在林彪的提拔下，邱會作1968年又兼任副總參謀長，1969年4月當選為中國共產黨第九屆中央政治局委員。成為林彪手下「四大金剛」之一。在擔任總後勤部部長期間，利用職務便利向葉群提供春藥。
林彪與夫人葉群合影（圖源VCG）
1966年10月，總後造反派以「車輪戰」對他進行批鬥，他支撐不住，在總後禮堂昏厥過去。幸有林彪批示：「沒有我和中央軍委副主席葉劍英的命令，邱會作不許下西山。」邱會作這才暫時得以脫身暫避西山。可到1967年1月19日，邱會作接到中央「文革小組」的命令，被迫從西山回到總後機關，結果又被揪鬥，遭到罰跪、坐噴氣式等刑罰，被打斷一根肋骨，肩胛骨骨膜、兩片肌肉斷裂。邱會作的妻子胡敏幾次電話向葉群呼救。葉群最初不願干預：「邱會作小姘頭一大串，現在人家都起來揭他，叫我們怎麼說！」
1967年1月24日，邱會作給林彪寫呼救信：「向林總求救！今後仍同過去一樣，只要還有一口氣，就堅決跟着林副主席走！」
林彪接信後，即與陳伯達共同簽署一道手令：「立即將邱會作放出來，不得自由拘留。」1月25日凌晨，葉群持此手令到總後大院，將邱會作救出。
對林彪的救命之恩，邱會作感激涕零。他在題為「零點得救」的日記中寫道：
「1967年1月25日零點40分，是我新生的時刻，是我一輩子、是我妻子兒女一輩子不能忘記的時刻。
「我聽到『林副主席辦公室派人叫我去』，我就知道得救了。抑制不住的感動從內心裏像炸彈一樣爆發出來。……我用最大的忍耐忍住了眼淚，因為我發過誓了。
「……
「為我事林總親自挺身而出，並派夫人來接，以我所知全軍還是頭一份。寫到這裏，我又不能不感動，不能不流下溫暖的熱淚。」
1967年3月17日，葉群又在「中央文革小組」會上力捧邱會作，稱邱會作「是解放以來四個後勤部長最好的一個」。
邱會作從此將全部政治賭注押到林彪身上。
為了表達對林彪的忠誠和感激之情，邱會作可以說是做到了無所不用其極。1968年1月，在邱會作得救一周年的時候親自選定了一個象牙底座的台屏晉獻給林彪，並給葉群寫了效忠信，表示「海枯石爛不變心」！對林彪一家的衣、食、住、行，邱會作更是全力保證。從為林彪、葉群提供特製睡衣、高級毛衣和保溫拖鞋，到動用大量外匯為葉群進口兩輛高級轎車，可以說是面面俱到。1969年，僅為林家買蘑菇、木耳，就花了800多元，費用全部由公家開銷。在總後還專門為林彪一家設立了「特殊供應點」，陳設各種高級商品，專供林彪、葉群選用。所有這些，都是無代價地自拿自用。甚至還為林彪提供服用的毒品和給葉群提供撩撥情慾的春藥。林家要為林立果選「妃子」，邱會作夫人胡敏又親自掛帥，走遍十幾個省市，到處選美，忙得不亦樂乎。邱會作真可謂是林家名副其實的「後勤部長」了。
