圖：1921年，金陵女子大學的畢業生，中為校長德本康夫人。
民國時，中國曾擁有一流的16所教會大學，其中13所是基督新教教會大學，分別是燕京大學、齊魯大學、聖約翰大學、滬江大學、金陵大學、金陵女子大學、東吳大學、之江大學、華中大學、福建協和大學、華南女子大學、華西協合大學、嶺南大學；還有3所天主教教會大學為震旦大學、輔仁大學、津沽大學。這16所教會大學遍佈北京、濟南、上海、南京、蘇州、杭州、武漢、福州、廣州、天津等中心城市，陣容強大。
這16所教會大學對中國現代文明的發展做出了巨大貢獻。據研究中國教會大學歷史的權威美國盧茨教授統計，「到20世紀30年代，16所被公認為高等學校的教會大學招收了佔全中國大學生總數的10%到15%的學生。」也就是說在近百年前，這16所教會大學培養了中國十分之一到六分之一的大學生。他們中還湧現了眾多的傑出人才，許多人物在中國現代史上都能看到他們的身影。
然而中共建政後，這16所教會大學卻迎來了厄運，被當成文化思想、教育領域的「西方勢力」和「帝國主義侵華工具」遭到清算，在1952年的「院系調整」中全部被分拆被合併被撤銷。
1950年12月29日，時任中共政務院副總理的郭沫若在《關於處理接受美國津貼的文化教育救濟機關及宗教團體的方針的決定》報告中，開篇就定調：「百餘年來，美帝國主義對我國除了進行政治、經濟和武裝侵略外，在很長的時期中，尤其注重文化侵略活動。這種侵略活動方式，主要是通過以巨額款項津貼宗教、教育、文化、醫療、出版、救濟等各項事業，加以控制，來進行對中國人民的欺騙、麻醉和灌輸洋奴化思想，以圖從精神上來奴役中國人民。」
民國的基督教大學再次被推上歷史的審判台，被以「帝國主義侵華的文化工具」而蓋棺定論，被判決，被清算，儘管在剛剛過去不久的抗日戰爭中，基督教大學是如何堅貞不屈的證明了自己患難與共的中國氣節與擔當，儘管他們在抗戰中的犧牲與奉獻曾經如何令中國感動與熱愛，但這些貢獻仿佛都失去了價值。
首先到來的是暴風驟雨般的「思想改造」政治運動。
「被告別」的並不只是燕京大學的老校長司徒雷登，而是所有基督教大學的校長，這些曾經在中國抗戰中為國擔當辦學重任的華人校長們，這些在國難中被鍛造出的中國卓越教育家們，不僅就此離開了他們的舞台，而且被作為「肅清美帝國主義對我國文化教育侵略」的「活靶子」，被大加批判，進而徹底「批倒」、「批臭」。
當回到美國的燕京大學老校長司徒雷登中風倒在醫院治療時，他的接班人燕京大學陸志韋校長正在發生巨變的環境中，寫作揭露「司徒雷登同反動勢力勾結，把持燕大校政的歷史」，但即使這樣對老校長「反戈一擊」的揭露都被主管當局視為「輕描淡寫」，作為「中國基督教教會大學之首」的燕京大學與陸志韋校長，隨後就被作為中國基督教大學進行「思想改造」的示範典型，迅速被推入暴風驟雨的改造中心，由此拉開對「舊社會知識分子改造」的經典一幕，以昭告天下，以推動其他大學的「思想改造」運動。
1952年1月，陸志韋被羅織有「五大罪狀」，在「全校師生員工大會」上遭到「徹底地」、「無情地」批判和揭露其把持校政、忠實執行「美帝國主義文化侵略」的「罪行」。昔日的同事、教授、學生與員工，在有關組織安排下都化身為控訴的鬥士，批判的最高潮是陸志韋信賴的三個人——燕大國文系主任高明凱（陸志韋多年親手培養提拔的教授）、燕大英語系副教授吳興華（陸志韋最為欣賞的人才）、燕大生物系學生陸瑤華（陸志韋的女兒）登台控訴。
一幕荒誕而在中國特殊的時代特別熟悉的場景登場了，陸志韋的女兒陸瑤華「義憤填膺」地在台上控訴到：「我現在要控訴我的父親陸志韋，他如何蒙蔽我，使我在這次運動中喪失了人民立場，欺騙了群眾……」
在眾叛親離的批判風暴中，陸志韋不僅沒有任何辯解的機會，反而寫了一份坦白書，向組織和群眾坦白自己的「罪證」：「對美帝的文化侵略，我從前只看到片面，沒有認識全貌……一切痛恨的我的罪都是應當的，我承認了我的罪……我要否定我的過去，我要重新做人，望群眾繼續幫助我……」
陸志韋被徹底「擊垮」了，陪同他一起被批判的燕京大學知名教授張東蓀（燕大哲學系教授）與趙紫宸（燕大宗教學院院長）也徹底被「擊垮」了。同樣是這些燕京大學的教授在1941年被捕進入日本憲兵隊的監牢時，都懷着堅定的信念，沒有屈服，但在「思想改造」的暴風驟雨批判中屈服了，在昔日同事、教授、學生與自己兒女的「眾叛親離」全面控訴中屈服了。他們必須離開自己的舞台，從而被「思想改造」政治運動中更積極的人們所取代。
這一幕仿佛是10多年後文革的預演，直到那些批判他們的人們也被批判被「擊垮」，沒有人能從暴風驟雨般的「政治運動」中倖免於難。
陸志韋就此離開了燕京大學校長的位置，被調入中國科學院語言所，其他基督教大學的校長步其後塵，徹底離開了自己的舞台，而1947年就因病辭職的華西協合大學原校長張凌高，卻因捲入四川民社黨案在1951年被捕入獄，這位曾經為華西協和大學的發展貢獻卓越的校長於1954年又以「反革命罪」判處無期徒刑，這位曾經在抗戰中作為東道主建立五所基督教聯合大學豐碑的校長於1955年因心力衰竭而病死於獄中。悲哉！
緊隨暴風驟雨般的「思想改造」運動之後，全國大學「院系調整」登場。此時，曾經沐浴歐風美雨的中國知識分子已經被「教育」和「改造」的在「歐美資產階級思想意識殘餘」的「原罪」中瑟瑟發抖，默不作聲，沒有任何力量去抵制任何院系的調整了。
這場學習蘇聯經驗的所謂大學「院系調整」運動，主要是加強工科，壓縮文科，理科（純自然科學）服從工科的需要，就在1952年在全國大規模的展開了。
就是在這樣的「院系調整」中，民國16所基督教大學整體被分拆，被合併，從此消失於中國現代史，被遮蔽，被遺忘。
