遠在兩千多年前，我國即有了靈芝崇拜，並伴之以許多美麗的神話傳說。
戰國時代，《山海經》中就有炎帝之女瑤姬不幸夭折化為瑤草的故事。楚國詩人宋玉在《高唐賦》中更將其誇張為人神相戀的愛情故事，其中的「巫山神女」即為瑤姬。以至後人有「帝之季女，名曰瑤姬。未行而亡，封於巫山之台。精魂為草，實曰靈芝」之說。
在我國家喻戶曉的深化故事《白蛇傳》中，女主人公白娘子只身前往娥眉山盜仙草，以救夫君許仙。歷經艱辛、危險，終於感動了南極仙翁，取回了能「起死回生」的仙草靈芝。這一忠貞不渝的愛情故事被改編成小說、戲曲、電影、年畫，在我國廣為流傳。
古代詩人筆下的靈芝
自古以來，靈芝是聖潔、美好的象徵，故一些古代文學作品常以靈芝作為主題。
楚國私人屈原描寫神女渴望愛情的詩篇《九歌·山鬼》中，有「采三秀兮於山間，石磊磊兮葛蔓蔓」，詩中「三秀」是靈芝的別名，因靈芝一年可多次採收而得名。詩中採集靈芝的「山鬼」即「山神」，指的是「巫山神女」。
漢武帝制定郊祀之禮祭祖安民，祭祀時曾由70名童男童女詠唱配樂郊祀歌。《靈芝歌》：「因靈寢兮產靈芝，象三德兮瑞應圖。延壽命兮光此都，配上市兮象太微，參日月兮揚光輝」即是郊祀歌之一。
三國時代的詩人曹植寫了許多有關靈芝的詩篇，在著名的《靈芝篇》中，稱頌「靈芝生天地，朱草被洛濱，榮華相晃耀，光彩嘩若神」，反映了詩人對靈芝的崇拜。在名篇《洛神賦》中，又用「攘皓腕於神滸兮，采湍瀨之玄芝。余情悅其淑美兮，心振盪而不怡」描寫出在洛水之畔神女採擷靈芝時悠閒的神態，以及詩人對神女的愛慕之情。在《飛龍篇》中，則寫到在雲霧繚繞的泰山，遇到騎乘白鹿，手持靈芝的修煉者，並求養生之道的奇妙經歷：「晨游泰山，雲霧窈窕，忽逢二童，顏色鮮好。乘彼白鹿，手翳芝草，我知真人，長跪問道。西登玉台，金樓復道，授我仙藥，神皇所造。教我服食，還精補腦，壽同金石，永世難老。」
漢樂府詩《長歌行》中描述的「仙人騎白鹿，發短耳何長。導我上太華，攬芝獲赤幢。來到主人門，奉藥一玉箱，主人服此藥，身體日康強，發白復又黑，延年壽命長」，也說明了採集靈芝特別是紅色的靈芝，服食後可使人身體健康，白髮轉黑，壽命延長，顯現出靈芝保健的功效。
道教醫學中的「仙藥」
我國靈芝文化的發展受道家文化的影響最深。道教是中國的本土宗教，其哲學思想是「以生為貴」，認為只要通過清養修煉，服食「仙藥」，便可白日飛升，得道成仙。葛洪在《抱朴子》中提出，「神仙可學而致」的仙學理論，並編纂了許多服食芝草而升仙的神話。
在古代道家修煉升仙之法中，視靈芝為「仙藥」之上品，服之可「後天而老」，「與天同期」。因而，靈芝被稱為「神芝」、「仙草」，並在道教文化中呈現出一個神化的靈芝世界。如《海內十洲記》中記載，祖洲、玄洲、方丈洲等十洲三島，都司神仙居住的仙境，遍生芝草，仙家以芝草為食，故能終生不老。在東海中的方丈洲行，有「仙家數十萬，耕田種芝草，課計頃畝，如種稻狀」。晉·王嘉《拾遺記》和唐·戴孚《廣異記》也說，崑崙山上有芝田數百頃，皆仙人種耕;西王母居住的墉城七寶山上，芝草種類多達一萬兩千種。據葛洪《神仙記》記載麻姑修道於牟洲姑余山，姿容美妙，成仙后居蓬萊仙島。農曆三月三日王母壽辰，麻姑在絳珠河畔釀靈芝酒，敬獻給王母做壽禮，後來民間多畫此以賀壽。「麻姑獻壽圖」中仙女麻姑手捧靈芝酒，壽星舉杯，仙童高舉壽桃，仙鶴嘴銜靈芝，寓意「吉祥如意」、「福壽雙全」。
歷史上著名道家人物葛洪、陸修靖、陶宏景、孫思邈等，都很重視靈芝的研究，對推動中國靈芝文化的發展起了積極作用。道家在服食靈芝追求長生不老的實踐中，也豐富了對芝草的認識，形成了以養生為主旨的道教醫學。
受世界觀和科學技術水平的限制，道教對靈芝的研究有局限性並帶有迷信色彩。道教所指的「芝」，包括許多菇類，如擔子菌綱多孔菌科靈芝屬真菌、傘菌、腹菌等一些大型真菌，也包括按道教觀念煉造出來的「神芝瑞草」。「芝」已成為一種超越自然的神化生物。因此，道教宣揚的種芝、采芝、餌芝方法，也就帶有神秘的宗教色彩。並因此招致古代醫學者的批判，限制了古代靈芝的醫藥學研究和應用。
中華民族的吉祥物
自漢代以來，古代儒家學者把靈芝稱為「瑞草」或「瑞芝」。他們把靈芝菌蓋表面的許多環形輪紋稱做「瑞徵」或「慶雲」，視為「祥瑞」、「吉祥如意」的象徵，形成了中華文化中特有的靈芝崇拜。
《漢書·武帝本紀》載：「元封二年六月，宮中產芝，九莖連葉，為慶祥瑞，赦天下，並作芝房之歌以記其事」。《郊祀歌·齊房(芝房歌)》中則寫道：「齊房產草，九莖連葉，宮童效異，披圖案牒，元氣之精，回復此都，蔓蔓日茂，芝成靈華」。其實是漢武帝的行宮甘泉宮年久失修，梁木腐朽而長出靈芝，大臣便藉機獻媚，歌頌換地的政績，說靈芝降生宮廷是天意，乃「祥瑞」只兆。皇帝高興，便大赦天下，並降旨要求地方向朝廷進貢靈芝。
宋代王安石在《芝閣賦》中描述了官吏逼迫民眾搜尋靈芝的情景，「大臣窮搜遠采，山農野老攀援狙杙，以上至不測之所，下通溪澗壑谷……人跡之所不通，往往求焉。」說明當時舉國上下到處搜尋靈芝瑞草，出現了「四方以芝來告者萬數「。據《宋史·五行志》記載，宋貞宗在位25年間，各地進獻靈芝116次。明世宗時，將各地進獻的靈芝在宮中堆積成山，稱為「萬歲芝山」。在交通不發達的古代，要收集如此之多的野生靈芝，是極不容易的。
明代山西芮城永樂宮三清殿巨幅壁畫《朝元圖》中，宮女手捧靈芝進獻的部分真實地反映了進獻靈芝的場面，《朝元圖》是一幅描繪靈芝瑞應的珍貴藝術作品。
歷史上，靈芝以及由其衍化而成的「如意」成為我國特有的吉祥物，被廣泛用以象徵「賜福嘉祥」、「增添壽考」、「國泰民安」等瑞應，影響極為深遠和廣泛，流傳至今。
在全國許多宮殿、寺廟、古建築、服飾、刺繡、繪畫、雕刻、瓷器以及出土的大量文物中，都能發現有關靈芝和從靈芝演化來的「靈芝祥雲」的形象。如北京天安門城樓前華表上的「蟠龍騰駕靈芝祥雲」;浮雕在天壇祈年殿寶頂上的「環繞九龍的靈芝祥雲」;紫禁城大殿前雕有蟠龍和靈芝祥雲的御路。紫禁城、國子監和孔廟的圍欄上雕刻的靈芝盆載;孔廟中「進士提名碑」基座上雕刻的靈芝圖案;雍和宮釋迦牟尼佛像前的木雕靈芝盆景,凡此種種,均成為我國古代靈芝崇拜和靈芝文化的見證。
台北故宮博物院珍藏的清代緙絲《乾隆御筆新韶如意圖》，圖中的花瓶中插松枝、山茶與梅花,旁置柿子、百合以及靈芝。寓意「事事如意,百事祥瑞」，是典型的歲朝圖。
