零點15分許，又有38軍112師的兩輛裝甲車進入天安門廣場東西兩側大道，風馳電掣，橫衝直撞，圍繞着廣場轉了好幾圈，向學生炫耀武力。數以萬計的民眾試圖築成人牆加以阻擋，但裝甲車毫不減速。
凌晨1時30分，北京市政府和戒嚴部隊指揮部發出《緊急通告》，稱：首都今晚發生了嚴重的反革命暴亂。解放軍現在必須堅決反擊反革命暴亂。凡在天安門廣場的公民和學生，應立即離開。凡不聽勸告的，將無法保證其安全，一切後果完全由自己負責。
該項《緊急通告》用高音喇叭廣播了約3小時14分鐘，許多市民和少部分學生在聽到《緊急通告》後，開始離開天安門廣場。至凌晨2時許，幾十萬人的廣場，只剩下幾千名學生和市民了。
隨着槍聲的臨近，和平、理性、非暴力的宗旨面臨空前的考驗和挑戰。廣場上越來越多的學生要求拿起一切可能的武器進行殊死抗爭，尤其是那些來自屠殺現場的學生和市民，情緒極為激烈，極度悲憤。他們破口大罵依然有序地靜坐在紀念碑底座一帶的學生。
不斷哭泣的柴玲曾一度衝動得難以自制，通過廣播對廣場上的學生大聲疾呼：「無恥的政府噎大開殺戒，同學們，我的同學們，你們一切有能力抵抗的人 ，拿起任何可以作抵抗的東西，到廣場邊緣去，準備自衛、準備反抗！」
凌晨1時25分，一路開槍的空降兵第15軍43旅2營在營長周家柱率領下抵達天安門廣場南側，後續部隊陸續抵達。該軍副軍長左印生到人民大會堂向清場指揮部報到，指揮部人員十分興奮。周家柱事後被中央軍委授予「共和國衛士」稱號，一路升官。
凌晨1時30分，將西長安街殺成血路的38軍抵達天安門廣場北部，集結在天安門城樓前。隨隊指揮的北京軍區副司令齊連運興奮地通過電台向清場指揮部報告情況。從公主墳到廣場約7公里，38軍花了4小時才抵達，可見民眾是如何奮不顧身地阻攔。
空降兵第15軍和38軍都宣稱自己是最先抵達天安門廣場的部隊，其實最先抵達的部隊是北京軍區炮兵第14師。該師駐紮北京火車站，距離廣場僅2公里，零點零10分，該師先頭部隊從東南角進入廣場，集結在廣場東側的中國歷史博物館面臨天安門廣場的西門前。
提前進駐廣場東側中國公安部機關大院的24集團軍，一部於凌晨1點從南門衝出，一部於凌晨一點30分開槍從西北門衝出，集結在中國歷史博物館西門前。數以百計的學生和市民試圖接近他們，加以宣傳勸導，但受到軍人端槍阻嚇，未能奏效。
凌晨2時許，廣場指揮部秘書長郭海峰等十多人乘坐一輛公共汽車回廣場，在天安門城樓東邊的東長安街遭到集結此地的38軍部隊開槍掃射，司機當場身亡，郭海峰等人被捕。官方事後謊稱郭海峰等人企圖焚燒天安門城樓。
凌晨3時許，39軍116師347團約6百名官兵在團長艾虎生率領下，全體官兵上刺刀，抵達廣場，是116師唯一成建制按時抵達廣場的部隊。艾虎生其父艾福林曾任瀋陽軍區炮兵副司令。艾虎生一路升任成都軍區副參謀長，中將軍銜。
在此前後，一些部隊奉命佔據北京各交通要道。39集團軍115師部隊佔據了建國門立交橋，40集團軍佔據了西直門立交橋，64集團軍向德勝門立交橋、馬甸立交橋挺進。
凌晨2時許，38軍派出一支特種小分隊清理天安門廣場北面邊沿地帶。位於廣場西北角的北京工自聯總部首當其衝，帳篷起火。工自聯總部原先處在天安門城樓西觀禮台，在屠殺事件發生後，工人弟兄出於保護紀念碑一帶學生的考慮，將總部遷移到接臨長安街的廣場西北角。
在89民主運動中，最具有道德勇氣、犧牲最慘重的不是學生，更不是知識界人士，而是北京市的工人 弟兄和市民。為了保衛天安門廣場，保護天安門廣場上和平請願的學生，他們一直在用血肉之軀阻擋着武裝到牙齒的解放軍戒嚴部隊，浴血奮戰，奮不顧身。
3時許，廣場僅剩的約三千多名學生集中紀念碑周圍。學運之聲廣播站不斷向四周的軍人呼籲：「我們是和平請願，是為了祖國的民主自由，為了中華民族的富強，請你們順從人民的意願，不要對和平請願的學生採取武力……」
學生們在做和平抗爭到底的準備，有學生送來一桶桶水，讓大家將手中的口罩、毛巾用水浸透，以防護催淚瓦斯。另有一些人在搜集棉被、棉大衣，鋪在紀念碑外圍地上，以阻止裝甲車和坦克前進。說是裝甲車和坦克的履帶 遇上軟綿綿的棉被和棉大衣會無法前進。
劉曉波將一支從工人手中交來的槍在紀念碑欄杆上砸毀，學生指揮部情報部長辛苦將一挺不知來歷的機槍丟棄。集中紀念碑四周的約三千學生手無寸鐵，連石塊木棒都沒有，決心以和平抵抗方式突顯中共的殘忍。
凌晨2時30分，廣場副總指揮封從德和劉曉波等四名絕食者先後發表廣播講話，呼籲學生在最後一刻一定要堅持採取非暴力的抵抗方式，放下手中的棍棒、汽水瓶子和石塊等不能算是武器的武器。
凌晨3時許，從木樨地等屠殺現場回廣場的北高聯常委邵江（北大數學系學生）哭求周舵等率領學生撤離，說太慘了，不能再死人了。周舵提議和平撤離，高新、侯德健同意，劉曉波不同意，在三人再三說服下劉曉波改變了態度。
周舵等人希望廣場學生指揮部出面與戒嚴部隊談判，帶領學生和平撤離。柴玲、李錄、封從德不同意。侯德健、周舵、一位醫生、糾察隊員乘一輛麵包車前往廣場北部，與38軍112師336團政委季新國接觸談判。季新國緊急請示，戒嚴部隊同意學生撤離。
凌晨4時整，天安門廣場上熄燈，廣場上的人都感到最後的時刻來臨，數千人悲壯高歌《國際歌》，「這是最後的鬥爭，團結起來到明天......」廣場上播出戒嚴部隊指揮部的《清場通知》：「現在開始清場，同意同學們撤離廣場的呼籲。」
我和同校青年教師劉蘇里（現是北京萬聖書園老闆）及特別糾察隊隊員坐在紀念碑底座最高一級台階上，異常平靜地等待着最後時刻的來臨。劉蘇里鎮定而自豪地對我說：「幾十年來第一次這麼轟轟烈烈地幹了一場，咱們哥倆今天就是死也值了。」
此時，政法大學研究生浦志強對身邊同學發誓：「如果我活着，每年這個時刻一定回到廣場悼念死難者。」後來，無論是當農貿市場的勞工，還是當律師，除了有幾次被公安強制看管外，他真的每年都到廣場悼念。
預先進駐人民大會堂的27、65集團軍及63集團軍187師從面臨廣場的大會堂東門出來，黑壓壓一片。27軍由三個偵察連、一個步兵連組成的特遣分隊，在軍部偵察參謀趙勇明的率領下向紀念碑底座挺進，任務是摧毀學生指揮部，逮捕學生領袖。
熄燈後不久，金水橋前的38軍裝甲車和坦克向廣場推進。碾過一座座帳篷。轉眼間一輛重型坦克已推進到紀念碑前，撞倒了最西側的一根鐵旗杆。粗大而結實的鐵旗杆在鋼鐵龐然大物面前猶如弱不經風的嫩芽，輕易就被折斷了。
4時30分，廣場重新亮燈。數以萬計的軍人從東、西、北三個方面潮水般湧向紀念碑底座。由於身後阻隔着紀念碑，我看不見南面的情景，事後據紀念碑南側的學生說，紀念碑南側也有數以千計的軍人逼近，並伴有大量的坦克和裝甲車。
由於學生沒有任何抵抗，27軍特遣分隊端着機槍、衝鋒鎗很快衝上紀念碑底座，開槍擊毀綁在紀念碑上的喇叭，摧毀學生指揮部。柴玲、李錄等學生領袖已隱身學生隊伍中，侯德健正在廣播中介紹與戒嚴部隊談判撤離情況。
軍人動用暴力驅趕紀念碑一帶的學生。侯德健、周舵在紀念碑北側連喊帶拉地要學生撤離，遭一些學生痛罵。在軍人持續使用暴力情況下，部分學生從5時許開始撤離，最先撤離的是東側、南側的學生，柴玲等人在南側。北側學生最多，最晚撤離。
紀念碑東南角是戒嚴部隊所謂的學生和平撤離通道，這裏集結了大量軍人，揮舞棍棒等驅趕學生，許多學生受傷。周舵被一硬物捅到胸部差點昏過去，留下傷痕。他始終不知被何物所傷。我因寫作《六四事件中的戒嚴部隊》一書，搜集研讀了許多資料，得知傷他之物是人民大會堂壓地毯的銅條，傷人者是65軍炮兵旅軍人。
5時30分許，紀念牌四周的學生基本撤離，部分堅持不撤者遭到鎮壓。台灣《中國時報》著名記者徐宗懋頭部中彈受傷，一名來自江蘇的小民工冒死救助，背上他送往同仁醫院，獲救。醫務人員紛紛悲憤告訴徐及同事，一定要將屠殺真相告知國際社會。
中共當局一直謊稱軍隊在天安門廣場沒有開槍，廣場沒有死人。現至少已知有多名學生在廣場遇難：包括中國人民大學雙學士程仁興、北京農業大學碩士研究生戴金平、天津師範大學本科生李建成。
清晨7時許，撤離廣場的學生隊伍在六部口拐上西長安街，避開路中央的快車道慢車道，沿自行車行走。坦克1師三輛坦克在團長羅剛率領下，一邊開槍、施放軍用瓦斯彈，一邊快速追軋學生隊伍，編號106的坦克沖向學生隊伍，11人死亡，多人重傷致殘。北京體育學院學生方政被壓斷雙腿，高位截肢。
在六部口坦克追軋學生隊伍事件中，北京商學院19歲女學生龔紀芳左胳膊中了坦克機槍發射的子彈，傷口很大，倒地後吸入軍用瓦斯。醫院死亡證明書稱：死因主要是吸入毒氣，肺部糜爛。
一位個體戶小卡車司機主動提議將五具遺體（其中有北京科技大學博士生林仁富）運往政法大學，作為軍人殺人的證據。當我和劉蘇里等人撤回學校，一進門就看到擺在教學樓前課桌上的遺體，鮮血淋漓。我們跪在遺體前放聲痛哭。
六四死亡人數至今是個謎。官方稱死亡三百多人，包括軍警。這是不可信的。學生隊伍撤離廣場回校途中，有人一路呼喊「中國紅十字會說死亡2600人 」。這個說法流傳很廣，但也未經證實。張萬舒在2009出版的《歷史的大爆炸》書中說，死亡727人。張萬舒曾任新華社國內部主任，《解放軍文藝》編輯劉家駒告訴他，中國紅十字會黨組書記、副會長譚雲鶴說，死亡727人，每一具屍體都經他檢驗過。這個數字也不可靠，因為一些遺體被軍人秘密處理了。中學生王楠等多位死難者即被埋在天安門附近28中學門前。
王楠是中共政治局候補委員丁關根外甥，凌晨1時30分許在天安門城樓東側南長街南口拍照時中彈倒地，38軍軍人不顧老太太跪地哭求及醫務人員懇求，不讓送醫救治，3時30分不治身亡。軍人將他及其他死難者埋在28中學門前花壇。王楠的母親張先玲令人尊敬，堅持不渝尋找兒子死難真相，找到另一位死難中學生蔣捷連的母親丁子霖，共同發起尋找死難者行動，後來有了「天安門母親」群體。
在丁子霖1995年出版的《六四死難者名單》一書中，記載了殷順清、雷廣泰、蘇生機、李長生、鄭春富、崔林峰、林濤、劉強等八名生不見人、死不見屍的六四死難者。
晚7時，中央電視台新聞聯播節目，主播杜憲、薛飛身穿深黑色服裝，含淚讀官方清場新聞。倆人從此消失電視屏幕，但在電視台內部及社會廣受尊敬。北京流傳有人警告杜憲丈夫陳道明：決不能對不起杜憲。
92年6月杜憲離開中央電視台，到美國佛羅里達大學當訪問學者，陳道明同行。馮小剛在紐約拍攝電視劇《北京人在紐約》，邀她擔任女主角，與陳道明同台演出。當局施壓，女主角換成洛杉磯的王姬，王姬一舉成名。
薛飛離開中央電視台後境遇不好，92年以個體戶身份遠赴匈牙利創業謀生，曾擺地攤賣貨。在異國他鄉十載，2001年，已步入不惑之年的他回歸故國。
北京民眾可敬可佩，在軍隊開槍後數以萬計的男女老少仍為保護廣場上學生而奮戰。凌晨1時30分至清晨7時，在天安門城樓東側。民眾數次衝擊38軍警戒線，試圖進入廣場聲援學生，軍人至少四次大規模打靶似地掃射，民眾傷亡慘重。
在天安門廣場南側的前門西大街，數萬名民眾一整天持續衝擊空降兵第15軍警戒線，大白天軍人清楚看到悲憤的民眾手無寸鐵，下不了手，不斷對空鳴槍。到了晚上換崗，軍人累得一頭倒在雨地上。
清晨7時許，數以萬計的民眾將28集團軍車隊堵在西長安街木樨地一帶，有民眾從附近的郵電醫院拿來血衣向軍人展示。軍長何燕然、軍政委張明春帶頭消極抗命，不顧中央軍委派來直升機在上空下達的進軍命令，最後棄車而去。該集團軍包括31輛裝甲車、2輛電台通訊車在內的74輛車被燒毀。
部分被屠殺激怒而使用暴力的民眾將矛頭只針對軍人，沒有出現打砸搶商店事件。學生撤退隊伍雖然經歷了六部口坦克追軋事件，悲憤難當，經過最繁華的商業區西單大街時，也沒有打砸商店。
北高聯等組織在軍人開槍後沒有組織抗議行動，領導人快速躲避起來。各高校有學生自發的抗議行動，設置靈堂。北大等校學生廣播站仍在廣播，抗議屠殺。
一些民眾拉着9歲孩童呂鵬的遺體四處抗議，在學院路遇上開進的64集團軍部隊，許多軍人感到震驚，軍心渙散，許多部隊潰散。另有民眾抬着遇難者遺體在六部口坦克第1師的警戒線抗議。
軍警死亡15人，死亡時間都在6月4日凌晨1時以後，即在軍人6月3日晚10時開槍之後。其中7人與民眾的暴力有關。39集團軍少校新聞幹事於榮祿死得最冤，因立功心切，在部隊受阻時不聽勸告，穿便裝趕往廣場拍清場照片，途中被戒嚴部隊開槍打死。
北京屠殺事件震驚海內外，引發廣泛的抗議聲浪。
著名翻譯家楊憲益接受英國廣播公司採訪，強烈譴責戒嚴部隊屠殺北京市民的罪行，認為這是中國近代史上最可恥的事。楊憲益說，北洋軍閥政府、國民黨政府也從未屠殺過這麼多的無辜的手無寸鐵的百姓，甚至是日本侵略軍在佔領北京的時候也沒有做過這樣的事。
上海。14所高校的3000餘名學生上街遊行，呼喊「屠殺人民，不得好死「、」打倒李鵬，討還血債「等口號。一些高校學生在全市交通要道設置了50多處路障，致使千多輛車輛被堵，18條公交路線被迫停駛，還有一、二百公交車輛輪胎被刺壞或放氣。
湖北。多數高校基本沒有上課，武漢18所高校學生13000餘人上街遊行，抗議北京學生被鎮壓，遊行隊伍到達長江大橋時，公路、鐵路交通一度中斷。
黑龍江。哈爾濱一些高校的5000餘名學生上街遊行，呼喊「反對武力鎮壓「、」打倒李鵬「等口號。
山東。山東大學近1000名學生抬着花圈遊行，呼喊「反對暴力「等口號。
浙江。杭州地區一些高校的4000餘名學生上街遊行，呼喊「反對暴力鎮壓「等口號。
吉林。長春一些高校的1000餘名學生上街遊行，呼喊「抗議屠殺北京大學生「、」反對法西斯「等口號。
山西。太原的4所高校近千名學生上街遊行，呼喊「中國人民站起來「、」暴力鎮壓、含笑流血「、」打倒李鵬「等口號。
甘肅。蘭州大學1000多名學生上街遊行，聲援北京學生。一些學生衝進蘭州火車站，臥軌阻擋火車，使鐵路交通一度中斷。
四川。成都一些高校的數千名學生上街遊行，在人民南路廣場與武警官兵發生衝突。一伙人衝擊市人大和市政府機關，砸壞和燒毀電車、警車、清潔車十多輛。21時許，燒毀人民東路公安派出所以及交通崗亭多處，搶劫多家商店。
數十萬香港市民參加了在跑馬地舉行的「黑色大靜坐「及遊行，抗議北京當局以武力鎮壓、屠殺手無寸鐵的學生和市民。在演講者聲淚俱下的發言中，許多人黯然淚下，有的嚎啕痛哭，氣氛一片悲痛。主席台周圍均圍上黑布，插上黑旗，上書「中國人不打中國人「、「反對暴力鎮壓」等。會場周遭拉起的黑色橫幅，則以斗大字眼宣洩市民的憤怒：「李鵬下台」、「血債血還」、「點解黨內鬥爭搞到要殺老百姓」等。4時30分，黑色聲討大會結束，隨即遊行。遊行隊伍沿禮頓路、英皇路向北角進發，然後在新光酒樓折返，循軒尼詩道抵達中環遮打花園後解散。遊行出發後，被另一支在維多利亞公園集合出發的隊伍超越，而沿途也不斷有群眾加入，總人數接近百萬。
新華社香港分社部分幹部員工，昨日發表一份「沉痛的呼籲」，稱對於在首都發生的血腥鎮壓、殺害愛國學生和群眾的暴行幾度憤慨。他們並發出呼籲，希望全港中資機構員工於今日以各種形式為死難愛國同胞沉痛致哀。
約20萬澳門市民展開了一次有史以來最大規模的抗議集會。下午3時，數萬名澳門市民齊集於大三巴舉行集會，集會結束後隨即展開環市大遊行，途中不斷有市民加入，遊行隊伍人數接近20萬人，佔澳門人口總數三分之一。
下午，台北市各界在中正紀念堂廣場集會。各行各業，不分男女老少，都心痛地斥責中共的暴力鎮壓行動，許多人為血脈相連的同胞在爭民主自由的過程中慘遭屠殺而淌下錐心的淚水，他們更以實際行動，以鮮血來寫血書，掏光口袋金錢，脫下手上戒指，捐給主辦單位，請轉給大陸同胞及死難者的遺族，誓為彼岸民主運動做最堅強的後盾。
中午，逾六千名華人學者、學生在曼哈頓中國駐紐約總領事館前集會，抗議中共當局屠殺北京學生和市民。參加集會人士纏上黑紗，白底黑字的「奠」和無數花圈輓聯，以示對天安門事件死難者致以沉痛的哀悼，與會者高呼「打倒鄧李楊政府」、「停止軍事鎮壓」、「停止屠殺無辜」、「絞死鄧小平、李鵬」、「打倒共產黨」、「李鵬該死」、「鄧小平該死」、「楊尚昆該死」、「制止法西斯行動」、「為同胞們復仇」等口號。
包括紐約、康州、新州、麻省等美東數十所大學的華裔教授、中國留學生同仇敵愾地在中國駐紐約總領事館門外冒着烈日暴曬集會，部分學生對北京學生的無辜慘死，熱血沸騰，激動淚下。
在美國首都華盛頓中國駐美國大使館前有數千人示威，抗議中國軍隊在北京屠殺學生和市民。示威者大多數來自25所美國大學的中國留學生。他們從白宮附近的小公園向中國大使館進發。有些學生說，他們從南部的喬治亞州駕車12小時來此，目的就是抗議北京屠殺。
美國的三藩市、休士頓、波士頓、洛杉磯都有中國留學生發動的大型抗議活動，表達他們對北京屠殺的憤怒。
世界各國政府對北京民主示威者遭軍事鎮壓紛紛表示遺憾，中國駐一些國家的大使館前爆發了示威抗議。一家通訊社把周日發生的血腥鎮壓稱為「黑色北京周日」。
【美聯社緬因州電】美國總統布殊說，他對中國政府決定使用武力「對付和平示威者以致造成生命的喪失」感到「極度的悲痛」。
【法新社華盛頓三日電】美國國務卿詹姆斯.貝克說：「中國軍隊稱自己為人民的軍隊。我們認為，用人民的軍隊來鎮壓人民是不幸的。」
【美聯社東京電】日本外務省周日發佈新聞公報，對北京流血事件表示「嚴重關切」，強烈希望局勢不要變得更遭。
蘇聯電視台播出了中國軍隊鎮壓示威者的場面，但蘇聯官方對此仍保持沉默。
在不結盟的共產國家南斯拉夫，官方的「南通社」稱，「天安門廣場將成為一個幻想毀滅的象徵，同時也是一個為理想而犧牲的象徵，該理想已被坦克車與機關槍所粉碎。」
加拿大政府周日稱，對北京血腥鎮壓感到震驚，並吁促中國政府立即採取措施制止軍隊的屠殺行為。
西德副外長施瓦茨周日在布魯塞爾說：「北京發生的這一血腥鎮壓是中國一個重大的倒退，西德政府正密切關注着形勢的發展，並吁促中國政府盡一切可能防止更多的流血事件。」施瓦茨稱，歐洲共同體12國已開始準備就北京血腥鎮壓事件發表一項聯合聲明。
法國總統密特朗周日說：「中國政府對它所教育的年輕人起來向它爭自由時竟然以子彈鎮壓，這樣一個政府是沒有希望的。」
奧地利外交部長莫克譴責中國政府「對爭取人權和民主的人民的兇狠的、血腥的鎮壓」。
澳洲、比利時、泰國、荷蘭亦譴責中國政府對民眾的血腥鎮壓。
澳洲官方消息，由於北京周六的大屠殺事件，澳洲總理霍克取消原訂的訪華活動。
駐挪威的中國大使周日被召往挪威外交部，領取挪威外交部長斯多爾頓博格簽發的官方抗議書。
意大利共產黨領袖致電中國政府，譴責「正在中國進行的慘不可言的大屠殺」。
正在北歐訪問的教皇約翰保羅二世對北京血腥鎮壓事件表示「深切的同情和憂慮」。
英國首相戴卓爾夫人周日說，中國軍隊鎮壓學生使她感到震驚。她誓言英國要對香港未來的安全負責。
(89天安門事件大事記：6月4日 星期日 全文完阿波羅網
