中國官方中新網4月10日報道，國家衛生部新聞辦主任鄧海華在當天表示，2009年3月全國通過傳染病網絡直報系統報告的手足口病病例是 54713例，死亡31例。而從今年年初到4月7號，全國累計報告手足口病例已增加到115618例，其中重症773例，死亡50例。今年以來北京、廣州等主要城市中，手足口病疫情也有明顯增長。據北京市衛生部門統計，今年以來手足口病病例已達千餘例，患者88%為5歲以下兒童。中國紅十字會原副會長孫愛明表示，手足口病是由腸道病毒引起的併發症傳染病，重點防治措施是預防患兒之間的交叉感染：
    
    「象城裏集中的幼兒園，３、５歲的小孩子在一起，如果其中一個小孩兒早期感染了手足口病，互相在一起玩了，回家不洗手，這樣傳染的我覺得很有可能。空氣傳播也有這樣的說法，隨着氣溫的增高，病毒本身繁殖的速度也會加快，傳染性也會加快。」
    
    
    衛生部新聞辦主任鄧海華還表示，今年國內手足口病的發病疫情比往年有所提前，目前正處於一個上升的階段，今年一段時間報告病例數字還會增加，在5 至7月份有可能達到一個高峰。中國健康教育協會副秘書長趙仲龍表示，手足口病在全國每年都有發生，由於疫情上報不公開，公眾無法了解真實的傳播狀況：
    
    「這個病年年都有很多，兒童比較體弱，有時候容易合併其他病症。腸道病不一定是腸道傳染。自從把它列為三類丙類傳染病以後才報告了。過去對傳染病根本不報告，所以你也不知道有這麼多事情。」
    
    據國內媒體報道，目前發現的手足口病病例遍佈全國30個省份。而在疫情的重災區山東菏澤，當地政府就設有要先經有關領導簽字方可上報疫情的規定。孫愛明認為，在普及衛生知識和加強專業防疫人員培訓的同時，如何避免地方政府利用行政手段干涉疫情上報，也是關係到能否有效控制手足口病大範圍傳播的關鍵：
    
    「普及飲食衛生我覺得是非常關鍵的，特別是在一些比較大的人群當中發生了不明原因的情況，當地搞不清楚，然後還要在那裏卡住，這樣就不利於疫情的控制。本來就是手足口起一些皰疹，如果拖延，最後可能就發展成了心肌炎或者其他的更嚴重的，最後死亡。這就是非常不應該的了。」
    
    廣州市兒童醫院內科部副主任鄧力日前在媒體中介紹，今年國內流行的手足口病病原以EV71為主，該病毒傳染性和毒力較強，患兒感染後容易引起心肌炎、肺水腫、無菌性腦膜炎等致命性併發症。根據衛生部通報，2008年的前11個月，全國共有手足口病感染病例近50萬，導致128人死亡。衛生專家呼籲，加強各地疫情防控的監督檢查，以避免手足口病的進一步蔓延。