1949年以後，知識分子遭遇到的最可怕的事情，並不是當局對他們的迫害，而是對他們的改造。或者說，改造乃是最大的迫害。如今生活在中國大陸的知識分子，或多或少地，都是經過改造後的知識怪胎。
"貧賤不移、威武不屈"是中國傳統知識分子的道德準則，定下這個準則的孟子，開出的條件其實很低："得志，與民由之；不得志，獨行其道。"或曰："窮則獨善其身，達則兼善天下。"也就是說，知識分子要維護尊嚴，並不需要吶喊抗爭，只要三緘其口就行了。如此卑微的要求，在古代社會基本都得到了滿足。
中共對知識分子的改造就從此處着手：任何人都沒有沉默的權利，否則就被冠以"死不改悔"的罪名。最厲害的是，迫你開口，又並不是讓你分析辯解，而是自我羞辱。所謂"知識分子思想改造運動"，本身就是以自辱的方式開始的。且不說政權未立之時，毛澤東等人對知識分子尊敬有加，百般誆哄，政權初立，就立即翻臉，六親不認，單說這個運動過程，分明是上面大計早定，卻要讓知識分子負荊請罪，由時任北京大學校長的馬寅初配合唱雙簧。
1951年9月，周恩來授意馬寅初給他寫了一封信，以十二位教授的名義，"敦請毛（澤東）主席、劉（少奇）副主席、周（恩來）總理、朱（德）總司令、董（必武）老、陳雲主任、彭真市長、錢俊瑞教育部副部長、陸定一副主任和胡喬木先生為教師"。9月29日，經毛澤東批示，周恩來在中南海懷仁堂，向京津地區20所高校三千多名教師做報告，題為《關於知識分子的改造問題》，拉開了運動的序幕。
一個月以後，毛澤東在政協會議上定下了這場大型手術的方案："知識分子自我教育和自我改造"。隨後，在威逼利誘之下，知識分子們開始寫檢查。很多人以為，矇混一下就能過關，但是人性的弱點一旦發動，就會自我繁殖，不知所終。那些學貫中西、性情孤傲的知識分子，很快展開了一場自我羞辱的競賽。
八十年代以後，在主流輿論中重獲尊敬，甚至被奉為德高望重的大師們，如劇作家曹禺、社會學家費孝通、哲學家馮友蘭、法學家雷潔瓊、漫畫家豐子愷、作曲家賀綠汀、美學家朱光潛、建築學家梁思成、文學批評家吳宓等等，在那場運動中都紛紛自我醜化，或痛挖"思想上的膿瘡"，或發現自己是"美帝國主義的工具"，或認為自己是"壓榨勞動人民血汗的剝削者"。橋樑專家茅以升一口氣給自己戴上自由主義、個人主義、官僚主義、溫情主義等十三頂大帽子。物理學家周培源，則在《光明日報》上說自己"無恥地向美國物理界的學閥密立根請求工作機會，......是我一生歷史上最可恥的一頁"，"我要控訴我自己，控訴我這個喪失人民立場，甘心為美國劊子手作幫凶的所謂科學工作者......我願意撕下我的假面具......清洗美帝文化侵略給我的餘毒，下了決心重新做人"。
何以自輕自賤若此？乃緣於中共收拾他們的手法高妙。西方人說"洗腦"，聽起來已經很形象很恐怖了，但是在中國還不夠，全身上下都不留死角，謂之"洗澡"。作家楊絳以《洗澡》為題寫了一部小說，借其中人物說："難聽着呢！叫什麼『脫褲子，割尾巴！'女教師也叫她們脫褲子！？"並描述"洗澡勝狀"：職位高的，校長院長之類，洗"大盆"，職位低的洗"小盆"，不大不小的洗"中盆"，全體大會是最大的"大盆"，人多就是水多，就是"澡盆"大，一般教授，只要洗個"小盆澡"，在本系洗。
設計精微但是言辭粗鄙，就是為了撕下知識分子的斯文面紗，讓你覺得自己不是什麼東西，然後自己打自己耳光。除此之外，還要迫你去"幫助"那些不肯對自己下重手的同行。比如被毛澤東斥為"從此我再不要見他"的哲學教授張東蓀，多次檢討都未能過關，於是翦伯贊、雷潔瓊、賈淑英和一干學生都被安排輪番上場，"揭穿投機政客張東蓀的反動本質"。
民國時期憂國憂民的謙謙君子，到了新中國都被注射了政治狂犬病毒，先瘋狂咬自己，再瘋狂咬別人，經過隨後的"胡風反革命集團案"之後，知識分子作為一個階層的人格尊嚴，已經蕩然無存。接踵而來的"反右"和"文革"的慘烈鬥爭，則為水到渠成，順理成章。
在這兩場煉獄中，以知識分子身份和靈魂堅持抗爭者已不多見，大批文人學者，跟其他任何人一樣，不過是在身體的存亡之間進行掙扎。曾經抄錄過英國政治理論家柯亨語錄"如有人要我在共產主義與法西斯主義二者之中選擇其一，我就會覺得這無異於槍斃與絞刑"的張東蓀，被送進了秦城監獄，曾經說過"自由在國民黨是多少的問題，在共產黨是有無的問題"的儲安平失蹤了，"不能忍受自己的思想被霸佔，更不能讓自己的靈魂被否定"的傅雷夫婦自殺了，質問"誰給了他們權力"的老舍跳湖了......，被抄家、捆綁、戴高帽、遊街、吐唾沫、挨打，這些動搖基本人性的侮辱與損害，不僅讓苟全性命於亂世的知識分子徹底喪失了開啟民智、擔當良知的功能，而且和未被開化的民眾一起，成為掌握生死予奪大權的統治者手中的玩偶。學校教材中對於歷史的篡改，八個樣板戲對於文藝的壟斷，"兩報一刊"對於輿論的控制，都是知識分子聽話合謀的結果。其中有不少人，還患上了"斯德哥爾摹綜合症"，對迫害產生了依賴。
這就不難理解，為什麼"文革"結束，思想或者身體的牢籠才剛剛打開一條縫隙，就聽見皇恩浩蕩、感激涕零的聲音響徹神州。被成功改造的知識分子，以及被這些知識分子教育出來的新一代知識分子，雖然有深刻反思"文革"的衝動，但是既沒有闖入思想禁區的勇氣，也算闖入也無所建樹了。"傷痕文學"也好，巴金的《隨想錄》也，儘管不乏揭示歷史真相、喚醒麻木良知的價值，但是也未免淪為當局新政的脂粉。
八十年代的文化熱中希望重現，然而跟改造前的知識分子思想相比，不過是一絲稀薄的微光而已，立即被"反資產階級自由化"的黑雲衝散。"六，四"鎮壓之後，生活在中國大陸的知識分子已成驚弓之鳥，或投筆從商，蠅營狗苟於物質世界；或埋首故紙堆中，美其名曰"思想家淡出，學問家凸顯"。在此種境況中，學問大家錢鍾書、季羨林等人獲得至高榮譽，甚至成為道德楷模，不亦悲乎。
新一代知識分子不再需要被改造，而是從小就接受了共產主義洗禮，畸變成為基因，被期待長大以後又紅又專。無奈時移世易，顏色迅速變得模糊。左顧右盼之後，他們中有不少人想要認祖歸宗。然而回頭的路佈滿荊棘，畸變的靈魂首鼠兩端。早在五四時期都已經坦坦蕩蕩地談過的民主自由，如今還在中國媒體上欲說還休。
