孔子學院組織結構
「國家漢語國際推廣領導小組」（the office of Chinese Language Council International）由十二個部委組成：國務院辦公廳、教育部、財政部、國務院僑務辦公室、外交部、國家發展和改革委員會、商務部、文化部、國家廣播電影電視總局（中國國際廣播電台）、新聞出版總署、國務院新聞辦公室、國家語言文字工作委員會。組長為陳至立。下設「國家漢語國際推廣領導小組辦公室」，簡稱「漢辦」，隸屬教育部[18]。2004年孔子學院出現後，「漢辦」演變成為「孔子學院總部」，分佈在海外各大學的孔子學院則被認為是中共孔子學院官方組織的分部。
《孔子學院發展規劃（2012-2020年）》中指出「總部理事會是孔子學院的最高決策機構，負責制定、修改孔子學院章程，審議全球孔子學院的發展戰略和規劃，研究孔子學院建設的重大事項[19]。」
孔子學院總部理事會成員背景
從中共最高權力機構任命的孔子學院總部理事會官員中，可以看出，隸屬教育部的孔子學院具有外交、統戰等多重背景。
陳至立，曾任教育部部長、黨組書記[20]。2007年，陳至立被指定為孔子學院總部理事會第一任主席[21]。
劉延東，曾任中央社會主義學院黨組書記（1995-2003），統戰部長（2003-2007），中央政治局委員，國務院副總理（2013-）[22]。2008年起任孔子學院總部理事會主席[23]。
李海峰，國務院僑務辦公室主任、黨組書記[24]。 2007年起任孔子學院理事會副主席[25]。
張少春，財務部副部長、黨組副書記[26]。2007年起擔任孔子學院理事會副主席[27]。
許琳，曾在教育部財務司、駐加拿大溫哥華總領館任職。2004年任國家漢辦主任，2007年任孔子學院總部總幹事[28]。
馬箭飛，1985到2004年曾在北京語言大學任職，2004年任漢辦副主任，2007年任孔子學院總部副總幹事，2011年任漢辦黨委書記[29]。
大陸東北某高校的「2011年統戰工作大事記」記載了有關孔子學院的活動[30]，從一個側面表現了孔子學院的統戰性質。
中共官員在出訪期間頻頻參觀孔子學院
據中共中央宣傳部主管的黨建網報道：截至2011年10月底，中共官員出席孔子學院活動上百次，中共中央政治局9位常委都到過孔子學院指導工作。胡錦濤曾16次訪問孔子學院[31]。
肯雅內羅畢（Nairobi）孔子學院成立於2005年12月。2009年4月29日，胡錦濤出訪肯雅，在飯店裏接見內羅畢孔子學院師生，當時已經成立4年的孔子學院只有25名學生，卻配備了4名教師，其中一名是中方院長，一名肯方院長[]。
2011年1月，胡錦濤訪美，參觀芝加哥佩頓中學孔子學院（Walter Payton College Preparatory High School）[33]。
2009年11月17日，時任中共中央政治局常委、中央政法委書記周永康在蘇丹首都喀土穆與蘇丹總統巴希爾出席喀土穆大學（University of Khartoum, Sudan）孔子學院授牌儀式。並在第二天建交50周年講話中提到「中方願與蘇方一道，繼續推進喀土穆大學孔子學院建設等」[34]。
2010年9月，李長春出訪愛爾蘭，參加都柏林大學孔子學院4周年慶典[35]。2012年10月，李長春參觀孟加拉國孔子學院[36]。
三、中共對海外孔子學院投資巨大
聯合國民教育科文組織2011年的《世界教育報告》(Education For All global monitoring report by UN Educational Scientific and Cultural Organization)顯示，全世界2008年教育經費佔GDP的平均比例為4.8%，其中發達國家為5.2%，發展中國家為4.2%，美國則為5.5%[37]。據中共官方數據顯示，從2001年到2011年的十一年間，中國財政性教育經費支出佔GDP的比例還未到4%，其中財政性教育經費支出的最低谷是2004年，只佔GDP的2.79%[38]。而2004年正是中共不惜重金在海外辦孔子學院的開始。中共為何花錢為外國人提供免費中文教育，而不願出資提升本國人民的教育水平呢？
圖1：2001年到2011年中國財政性教育經費支出佔GDP的比例(Public expenditure on education as% of GDP)
中共以大量資金收買海外高等學府開辦孔子學院
通過諸多局部報道可以看出中共對孔子學院的投資之大。中共財政部副部長張少春從2007年起一直是孔子學院總部理事會副主席，亦說明中共對孔子學院資金方面的重視。
每設立一個孔子學院，中共孔子學院總部提供10萬美元的啟動資金。2006年，中共派出300名教師，每人補貼1.3萬美元。2004年至2009年間，中共派出近8000名教師到68個國家。中共政府對孔子學院的投入金額單2009年就達1.45億美元[39]。
西安交大校史顯示，2010年中共對遍佈104個國家的353所孔院的經費投入達1.67億美元。西安交大與外方合作辦的兩所孔院，一個2007年在美國內布拉斯加林肯大學（University of Nebraska Lincoln）建立，一個2009年在英國利物浦大學建立，中共對這兩所孔子學院每年撥款分別超過10萬美元[40]。
2001年，美國常春藤盟校哥倫比亞大學數名教授撰寫了揭露「六四」事件內幕的《天安門文件》，作者因此被拒發中國簽證。2006年，中共禁止哥倫比亞大學「現代西藏研究赴西藏學習」項目進入西藏。而2010年，中共為在哥倫比亞大學設孔子學院，主動提出在五年內向哥倫比亞大學提供100萬美元的資助[41]。
2011年7月，中共撥給澳大利亞新南威爾斯州教育廳22萬澳元，作為在中小學校設立孔子課堂試點的經費[42]。然而10月13日，紐省綠黨議員傑米．帕克（Jamie Parker）向紐省議會提出議案，要求取消在紐省公校設立的由中共提供資金和師資的孔子班。「孔子學院的許多問題之一是資金的來源，我們憂慮這會影響教程的設計，重要的是無法擔保我們給年輕一代的教育，是獨立於任何注資者之外[43]。」
彭博社（Bloomberg）2011年文章說，「中共教育部旗下的『漢辦』的年度報告和網站信息顯示，從2004年開始累計出資5億美元在世界各地設立了350所孔子學院。在美國共有75所，是在其他國家的孔子學院的4倍[44]。」
2010年中共為非洲21所孔子學院撥款400多萬美元，為23所孔子學院派遣了102名教師[45]。
孔子學院總部為建立新網站自己招標，自己中標
2009年底，中共孔子學院總部又以招標-中標的形式，以建立新網站的名義，將大量資金據為己有。
中共財政部網站2009年12月15日發佈「網絡孔子學院網站運營服務項目中標公告」，招標編號：CEIECZB01-09JX033，中標金額：3520萬元（$5.6 million USD）。而該項目中標的供應商是漢辦直屬機構，「五洲漢風網絡科技（北京）有限公司」。此機構成立於2009年9月9日，註冊資金600萬元，企業法人為漢辦副主任王永利[46]。註冊地址為「北京市海淀區學院路15號樓1區教2樓225」，是北京語言大學的一棟教學樓里，注47冊文件中說公司是國家漢辦直屬，專業從事漢語國際推廣的文化產業與技術服務性公司[],[48]。
四、中共對海外孔子學院人員培訓欠缺，監管嚴密
中共對孔子學院教師的控制不對外方學校透明
由中共專門機構審查，認定併兼管的中文教師們被派往世界各地，在不符合當地教師認證標準的情況下，在國外高等學府和中小學校的課堂里，直接與當地學生們接觸。而國外學校對這些教師們有多大的任免與監督權呢？在本組織調查的孔子學院公開文件中，沒有找到相關的信息。而中共要求身在國外的孔子學院教師接受中共官員的「巡查督導」，並明文規定「不得參加法輪功活動」等。
漢辦2006年5月1日開始施行《漢語教師志願者工作管理辦法》的通知，第八章規定對「教師在國外的宗教信仰、生活環境等」的管理方式，各省、市教育廳（委）和直屬院校必須有專人做「管理教師」，或者組織「工作督導團」到教師所在地進行「巡查和督導」，或者委託所在地的使領館派人管理。「管理教師」、「工作督導團」和使領館人員的住宿、交通、通訊、交際費用均由漢辦支付[49]。
漢辦2007年網站列出5條「國際漢語教師海外志願者應具備的基本條件」，其中第3條規定漢語教師必須「無參與法輪功組織記錄[50]。」
漢辦網站對孔子學院漢語教師外派申請過程規定[51]，志願者被多次要求表明不是法輪功修煉者或者不從事法輪功的活動。比如，《漢語教師志願者綜合情況審核表》的「本人聲明」部分包括：「本人未參加過法輪功等任何xx組織[52]」；《漢語教師志願者出國任教協議書》中「志願者義務」第5條規定：「主動接受我駐外使領館的指導和幫助」；第6條規定：「不參加法輪功組織[53]。」
孔子學院對教師的此類規定對國外高等學府的透明度極低，一個典型的案例反映外方學府的被動境地。加拿大麥克馬斯特大學（McMaster University）孔子學院一名教師於2011年提出辭職，在安大略省人權法庭指控麥克馬斯特大學涉嫌侵犯宗教信仰和政治言論自由，並向加拿大政府申請庇護。這名教師指出，在她與孔子學院的合同中有禁止習煉法輪功的規定，而麥克馬斯特大學對這種歧視採取「認同」態度。2011年2月，麥克馬斯特大學發表聲明指出，「因為中方的任免制度和加拿大學校的制度不同，雖然經過多次與孔子學院總部的交涉，但是不同達成共識。」最終，麥克馬斯特大學決定同年七月份與孔子學院的五年合同期滿後，不再續簽，麥克馬斯特大學孔子學院就此關門[54]。
由於此類事件被曝光後，在國際社會引起反響，中共修改孔子學院教師協議，去掉「法輪功」字樣，仍保留不參加（中共定義的）「非法組織」字樣；並且新增加「保密條款」規定「乙方（教師）承諾對本協議的相關內容及條款承擔保密義務[55]。」
