃飯，拉攏幹部，在各軍區、各兵種都有他的人，是反毛主席的。他到處奪權，是個"刀客"。而且林彪還親自出面找周談話，向他攤牌。在這種情況下，周權衡政治上的利害關係，只好對不起賀龍了，屈從林彪的壓力，把賀龍從家中交出來。不僅如此，周本人還奉命扮演了一個十分尷尬的角色，代表中央找賀龍正式談話，實際上是宣佈在組織上對賀龍採取隔離措施。
關於這一幕，大陸官方的《賀龍傳》這樣寫道：
一九六七年一月十九日下午四時，周恩來與李富春一起來找賀龍正式談話，周恩來說："本來這次談話還有江青同志，但她臨時說有事不來了。"周恩來告訴賀龍：林彪說你在背後散佈他歷史上有問題，說你在總參、海軍、空軍、裝甲兵、通信兵到處插手，不宣傳毛澤東思想，毛主席百年之後他不放心，遺育，關於洪湖肅反擴大化問題，你、夏曦、關向應都有責任。你要好好想一想。賀龍幾次按捺不住，站起來想說話，但沒有等他說話，周恩來緊接着說："你不要再說了。毛主席不是保你嘛。我也是保你的。給你找個地方，先去休息一下，等秋天我去接你回來。"周恩來還勉勵賀龍說："要活到老，學到老，改造到老。"賀龍聽了周恩來的話，傷心地說："我沒有想到把我看成這樣的人。"
賀龍的厄運並沒有到此結束。在他被周恩來送到西山象鼻子溝軍委前指所在地，名為"保護"實則失去人身自由以後，當年派遣熊貢卿充當說客前往對賀龍進行勸降的國民黨南昌行營第二廳廳長晏勛甫之子晏章炎寫信給中央文革，把這件事翻出來，指賀龍向蔣介石"乞降"，企圖"叛變投敵"。這正好給了林彪人做文章的由頭，立即批轉周、江等人，並指派空軍組織人"調查"。
本來弄清這件事情並不難，賀龍處決了熊貢卿一事，中共領導層中很多人都知道，而且當年湘鄂西中央局為此事寫給中央的報告就存放在中央檔案館裏。身為中共資深領導人的周恩來對這件事的來龍去脈很清楚，不過當調查組按照林彪的旨意給賀龍加上"叛變投敵未遂"的罪名上報以後，他卻沒有出面為賀龍辯護，相反還在中央文革碰頭會上附和了葉群的提議。據中共文獻報導，熊貢卿是賀龍的救命恩人，他在當年賀龍刺殺湖南軍閥事發後出手援助，使得賀龍從法場上逃下了性命；而賀龍在文革中又死於熊貢卿一案，真可以說是天網恢恢。
就在這一年的秋天，正當賀龍在囚禁之地天天望着通向山下的小路，眼巴巴地盼着周恩來兌現許願而接他出去的時候，中央在九月十三日正式批准了對賀龍立案審查。而向中央報送的審查報告正是經過周本人的手。他在上面親自動手作了修改，寫下了大段的批誥，無論人們可以找出多少理由來為周恩來辯護開脫，諸則賀龍平日重用的某人向中央寫信揭發賀龍的"歷史問題"，從背後捅了一刀，讓中央一時真假難辨，但周在賀龍後來被迫害致死的問題上，是難辭其咎的。"
事實上，周恩來本人心裏是非常清楚自己是欠了賀龍的賬的，後來在他病重的時候，強撐着一定要去參加賀龍的骨灰安放儀式。當人們再三勸阻時，周表示：我已經對不起賀老總了，我不能不來啊!並在賀龍的遺像前先後連連鞠了七個躬，又做了一場秀。
