《瞭望》新聞周刊發表的文章說，三峽水庫二期蓄水之後，次級河流污染加重，一些河流出現水體變黑髮臭現象，還有一些河流出現浮萍和藍藻瘋狂生長的現象。

　　三峽大壩蓄水175米後將形成一個包含數十條次支河流，面積達到1000多平方公里的巨型水庫。目前三峽水庫水位已經超過160米，迄今為止工程沒有發生重大生態環境災害。

　　報道說，三峽水庫的生態環保問題不僅關乎三峽工程的正常運行，還關係到國家淡水戰略儲備庫的安全及庫區千萬人的生存與發展。雖然在三峽工程中實施了環保工程以及上游污染防治規劃，但由於特殊的地質環境，三峽庫區滑坡、崩塌等地質災害發生較多，目前整個庫區已發現的崩塌、滑坡達4000多處。

　　三峽工程實施後，因水庫蓄水、移民遷建，庫區大量可用土地被淹沒、佔用，生存容量進一步減小。 土地量少且貧瘠的庫區，既要承擔保障三峽水庫"一庫清水"的歷史重任，又要承載千萬人的生存發展，生態進一步脆弱。

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